公司章程通常被人们称为“公司的宪章”，是公司活动应当遵从的根本准则，其在公司中的法律地位毋庸置疑。股东协议是指全体股东就公司事项协商一致后达成的协议，往往体现了公司全体股东的最真实意思，因此对全体股东更具约束力。因二者对于公司股东的效力不分伯仲，在规定不明的情况下，二者往往会产生冲突，实务中就经常出现公司股东根据其一，提出不同主张从而引发纠纷的案例。那么如何避免和解决二者的冲突，结合实务谈几点体会。
一、重视公司章程的制定
在设立公司时，发起人应当充分协商，共同制定公司章程，除必须包括法定内容外，要对本公司的特有事项做出原则规定。
要避免简单从事，套用网上模板，就是借用网络模板也应当针对自己公司情况做出相应调整，切不可照搬照抄。针对部分地方工商局在公司登记时只允许使用其提供的模板，而只让填空的做法，发起人应当据法力争使用自己制定的公司章程。即使不成，也要尽量在公司章程加入一条“公司章程未尽事项，以公司股东协议为准”。这样做的目的只有一个，那就是避免公司章程规定不清引发的纠纷。
二、协调公司章程和股东协议的不同作用
二者虽然都是全体股东共同协商制定的，但二者在效用上还是存在区别。公司章程一经合法制定，不仅对全体股东有效，而且对公司的董事、监事、经理等公司职工，甚至公司经营的相对人都有效力，表现出了类似规章的公示效力。股东协议的效力一般只限于公司股东，涉及的范围也只限于协议约定的事项，表现的是合同效力。
基于二者以上的效力特点，在拟定时就要有所侧重，在制定公司章程时，要注重体现其的公示作用，只对公司的重大事项作出原则规定。并且赋权股东可就未尽事项做出约定。股东协议则要着眼规范股东的权利义务，任务分工，股份代持，表决权的分配行使，股权的转让退出等比较具体的事项。而且要明确这些约定具有优先效力。
三、遵循基本法律原则解决二者的冲突
在公司章程与股东协议出现不同规定，或者是一些条款引发争议时。首先，如果争议涉及股东之外的第三人，那么在第三人不知股东协议的情况下，只能适用公司章程的规定。其次，如果股东间根据公司章程和股东协议提出不同主张的，一般应当优先适用股东协议的约定，这就如同普通法与特别法的关系。再次，如果公司章程经过修改后，其中的规定与之前制定的股东协议发生了冲突，这时一般应适用公司章程，这就是新法优于旧法的原则。最后，控股股东利用2/3表决权修改公司章程违背股东协议损害小股东利益的，小股东可以共同签订的股东协议提出抗辩。
以上是解决公司章程和股东协议冲突的大致思路。在实务中公司章程和股东协议发生冲突的情况要复杂的多，须具体情况具体分析，这里只是最基本的原则而已。
