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自满清入关以后，统治者渴望建立全国性的统一政权的愿望，便越来越强烈。八旗铁蹄一路南下，占领了全国大片的国土，最后，只剩下一个台湾。此时的台湾，自郑成功驱逐荷兰人之后，便一直为郑家所有，郑家正是依靠规模庞大的舰队才得以维护其统治。然而，实力强劲的台湾水师，为何却被依靠骑兵横行天下的满清所击败呢？
满清士兵
满清之所以能够横行天下，依靠的是努尔哈赤创建的八旗兵制度，其核心正是满清政权引以为傲的骑兵。自满清建立后金开始，经历的大小战役均是以陆战为主，很少水战，正是依靠陆战强大的实力，才使得清廷统一了除台湾以外的其他地区。因此，水军在满清并不受重视，因而实力弱小。
而反观郑成功的台湾水师。自其父郑芝龙起，便经营海上贸易，郑家的船队可以说是当时亚洲最大的海上力量。即便是在郑芝龙助南明抗击清军之时，他也依然没有忘记自己海商的身份，依旧保持着强势的海上存在。如果说满清是马背上的民族，那么可以说郑家就是“甲板上的家族”了。
民族英雄郑成功
而通过一组数据，我们可以更加清楚地了解到双方实力的差距。
满清水军，莫说是刚刚入主中原，又经历了三藩之乱的清朝康熙年间，就是在满清最为繁荣的乾隆时期，所有水军加在一起的舰船总数只有八百六十三艘。而早在郑成功时期，台湾水师拥有的战舰就超过了三千艘。其中，仅仅在攻打南京的一次战役中，郑成功就投入了二千余艘战舰。除了在数量上占据绝对优势以外，在质量上，清军的 战船也很难与吸收了世界海上强国荷兰造船技术的台湾水师相媲美。当时的台湾水师战船拥有双层甲板，可靠性大大加强，再加上最高二十四门红夷大炮的配置，使得战船无论从火力还是可靠程度都远超清军水师。
可以说，双方相比之下，满清的海上实力明显处于绝对的劣势。既然如此，那么为何满清却能最终打败台湾水师进而收复台湾呢？
说到台湾，自十七世纪初期便被荷兰人占据。在荷兰殖民者入侵台湾之后，分别建立了热兰遮城和赤嵌城，用以维护其经济利益，镇压百姓，台湾人民生活在水深火热之中。
南明隆武政权覆灭之后，郑成功的父亲郑芝龙降清，而郑成功拒绝了清廷多次招抚，毅然决然地举起了抗清的大旗。
为了躲避清军以图恢复，郑成功先是南澳岛招募士兵，随后前往厦门，辗转数载，郑成功的船队已经达到数万人。然而，在经历了北上南京战役的失败之后，面对清军的步步紧逼，郑成功意识到，福建已经不能久驻，于是便率领部下前往台湾，在经历了数年的艰苦战斗之后，郑成功 终于收复了台湾，他也因此成了民族英雄。
在到达台湾之后，郑氏集团开始积极地进行海外贸易，与当时的日本及东南亚各国都建立了贸易关系。而台湾特殊的地理位置，更是使得他成了海上的交通要冲，往来商船皆需要经过此处，因此单单在于日本的贸易中，每年就能为郑氏家族提供超过二百五十万两白银的巨额收入。这些银两足够支撑超过三百艘战船的建造。就在郑成功经营台湾之时，清政府已经同意了除台湾之外的其他地区，因此台湾反抗势力的存在日益成为了清政府的一块心病。然而台湾水师强大的实力就成了清廷最为忌惮的一点。
于是康熙帝采纳了降将施琅的计划，决心收复台湾。并最终成功，其中原因，大致可以分为四点。
雄才大略的康熙皇帝
清军实行海禁政策
台湾水师固然强大，然而台湾面临着一个难以回避的短板，即资源稀缺，郑氏集团的的钱财都来自海上。台湾水师的发展严重依赖大陆的资源支持。它的船队也严重依赖沿海和海外资源。建国不久的满清正是敏锐的观察到了这一点，才敢至整个沿海经济于不顾，坚定的实行海禁，在清廷的压力之下，早在一六六零年日本就中止了对台湾的物资供应。再加上大陆地区的海禁，使得台湾地区物资稀缺，物价飞涨，庞大的台湾水师也难以为继。
水师将领清军更胜一筹
海禁为收复台湾提供了基础，而寻找一名合适的带兵之人才是能够左右战局的大事。此时，一名明军降将进入了康熙帝的视野，那边是大名鼎鼎的“海霹雳”施琅。施琅本为明军部将，然而因为台湾权力内斗，施琅的父兄皆被杀害。于是与台湾有杀父之仇的施琅愤而降清，成为了决定台湾命运的人。
满清水师与台湾水师大战
此时台湾的水师提督为刘国轩，在于施琅的交战中难以讨到便宜。在清朝水军南下台湾之时，刘国轩错误的认为台湾难于大陆为敌，因而没有采取主动出击的策略，转而采用消极防守，希望借助六月的台风天将清军击退。然而，与刘国轩料想的恰恰相反，台风虽至，然风向却是有利于清军，于是刘国轩的水师逆风作战，很快败下阵来。
双方主将实力的差距成为清军最终战胜台湾水师的重要保证。
主少臣强台湾内部自乱
除了这些原因，台湾内部也有着各种矛盾，自第二代延平王郑经死后，新继位的是只有十几岁的郑克爽。如此一来，主少臣强的局面形成，台湾内部开始出现主战主降的争斗。加之海禁日甚，郑氏集团内部矛盾被迅速激化，进而导致了武装分裂：在海禁期间，共有五万多郑家武装人员携船只火炮投降清军。而清军正是将这些海战经验丰富的士兵整编之后才形成了可以与台湾水师抗衡的水军。如此局面之下，当清军大举进攻之时，郑氏集团的抵抗情绪并不高涨。
双方综合国力相去甚远
真正使得清朝战胜台湾水师的基础，乃是清朝强盛的国力。
台湾水师再强悍，也终究是以一隅敌全国。清军的战船虽然不如台湾水师精良。然而清军依靠着资源优势，可以迅速赶上，尤其是福建地区盛产的一种树木，重量轻且韧性强，可以建造吨位更大的舰船。而台湾土地狭小，当地盛产的树木不适合建造舰船，因而，在海禁的影响下，由于得不到福建木材的补给，台湾水师的舰船吨位逐渐缩小，最终被清军反超。加上其赖以生存的海上贸易不复存在，台湾坐吃山空，一日不如一日。
满清船队
总结：
最终，在清军大举进攻台湾之时，台湾水师全军覆没。而失去了统治基础的郑氏集团也失去了抵抗的意志，于是举城投降，台湾与大陆再次融为一体。纵观双方整场博弈，清军明显占据了资源的优势，而台湾，虽然前期有着强力的资本，但是随着海禁的进行，台湾与清廷的实力逐渐拉大，并最终导致了失败。台湾水师之所以败于不善水战的清军，实乃是输在了双方差距悬殊的综合实力之上，而并非自身的战斗力不足。
