單細胞ATAC-seq應用解析
2019-03-22 09:39
前言
單細胞測序是近年來最熱門的技術之一。其中單細胞ATAC-seq就是從單細胞水平上研究染色質開放性，主要用於轉錄調控序列的檢測，結合單細胞RNA-seq，便可以分析出基因組中所有活躍轉錄的調控序列。該技術已經被廣泛應用於多個研究領域，例如： 腫瘤異質性研究、基因調控網絡分析、細胞譜系示蹤、生物標記物發現等。
首先是，為什麼要做ATAC-seq？
Nature communications的一篇文章的測試結果告訴我們ATAC-seq技術具備著明顯的技術優勢，與ChIP-seq技術只能獲得單一轉錄因子的調控序列相比，ATAC-seq獲取的信息要多，並且ATAC-seq技術比FAIRE-seq與DNase-seq技術需要的樣本量更少，需要的實驗準備時間更短，這表明我們可以通過微量的樣本獲取到更加多的有用信息。
其次是怎麼做單細胞ATAC-seq？
只要老師解離好細胞樣品，並且細胞活率>65%，其餘交給我們歐易生物就可以啦。
最後是，運用單細胞ATAC-seq技術，我們可以實現哪些實驗目的？
通過single cell ATAC-seq技術我們可以獲得在該特定時空下單個細胞基因組中所有的處於鬆散狀態的核酸序列，真核細胞通過將基因組DNA與組蛋白進行不同層次的摺疊組裝成染色質，這些精密組裝信息在基因轉錄調控中起決定性作用。染色質區域的可接近性是特異性反式作用因子和順式調控元件相互作用的前提。而單細胞的RNA-seq可以檢測出特定時空下基因的轉錄表達。結合單細胞ATAC-seq技術與單細胞的RNA-seq技術便可以在單細胞水平分析出所有活躍轉錄的調控序列，這為研究其上游的轉錄因子提供了重要的指導。
文獻引用
- 1. Jason D. Buenrostro, Paul G. Giresi, Lisa C. Zaba, Howard Y. Chang, and William J. Greenleaf. Transposition of native chromatin for multimodal regulatory analysis and personal epigenomics.Nat Methods. doi:10.1038/nmeth.2688.
- 2. Xi Chen , Ricardo J. Miragaia , Kedar Nath Natarajan & Sarah A. Teichmann .A rapid and robust method for single cell chromatin accessibility profiling. Nature communications .2018.9:5345 doi:10.1038/s41467-018-07771-0
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