1644年清朝入關，其戰略目標在中原內地，這段時期他們
主要的活動就是消滅反清勢力以及南明小朝廷。在構建直省八旗駐防體系之時，滿蒙之間進行了政治聯盟。彼時的蒙古諸部有著三種勢力：
第一種：是滿洲的追隨者，他們被編入了蒙古八旗，與滿族八旗是一體的；
第二種：則是臣服者，他們被納入了盟旗系統，由旗長分封為札薩克；
第三種：則是反叛者，他們被納入了總旗的管轄範圍，意在便於監督和管轄。
除了這三種勢力之外，還有一種尤為特殊的勢力存在，這就是降而復叛、叛服不定者，滿清對於這種勢力一直進行了剿殺，而其中最重要也是最艱難的就是攻打準噶爾部。
事實上清政府與準噶爾之間的抗爭由來已久，以1640年的蒙古塔爾巴哈臺會盟為起點，到以1762年伊犁將軍府設立為終點來算，歷時122年之久，影響相當深遠。
那麼清朝剿滅準噶爾到底是屬於內戰還是屬於外戰呢？康熙皇帝是平定準噶爾還是吞併準噶爾呢？
首先我們從準噶爾汗國的政權性質來分析一下，準噶爾系漠西蒙古的一支，它的起源可以追溯到《蒙古秘史》。
準噶爾汗國或稱衛拉特蒙古、厄魯特蒙古，它的統轄範圍是四衛拉特：和碩特、綽羅斯（準噶爾）、杜爾伯特、土爾扈特以及其他的小部。
它的崛起得益於蒙古政權的互相博弈，而它的延續時間是相當長的，在"土木之役"俘獲明英宗之後，達到了全盛的局面。
明末，滿洲崛起建立了後金，準噶爾是與後金並存的政權。
即便是後金逐步控制了漠南、漠北蒙古之後，準噶爾與滿洲政權也不屬於統屬地位，它是介於沙俄和清朝之間的獨立政權。
準噶爾汗國統一了中亞及蒙古區域，與滿洲政權統一東北以及內地直省的性質是相同的，從史學觀點來看，滿洲和準噶爾的地位相當於五代十國時期的互相割據。
而康熙大帝將其抗清定性為叛清，實際上是滿洲視角的產物，並不符合史學觀點。
滿洲視角下將自身視為正統，故而元朝蒙古以來的準噶爾就成為了分裂的一部分。
準噶爾與滿清的政治目標是一樣的，它希望通過統一天山北路衛拉特各部，而後征服回疆諸地區，進而將天山南北連成一片。
準噶爾的第二步就是征服哈薩克、布魯特諸部落，而後實現整個中亞地區的統一，它的核心目的地是漠北地區。
征服了漠北地區的喀爾喀諸部之後，中亞區域和蒙古草原就此落入了準噶爾的手中，青藏教區合併之後將形成一個蒙藏統一體，而後再完成準噶爾的終極目標：統一中國。
這一點在塔爾巴哈臺會盟、《衛拉特法典》中有著非常詳細的記載。
滿清對準噶爾的征服從史學角度來看，是一場向外的戰爭，而並非滿清宣揚的平定準噶爾叛亂。
準噶爾與清朝之間的核心矛盾在於蒙古的統一問題，準噶爾部落干涉了清朝統一漠南、漠北的統一進程，而潛伏在漠西的準噶爾是清朝最大的安全隱患。
準噶爾汗國為清朝一大威脅，其政權的存在與覆滅，對清朝八旗駐防格局影響巨大。
清朝採取了對準噶爾的三大區域：北部區域、中部區域、南部區域進行了分別的處理，並且積極聯繫沙俄對抗準噶爾。
這場曠日持久的戰爭最終使得準噶爾敗下陣來，清朝真正意義上實現了"大一統"，中國近現代的版圖基本雛形就此固定了下來。
