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樹枝上部茂盛下部弱是自然現象，不過出現這種現象還是你在整形修剪上的問題。不知道你是不是按正確的方式定株整形的，我來初步說說幼樹定幹整形方法。
1、定植當年整形，定植後距地面40――60公方處定幹，剪口下留10――15公方處選留5――6飽滿芽，到6月中、上旬從主幹新梢中選留3個主枝，成三角形枝與枝的角度基本120度，保持其方枝角度為45度左右，除3組主枝外，其餘枝條枝芽全部摘除。
2、第二年萌芽前對選定的主枝，留取35――45公方短截，遇到主枝強弱不均時，可把強枝留短些，，弱枝剪留長些，剪口芽均留外芽，第=、第三芽留兩側。
3、如果是你說的那樣的話，那只有摘心和短截兩種方法。一，把主枝上部分枝頂端芽摘心，以控其狂長，有利於下部技頭養份的供應。二、一不做，二不休，幹跪短截，在主枝三個分枝外，全部短截然後，再重新培植主枝。這樣的話可使樹體強狀，不過掛果期又推遲了一年。(僅供參考)。
晚霞餘光
依個人實際經驗與手法採取必要措施。
花椒幼樹若採用修剪法，就會形成闊展，佔用空間面積大，影響種植棵樹，若是套種兼作，上部茂盛好，如是僅僅做為普通種養，可進行修剪，疏弱枝條，留壯條。
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花椒的剪枝方法供椒農學習參考：
修剪方法，主要介紹疏剪、短剪和回縮剪三種。
(一) 疏剪
疏剪是將枝條從基部剪去。其作用:①疏除過密枝、交叉枝、重疊枝、纖弱枝和著生位置不當的枝條，使主側枝配合勻稱，通風透光，節省養分的消耗;②疏去幹枯枝、病蟲枝、減少病蟲危害;③疏去樹冠外圍的密生枝，使樹冠內部通風透光，提高內膛結實率。同時，也起到提高果實質量的作用。
花椒怎樣剪枝？花椒樹修剪方法詳解
(二)短剪
短剪是剪去枝條的一部分。其作用:①抑制強旺的營養枝和徒長枝，讓它萌發側枝，形成結果枝;②刺激較弱的枝條，抽生強壯的新梢或抽生中庸的結果枝;③短剪結果枝，減少花量，增加營養枝，平衡大小年結果;④重剪衰老的主、側枝，刺激發生健旺的新梢，更新樹冠，復壯樹勢;⑤摘心，也是一種短剪手段，它能及早減少養分消耗。
(三)回縮剪
回縮剪是將多年生長枝條回縮到分枝處。作用是:①降低先端的優勢位裡，改變外長枝的方向，改善通風透光條件，控制樹冠擴大;②能縮短枝條的長度.減少枝芽量和母枝總量;③能使剪口枝長勢削弱，剪口下第二、第三枝長勢增強。
花椒樹修剪時一定要按不同的生長階段採取相應的修剪方法。
(一)幼樹修剪
花椒樹在幼年時期，應掌握整形和結果並重的原則，採取以疏剪為主，疏剪與短剪相結合的修剪方法。栽後第一年按要求高度剪截，第二年在發芽前除去樹幹基部30一50釐米處的枝條，並均勻保留5一7個主枝進行短截，其餘枝條不短截，疏除擁擠枝、細弱枝、交叉枝、病蟲枝，長放強壯枝。幼年和壯年樹應以疏剪為主，使其迅速擴大樹冠成形。同時，適當多留一些小枝，成為輔養枝、結果枝，以利早結果、多結果。對於強壯的枝條，要放而不剪;對於較弱的枝條要短剪，促使發生強健枝。短剪宜輕不宜重，一般剪去枝條的1/3或1/4即可。
(二)盛果期樹修剪
盛果期花椒樹的修剪，應逐步疏除多餘大枝，完成整形工作，對冠內枝條進行細緻修剪，應以短剪為主，短剪與疏剪相結合。通過短剪不斷更新結果枝組，同時使各級枝條不斷復壯，促進生長，形成結果枝。疏除病蟲枝，交叉佔用空間，並結合短截營養枝，對生長中庸的營養枝先行緩放，結果後縮成枝組，對有空間生長的旺枝先輕短截，下年去強留弱，培養成枝組。此外，在這一時期內，還要注意在樹冠內部適當保留一些營養枝，就是 徒長枝也要注意短剪利用，以免樹冠內膛空虛，防止結果部位外移。盛果期樹的修剪程度，應依樹而定。一般生長健壯的樹，修剪宜輕;生長衰弱、結果過多的樹，修剪宜重。每年在落葉後應及時疏除枯死枝，回縮更新老果枝，以保持樹體旺盛的結果能力。有大小年現象的花椒樹，大年應重剪結果枝，多留髮育枝或促生髮育枝;小年應多留結果枝，適當疏除一些發育枝。凡是大小年現象嚴重的花椒園，如果在正確運用上述修剪方法的同時，再加上其他的農業技術措施，在3-5年內定能克服大小年現象。
(三)老樹修剪
花椒樹衰老時期.主要運用短剪和疏剪，促進結果枝組更新。疏剪能促進開花結實;短剪有利於抽生強壯的新梢，加強營養生長，提高樹勢。去弱枝，留大芽，及時更新復壯結果枝組，去老養小，疏弱留壯，選壯枝壯芽帶頭，以恢復樹勢。對已衰老需要更新的樹，既要注意利用徒長枝，也要對骨架進行交替更新。
花椒樹潛伏芽的壽命較長，剪口也較容易癒合，因此，對衰老的樹，在加強肥水管理的同時，可以進行骨幹枝輪換回縮促進更新。但花椒整株衰老後，要及時進行全株更新。
