丞相作为一个正式职务，从明朝初年就消失了。
屠夫皇帝朱元璋将随他打天下的功臣几乎全部杀光，他炮制胡惟庸案，把前任丞相李善长和现任丞相胡惟庸全家抄斩，株连致死的有好几万人之多。从那以后，丞相就没有了，朱元璋把权力牢牢卡在自己手里，召集了一帮小跟班当秘书，成立内阁，这些小跟班被命名为大学士。朱元璋恐怕没有想到，这些小秘书后来竟替代了丞相的位置，大权独揽，甚至个别人还爬到了皇帝头上，皇帝一见他就吓得发抖，比如那个叫张居正的湖北人。
明朝的中后期，没有人再肯像朱元璋和他儿子朱棣那样争当劳动模范，都藏在深宫里玩躲猫猫。原本只是皇帝顾问和随从的殿阁大学士们就成了宰相，大学士官阶本在六部尚书和侍郎之下，但后来他们成了宰相，六部堂官们反而成了大学士们的跟班。
上述情况从明朝延续到了清朝，殿阁大学士们仍然是宰相。
但到了抄家皇帝雍正在位的时候，情况发生了变化。
事情的起源是两个蒙古大佬在西北发动的叛乱，一个是罗布藏丹增，一个是策妄阿拉布坦，这两个名字很拗口的蒙古人让雍正皇帝伤透了脑筋，同时，他觉得由殿阁大学士组成的宰相班子处理起这些军务来十分不给力，原因如下：
首先，内阁的办公地点在太和门外，离皇帝太远，遇到紧急军务不能第一时间和皇帝磋商处理，效率低、速度慢，会误事。
其次，人多嘴杂路程远，就容易泄密，也是劳动模范的雍正皇帝不希望这些事儿传得沸沸扬扬，他想控制在一个小圈子范围内。
基于以上考虑，雍正皇帝成立了对后世影响深远的“军机处”，军机处的组织章程和办事规范由张廷玉主持制订。张廷玉三朝重臣，父亲张英也是大学士，作风干练忠谨，是清朝汉人中著名的能臣。
雍正七年的六月份，上谕任命了三个大臣入直军机，成为最早的军机大臣，他们都是雍正皇帝极为信任的心腹：
1.雍正皇帝的十三弟、怡亲王允祥。允详因为对雍正的无限忠诚和关键时刻对雍正的支持，成为铁帽子王，这是大清帝国和平时期的第一个铁帽子王。
2.大学士蒋廷锡。雍正对蒋廷锡也极为信任，三年前蒋廷锡母亲去世，雍正皇帝命令他归里葬母，之后回京，在任守制。这其实就是夺情起复了，一般的大臣，哪有这个待遇。不过蒋廷锡的成就主要是文化上的。
3.张廷玉。前面已经说过，不再赘述。
军机大臣逐渐成了处理军政大事的权力中枢，而内阁大学士则被慢慢架空，但要说皇帝故意把偏心军机处，倒也不一定，因为军机大臣就是由大学士或别的重要职务兼任的。入直军机的分成两类，一类是老资格的大臣，叫做军机处行走，或军机大臣上行走，掌握核心权力；另一类是资格稍浅的，叫做军机处学习行走，或军机大臣上学习行走，处在向核心枢臣的过渡期。这是个挺有意思的称呼，不知道还以为是运动员。
军机大臣们每天都行走于自己的官署、军机处和皇帝内廷之间，军机处的办公室极为简陋，只是一处低矮的小平房，在乾清门进去的左手边，一共五间，和紫禁城的巍峨壮丽比起来，军机处简直就是窝棚级别的，没有人能想得到这里是大清帝国的权力中枢，在里面办公的都是宰相级的大员。
到此时起，军机大臣的权力已经慢慢超过了大学士，到中晚清时有一个说法，大学士有宰相之名，军机大臣有宰相之实。协办大学士、军机大臣翁同龢就希望文华殿大学士李鸿章退休，从而自己就能顺序顶上，把自己那个碍眼的“协办”两个字拿掉，当一个货真价实的大学士——这种想法也有一定代表性。
更何况，晚清时的军机处一般都有亲王领衔，渐渐成了惯例，如恭亲王奕訢、醇亲王奕譞和庆亲王奕劻等，而亲王们是绝对不会兼任大学士的。这也从一个侧面证明了，晚清时的军机大臣，实权已经高过内阁大学士。但论尊贵程度，倒也没有什么大的区别。
值得一提的是，晚清时，由于权力下移，地方督抚权力日重，著名督抚任大学士的渐渐多起来，如曾国藩和李鸿章在任直隶总督或两江总督时，同时也是内部大学士。但督抚从来没有同时担任军机大臣的，刚才提到的曾国藩和李鸿章两位晚清的股肱之臣，就从来没有担任过军机大臣。而曾任直督和江督的袁世凯和张之洞，则是在卸任总督之后，才入直军机的。
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