关于“金陵十二钗”的排列顺序，似乎早已众说纷纭，感觉不外乎以下几种观点。
第一，与贾宝玉的亲疏关系。
从黛玉和宝钗的判词和曲子都在一起可以看出，黛玉和宝钗命运关系密切，而且都与宝玉有着切身关联，故而她俩的排序都是在第一位的。但是也有可能是因为她俩同时才情也是不相伯仲，故而排序第一。
可叹停机德，堪叹咏絮才。玉带林中挂，金簪雪里埋。黛钗
但是紧接着就是宝玉的姐姐元春，无论是《恨无常》曲还是判词，都是第二，若论才情，元春断不及此。不要说妙玉，就是元春后面的史湘云和妙玉就肯定比元春的才华高。故而这里的排序应该包含了与贾宝玉亲疏关系的原因。
第二，薄命与否。
贾宝玉去翻看的正是“薄命司”中女子之簿册。故而这里的女子无一例外都是薄命之人，这也可以解释为什么晴雯那么娇弱，香菱那么命苦，因为她们本来就是薄命司中人。
仙姑无奈，说：“也罢，就在此司内略随喜随喜罢了。”宝玉喜不自胜，抬头看这司的匾上，乃是“薄命司”三字，两边对联写的是：春恨秋悲皆自惹，花容月貌为谁妍。此司中女子，虽有花容月貌，怎奈红颜薄命，故而可悲可叹。
晴雯
黛玉早夭，宝钗守寡，湘云流落，妙玉沦陷，想必皆是命中注定。倘若不是如此，她们又怎入得了“薄命司”。
第三，才华或者才能是否为作者欣赏。
关于“金陵十二钗”的说法，宝玉曾经有过疑惑。警幻仙子的答复是这样的。
宝玉问道：“何为‘金陵十二钗正册’？”警幻道：“即贵省中十二冠首女子之册，故为‘正册’。”宝玉道：“常听人说，金陵极大，怎么只十二个女子？如今单我家里，上上下下，就有几百女孩子呢。”警幻冷笑道：“贵省女子固多，不过择其紧要者录之。下边二橱则又次之。余者庸常之辈，则无册可录矣。”宝玉听说，再看下首二厨上，果然写着“金陵十二钗副册”，又一个写着“金陵十二钗又副册”。纵然黛玉宝钗与宝玉关系密切（夫妻），元春、探春、湘云也关系密切，但妙玉一个非亲非故的出家人居然紧跟湘云之后，较之迎春、惜春、熙凤等亲人反倒靠前，可见宝玉对妙玉才情之欣赏。
妙玉
在《红楼梦》介绍妙玉的时候说：
因生了这位姑娘自小多病，买了许多替身儿皆不中用，到底这位姑娘亲自入了空门，方才好了，所以带发修行，今年才十八岁，法名妙玉。【庚辰双行夹批：妙卿出现。至此细数十二钗，以贾家四艳再加薛林二冠有六，添秦可卿有七，熙凤有八，李纨有九，今又加妙玉仅得十人矣。后有史湘云与熙凤之女巧姐儿者共十二人，雪芹题曰“金陵十二钗”是本宗《红楼梦》十二曲之意。后宝琴、岫烟、李纹、李绮皆陪客也，《红楼梦》中所谓副十二钗是也。又有又副册三断词乃晴雯、袭人、香菱三人，余未多及，想为金钏、玉钏、鸳鸯、苗云、平儿等人无疑矣。观者不待言可知，故不必多费笔墨。】脂砚斋之言，似乎也印证了这一点。
第四，地位的高低。
从元春非才情第一而居于第二可知，地位可能也是排序靠前的一个原因。但是如果把妙玉这个“异类”算进来的话，地位这一点就不作数了。毕竟一个出家人，怎比得上琏二奶奶王熙凤在贾府的地位高。所以我们只能将元春算做按照亲疏关系来排列的结果。毕竟元春和探春是宝玉除了黛钗之外最亲近的人。
元春
不过，如果把“金陵十二钗副册”和“又副册”算上的话，按照地位的趋势还是很明显，不然何以香菱、袭人一个在副册，一个在又副册？为什么“副册”和“又副册”都是贾府的丫鬟而不是别人呢？
再者说，金陵那么大，薄命或者有才情的也多了，为什么这些册子单单是贾府上上下下的女子呢？这就可见作者狡猾之处了。
把以上四点都考虑进去的话，我们再来玩味脂砚斋上面的批语；
后宝琴、岫烟、李纹、李绮皆陪客也，《红楼梦》中所谓副十二钗是也。又有又副册三断词乃晴雯、袭人、香菱三人，余未多及，想为金钏、玉钏、鸳鸯、苗云（按：书中不见此人，想是彩云？）、平儿等人无疑矣。观者不待言可知，故不必多费笔墨。如果连宝琴也在“副册”里面，宝琴无论地位还是才华都毫无疑问高于“金陵十二钗”中的很多人，比如迎春、探春、惜春、可卿、李纨、巧姐等人。那么她为什么“屈居”于下？这就可见宝琴并不是作者着意悲叹之人，或许她并不到其他人那么命薄程度？毕竟邢岫烟、李纹等人的结局似乎也算相对不错。再者，宝琴与宝玉的关系，其实还是隔着好几层。
不过，副册之首香菱的命运的命运却是实实在在很悲惨悲催的，可以说是《红楼梦》里少有的惨不忍睹的女子了。连作者也说她“甄英莲”（真应怜），那确确实实是没过一天好日子，一生几乎都是沉沦苦海。
香菱
从这些比重上掂量的话，“金陵十二钗”排序最关键的因素应该还是与作者的亲疏。或者说，是这几个女子的悲惨命运撑起了贾府之繁华易逝、如梦似幻的悲凉，这“十二钗”都是和贾府关系密切之人，甚至是在大关节处有所暗示之人。
红楼梦
知道了这些，我们再来分析巧姐为什么会入选“金陵十二钗”就容易多了。
第一，巧姐是王熙凤的女儿，和贾宝玉有亲戚关系。
第二，巧姐代表了贾府年轻一代的未来，而且她是个女的，很薄命。
《红楼梦》自从开始，就一直不停地死人，几乎不曾有新生儿出现。巧姐虽然也是一开始就有的，但毕竟是贾府年轻一代的女子。而且如果说贾兰的话，一则他是个男的，二则他最后结局蛮好，还替他妈李纨挣了一个凤冠霞帔，所以他就不是主角。
只有巧姐既命薄，又是个女的，还关系到贾府的兴衰（因贾府衰而衰）。
巧姐
正因为具备了以上几点原因，巧姐才得以“有幸”（其实是大不幸，一个侯门绣户之女，居然嫁给了一个农夫，想想命运还是很滑稽的）入选“金陵十二钗”。