甲狀腺癌有的預後好一些，有的則會差一些。甲狀腺癌分化程度從高分化到低分化不等，預後也不一致。甲狀腺癌越早治療效果越好，相對的預後也就越好。
一般來說甲狀腺癌的患者的預後情況是由甲狀腺癌的病理分期、是否得到良好的治療等因素來綜合決定的，患者的年齡和性別也會對甲狀腺癌的預後在一定程度上造成影響。
從病理來看甲狀腺癌的預後
根據甲狀腺癌病理類型所引起的預後的不同，甲狀腺癌的病理類型在臨床上分為乳頭狀癌、濾泡狀腺癌、未分化癌和髓樣癌四種類型。甲狀腺癌的患者根據病理不同預後也會不同：
（1）乳頭狀癌：最常見的甲狀腺癌，淋巴只在局部轉移，惡性程度較低且經過治療預後較好。
（2）甲狀腺濾泡狀癌：治療效果一般，容易出現全身轉移的情況。
（3）髓樣癌：惡性程度較高，具有遺傳的可能性。
（4）未分化癌：是極少數的，其惡性程度很高但是預後相對來說會很差，患者的生存期通常是最多6個月。
對於分化型甲狀腺癌術後切除，其總體五年生存率高達95%~100%，髓樣癌五年生存率為80%左右，未分化癌五年生存率僅為11%。
研究：年齡越大預後越差
個體因素、腫瘤情況以及綜合治療情況等均可能影響患者的預後。評估甲狀乳頭狀腺癌術後預後情況的評分系統主要有MACIS評分系統、AMES評分系統以及AGES系統。
以較精確的MACIS評分系統為例，該系統主要是評價乳頭狀甲狀腺癌的預後。
M指術前是否存在遠處轉移（是：3分；否：0分）
A指年齡(≤39歲評為3.1分；≥40歲評分為0.08×實際年齡（歲）
C指的是腫瘤是否被完全切除（未完全切除評為1分，完全切除評為0分）
I指的是是否侵犯甲狀腺外組織（侵犯評為1分，未侵犯評為0分）
S是指腫瘤直徑，直接評分為0.03×直徑（釐米）
總分小於6分，20年生存率為99%；6~6.99分20年生存率為89%；7~7.99分20年生存率為56%；大於等於8分，20年生存率為24%。
年齡一直被認為是甲狀腺乳頭狀癌(PTC)的重要預後因素，年齡小於45歲的患者無論處於哪個階段，生存率都較好。
另一個年齡限制是60歲。60歲以上的PTC患者與年輕患者相比，即使考慮了其他預測因素，生存時間明顯更短。
