圖鑑簡介
「神奇寶貝圖鑑」是在本作中十分重要的一項物品，在本作設定中，圖鑑是隻有博士指定的人選才會持有的物品，經由登錄指紋成為正式的圖鑑持有人。圖鑑只要遇到神奇寶貝就可查詢資料(注1) ，若收服了則可查詢更詳細的資料。而除了最基本的紀錄神奇寶貝的生態外，它們亦有多種不同的功能：
•可確認己方或對手的神奇寶貝狀態、絕招、力量等資料。
•追蹤系統，可追蹤野生神奇寶貝的巢穴或動態（自圖鑑II起，但無法追蹤幻之神奇寶貝(注2) 。此外於圖鑑V新增了時間帶分佈資訊）。
◦設定上如果追蹤的神奇寶貝被人收服則圖鑑會出現錯誤訊息，不過這應該是隻針對傳說神奇寶貝。
•攜帶式傳送系統，由正輝所開發，用專用的對戰連結線和神奇寶貝裝置作連結後，即可進行單向傳送神奇寶貝（克麗絲持有）。
•通信交換系統，藉由將兩臺圖鑑面對面，即可近距離隔空交換彼此指定的神奇寶貝（自圖鑑II起，舊圖鑑雖不具有這功能，但進行普通交換時仍會自動登陸為己方的神奇寶貝）。
•紀錄、播放立體影像（自圖鑑II起）。
•可透過文字顯示超能力神奇寶貝的想法（非主要功能）。•皮卡丘的心情繫統大木博士無聊新增的系統(注3) 。
•可取透過電波取消神奇寶貝的進化。
•可紀錄冒險的旅程（自圖鑑III起(注4) ）。
•可顯示神奇寶貝的性別差異、型態、大小和體重差異（自圖鑑V起）。
•可顯示神奇寶貝的腳印（自圖鑑II起）。
•觸控式介面（自圖鑑V起）。
• 共鳴系統，在第二章中為了尋找小智而增加的功能，只有真正的圖鑑持有人聚集在一起才會產生共鳴（即登錄圖鑑的主人，僅限登錄一人(注5) ）
◦通常是同款的三臺圖鑑聚集在一起並會產生共鳴，但也出現過不同款的多臺圖鑑聚集在一起產生共鳴的情況，被形容為不同於一般的共鳴音，堪稱本作圖鑑的經典功能。
◦ 在第七章前半段，該功能被神奧三人組當成會合的Morning Call在使用。
目前圖鑑一共分為十款，每款主要以三臺為主（關都版、城都版、豐緣版、關都全國版、城都全國版、豐緣全國版、神奧版、合眾版、卡洛斯版、阿羅拉版）。
•目前關都第一版圖鑑盡一臺，由小洛運行，另外兩臺報廢、城都和豐緣第一版圖鑑全員升級為全國圖鑑、合眾圖鑑一臺報廢，盡有兩臺運行，目前尚不知拉克茲與懷茲的合眾圖鑑與前三臺有何關聯、卡洛斯圖鑑目前僅兩臺運行，一臺下落不明、阿羅拉圖鑑目前僅兩臺運行，一臺為洛託姆圖鑑，所以實際運行的圖鑑為二十一臺。
•總結為（按上面列出的地區順序排）：。Dex I-小洛持有（原為小智的）
。Dex II-原阿金、阿銀、克麗絲持有
。Dex III-原路比（小田卷博士授與(注6 ) ）、莎菲雅、米拉特（曾被小光（小充）暫時持有）持有
。Dex IV-小智、小茂、小藍持有
。Dex V-阿金、阿銀、克麗絲持有
。Dex VI-路比、莎菲雅、米拉特持有
。Dex VII-戴亞、帕爾（兩臺原預定為保鑣的）、普蘭汀娜持有
。Dex VIII-布萊克、懷特（白露授與）、黑次、白慈持有
。Dex IX-艾克斯、華依持有
。Dex X-桑恩、暮恩持有
特別篇的圖鑑大多以紅色為主，不過也有少數例外：戴亞的圖鑑為藍色、帕爾的圖鑑為橙色，克麗絲（城都全國）、懷特、懷茲的圖鑑因為對應遊戲女角的圖鑑，所以為粉紅色。
根據第七章的設定延伸腦補，各地區的圖鑑最初應該只能查詢該地區的神奇寶貝，升級之後才可查到其他資料庫裡有的神奇寶貝，而升級成全國圖鑑後則可直接紀錄資料庫裡沒有的神奇寶貝高科技。
另外，火箭隊亦曾製作過黑暗圖鑑，不過那並不在規格內。
前十位圖鑑持有人的合照及圖鑑彙集。
注1 不過某幾回曾出現例外情形（第七章初期），僅顯示該神奇寶貝的名稱，其他資料則顯示???，原因不明。
注2 傳說神奇寶貝的分支，官方定義為僅能靠配布獲得的傳說神奇寶貝；世界觀定義為極其稀有，如同幻影般，並具有特殊力量的傳說神奇寶貝，泛指部份小型傳說神奇寶貝（但官方定義也有大型的）。
注3 因為小洛也用不到。
注4 可能更早就有，但之前沒提過，大小與體重差異亦同。
注5 小洛由於小智的舊圖鑑資料已清空，因此破例可登陸。
注6圖鑑在授與他人時狀態皆是未登錄（但可使用，只是沒登錄），白露亦同。
