万历三十九年（1611年），努尔哈赤53岁了。那个时代，女真人的平均寿命都不高，五十多岁已是高寿，努尔哈赤不得不对自己的身后事作出安排。经过再三的斟酌，他于万历四十年（1612年）六月，正式立褚英为太子，并授命其执掌国政。
褚英18岁开始领兵打仗，22岁执掌白旗，参与议政。23岁被指定为储君，秉执国政，是努尔哈赤亲手培养的继承人。然而，实际上不论资历还是威望，褚英都远没有父亲那样至高无上。再加上年轻气傲，见识短浅，心胸偏狭，也没有经历过真正的政治上的训练，在权力角逐和抗衡中，不懂韬光养晦，所以，做了很多错事。
此时，他本已是一人之下万人之上，但他却对父王“爱如心肝”的四大贝勒和父王“信用恩养、同甘共苦”的五大臣心存忌惮，总想着趁努尔哈赤在世时，逐渐削夺四大贝勒和五大臣的权力，巩固自己的储位，为自己顺利即位铺平道路。他的这种做法使四大贝勒和五大臣人人自危，更促进了他们的联合，使他陷于孤立。
愚蠢的是，褚英对自己的处境不但没有省察自警，反而为了树立自己的权威，竟号令诸贝勒与诸大臣对天发誓，效忠自己。四大贝勒和五大臣怎么能买他的账呢？
于是，纷纷上书告状，状告其缺乏治国公心，离间五大臣的关系；逼迫弟弟们在夜里发誓，背着父亲忠于自己；并且威胁贝子们如不顺从自己，将在父亲死后断绝对他们的供养，即位之后，弟弟和大臣们谁反对他，他就杀掉谁。努尔哈赤接到这些告状后，心情十分沉重。他拿着那些状告文书当面对褚英说：“儿子，这是你四个弟弟和五大臣告发你的文书，你先看看，如有不实之处，你可以据理辩白。”这其实是给褚英一个检讨自己、痛思悔过的机会，只要他能把事情解释清楚，承认自己狭隘偏私给兄弟和大臣造成的伤害，或许会得到父亲的宽恕和一如既往的扶植。可是，褚英仍然固守己见，表示无话可说。他的态度惹怒了父亲，他在立储之时，本就顾虑褚英“从幼偏狭，无宽宏恤众之心”，本希望他通过执掌政务得到锤炼，能够“弃其偏心，为心大公”，不想他一意孤行，不思悔改。于是，努尔哈赤下令削夺了他的权力，并将其所属部民和牧群等悉数收回，分给了其他儿子。至此褚英从被立为储君到他最后失去执政权力，只经过了短短的3个月时间。
之后，努尔哈赤两次率兵征伐乌拉时，都让他留守建州，却把守城之责先后委代善、莽古尔泰和皇太极，明显表现出对他的不信任。对此，他不但没有反躬自省，心中反而更加愤怒和不满。于是当父亲出兵在外的时候，他竟焚表诅咒努尔哈赤及诸贝勒、众大臣兵败。并扬言说，如果他们兵败回来，他是不会让他们进城的。
努尔哈赤回来后，褚英的诅咒被部下揭发。努尔哈赤盛怒之下将他因禁。被押两年之后，明万历四十三年（1615年）八月二十ニ日，距努尔哈赤建国称汗只有不到4个月的时间，褚英被努尔哈赤以不思悔改之名下令处死，年仅36岁。
几百年来，人们一直在探询：是什么让努尔哈赤残忍地杀害了自己的亲生儿子？有人试图从努尔哈赤性格上找原因，说他是一个生性残暴的人，“虽其妻子及素亲者，少有所忤，即加杀害”。也有人认为努尔哈赤杀褚英是要保住自己至高无上的地位。
其实，努尔哈赤同样也是一个情意深重的父亲，他一生最后悔的事就是因杀了长子褚英。特別是年老之后，努尔哈赤每每回顾这件事情，都痛彻心扉，久不平静。
据《清太祖武皇帝实录》卷三记载，为了不愿再看到子孙们骨肉相残的事，天命六年（1621年）正月十二日，努尔哈赤召集诸子侄代善、阿敏、莽古尔泰、皇太极、阿济格等对天地神衹，焚香设誓：“吾子孙中纵有不善者，天可灭之，勿令刑伤，以开杀戮之端。……若弟中若有作乱者，明知之而不加害，俱坏（怀）礼义之心，以化导其
愚顾。…自此之后，伏愿神衹，不昝既往，惟鉴将来。”对于这柱史上鲜见的父杀子的悲剧，有史学家认为，努尔哈赤是一位具有远大政治抱负的政治家，当他的力量还很弱小时，他需要一支强有力的骨干队伍，同心同德，朝着既定的大目标共同奋斗。当时这个骨干队伍主要是两个集团：一个是宗室贵族集团，以四大贝勒为代表；另一个是军功贵族集团，如五大臣。当褚英被推到执掌国政的地位时，因为他没有恰当地处理好各种关系，两个集团的主要成员都反对他。
努尔哈赤不处理褚英，就会出现三个不合：宗室贵族不合、军功贵族不合、宗室贵族与军功贵族不合。除掉褚英之后，使宗室贵族合与军功贵族大合，从而为建立后金政权、创立大清事业莫定了基础。