不同品類的益生菌對人體所產生的功效也有不同。
迄今為止，科學家們發現的益生菌主要分為三大類：1.雙歧桿菌類；2.乳桿菌類；3.革蘭氏陽性球菌類。
其中，雙歧桿菌類是人體有益菌中最值得重視和研究的一種。它們中的一些可以將糖分解生成乳酸和醋酸，在腸道中控制有害菌引起的異常發酵，刺激腸胃蠕動。
雙歧桿菌類還可以對肝臟起到保護作用，抑制能產生毒素的有害菌數量，對肝臟患者具有良好的治療作用。此外，雙歧桿菌等有益菌可以影響膽固醇的代謝，將其轉化為人體不吸收的類固醇，降低血液中膽固醇的濃度，對高血壓和動脈硬化有很好的防治作用。
益生菌在人體內起到的是一個漸變的過程。
1-4周，競爭期：
從開始服用益生菌的前4周裡，益生菌會和腸道內現存的有害菌展開激烈的“競爭”。包括營養、生存空間。這個時期的有害菌和益生菌會產生大量的死亡，有害菌的死亡會釋放出大量毒素和代謝物，因此一些人群會在這個時期出現身體不適感。
4-8周，優勢期：
堅持服用補充益生菌數量，就好比在一場戰爭中不斷補充援軍。有害菌數量和釋放出的毒素大大減少，這個時候的人體病症會逐漸感受到改善。
8-12周，鞏固期：
益生菌和體內原有的有益菌協同，在腸道內的比例越來越高。但此刻決不可掉以輕心，有害菌的生存能力是極強的。
12周以上，穩定期：
當益生菌和有益菌數量在體內佔有足夠優勢後，各種益生菌產生的正面效果才會充分表現出來。這時候可將益生菌攝入量適當減半，鞏固效果以防止有害菌捲土重來。
市面上益生菌種類繁多，選擇時一定要注意看清楚。
看活性：
“活的”益生菌才能發揮功效。一些益生菌產品在運輸過程中不注重保護益生菌的生存環境，導致大量死亡，存活下來的僅有5%-20%。死的益生菌可是完全沒有效果的哦。
看菌種：
功效和菌種有很大的關係。比如一些益生菌主要是針對腸胃發揮作用的。而像保加利亞乳桿菌和嗜熱鏈球菌等，甚至都無法到達腸胃。所以在選擇時一定要看清楚菌種。
看數量：
前面也說到了，補充益生菌就像打一場戰爭，“菌”海戰術是關鍵，因此產品中益生菌數量將起到決定性作用。此外，益生菌在到達腸胃前還需經過唾液、膽汁、胃液的消耗，所以益生菌數量越多就能保證到達腸胃的益生菌越多。
