首先，朱元璋为什么定都南京，他那会得有更合适的地让他选啊，之前各朝的首都大家可以挨个看看哪里合适？长安洛阳早毁于战乱。现在的西安城墙都还是明代修建的。咸阳更是别提了。杭州是好地方，但我要是朱元璋我也不愿意和南宋这个马尾巴拴豆腐提不上串的废柴王朝扯上关系。北京当时还不具备承担整个国家机关的物质条件，那得到朱棣疏通完京杭大运河之后了，看来看去也就只有个南京能选。
其次，来看下南京周围的地势，我们都知道长江在过去是天然的防御屏障，所以你只要顺着长江这条线来找合适定都的地方时，你会发现南京往东的大部分土地都几乎是平原，过了长江几乎没有可以作为天然防御的屏障。而往南京以南的方向来找你会发现有几片类似南京的地理环境，但通常不是究竟太小就是被群山箍死。越是往西南方向找合适的地方时山川也越多，即不适合种田也不方便运输。那么我们再回看南京这块地方，你就能发现这块地方可真是个好地方。
首先地理上它一面有长江天堑一面又被两片山脉护卫，只需要在紫金山上设立亭哨就可以很方便的观察：不要担心看不见的问题，那会也没雾霾这样一来在选择南京作为首都这件事上，其实已经很有信心了。即有了天堑保护又有极佳的观敌位置，而最最耐斯的是南京东面的句容市是一整块的平原，这又是一处极佳的天然粮仓且运输也是极为便利。这又无形中让南京作为首都更靠谱了一些，假设我们带着以上这些条件沿着长江以南来找同样合适的地方时，你会发现真不是那么容易找得到另一处合适的地方。
毕竟北方一直是明朝的前线，为了对抗游牧民族必须布置大量军队。而南方则是经济中心，供养国家支出。但是，当军事中心和经济中心不统一的冷兵器时代，政治中心往往要向军事中心靠拢。其实北京本来也不适合作为首都，第一作为首都自然安全是第一位的，而能对首都形成威胁的无非内忧和外患；内忧多起于饥荒，而南京位于江浙之地，作为鱼米之乡，饥荒自然也就不会直接威胁首都；外患在中国历史上多是北方游牧民族，而南京地处江南远离北方直接威胁，且从北到南有多道屏障，极大的拉长了侵略战争的时间长度，有效发挥粮食后勤充足的优势。
除此之外，税收也是国家的重要问题，而南京地处江南腹地，极大降低运输成本。建国以后，朱元璋觉得地处东南，不便西北军务，先是修建了中都凤阳，北京开封。后来也都放弃建设了。秦王朱木爽之国之后，朱元璋倒是计划迁都西安的，并且积极策划着。洪武二十四年，派太子朱标巡视陕西，并做迁都事宜，回朝之后，献上了陕西地图，可惜不久就病逝了，朱元璋迁都大业也就此搁浅。
所以，如果你作为执政者如果还搞不清在哪合适定都，那你也就不必当这个君主了。北京恰好处在平原与山脉之间，选择这个位置很有讲究。顺着昌平位置逐渐放大后你会发现有条极长的羊肠小道连接着昌平区和廷庆区，按过去人的行军能力这是唯一的一条可以直入平原的小道，所谓的天子守国门怕是就是守的这条国门。所以，北京被选为国都的原因也大概是这么个情况了。说简单一些就是也没法再找另一处更合适的位置了，即靠近边境方便出兵且后方是大片平原可以产粮，运输上也是很合理。
假设大家再带上这些条件沿着山脉去找，会发现得一直到洛阳时才真正的合适定都，只是到那个位置时已经不那么重要了。这里再作一个补充，通过南京和北京这两处选址我们可以得出一些很重要的结论。首先是位置一定是要开阔且有天然的防御条件（比如山脉和江河），其次是在运输条件上一定要满足作为首都的需要（即要四通八达又要无后顾之忧），最后是需要依靠一块可以支撑首都粮食需求的粮仓（南京的句容市和北京的天津市）。满足这些条件的应该才算是一处不错的定都点。
定都南京最大的问题在于心态和利益结构的顽固，自古南京政权都是偏安政府，长江天险和鱼米水乡是把双刃剑，肥沃的土地最容易滋生蠹虫和败坏。一旦接受了现状就很难有气吞天下包举宇内的雄心。远到沉迷内斗的孙贼，到风花雪月的后唐，近一点的常凯申都是如此。南方多世家大族，在王朝更替的过程中，对北方势力往往采取“犁地”方针，整个势力格局都是打破重立的过程，像一张白纸更方便统治者作画。而南方势力更多的是“招安”过程，故有势力会保存，甚至为了快速统一会采取类似包税人的制服，由士绅乡老进行基层管理，对传统的归附力非常强。
综上，南京确实不是一个最佳的都城选择，但是当时是现有情况下最好的选择，只说一点吧，明仁宗朱高炽是想迁回南京的，在他继位后的七个月他颁布了诏书，并且派长子朱瞻基前去南京，朱棣好战而朱瞻基喜静，他继位后休养生息，当时北京除了政治军事其他经济文化皆不如南。并且当时北京无法做到粮食的自给自足，粮食皆由南方漕运北上，非常滥用人力物力，加之朱高炽在南京长大，更加喜欢和习惯南京的气候、生活，大臣们也是如此，结合他本人的性格，所以选择了迁回南京。不过三个月后他就去世了，死后留下遗诏，希望儿子继续完成迁都，可惜明宣宗朱瞻基与爷爷朱棣更相近，所以没有完成朱高炽的遗愿。
