后金天命十一年即1626年的8月21日，努尔哈赤毒疽发作而离世，皇太极继承汗位。
据朝鲜史籍《鲁庵文集》记载，老汗王（努尔哈赤）临死曾表示过：“‘皇太极能成吾志’。终无所命而死。”所以看来，皇太极得汗位是符合努尔哈赤遗命的。
但是，关于皇太极是如何继位的问题，却有许多不同的争论，因为当时皇太极在诸贝勒中无论是年龄、功绩、外援势力上都没有明显优势，他能不通过政变而顺利登基继承大统，一直是清代的不解之谜。
篡位说
一直以来，许多研究明清史的专家认为，皇太极的汗位是从他的幼弟多尔衮手里篡夺而来的。
清人蒋良骐的《东华录》顺治八年也就是1651二月己亥诏内记载，多尔衮称“太宗文皇帝（皇太极）之位原系夺立”，也就是暗示皇太极篡夺汗位。据说努尔哈赤生前已经立多尔衮为嗣子了，但是皇太极用阴谋狡诈的手段从其幼弟手中夺取了汗位。为除篡位隐患，他逼迫多尔衮生母大妃阿巴亥殉葬。
这种说法受到一些人的怀疑，认为大妃殉葬确实出自努尔哈赤的本意。努尔哈赤因为痛恨多尔衮的生母不忠，所以在去世前特命她殉葬。当时多尔衮才15岁，既无功业，也无威望，因此不可能立多尔衮为嗣。即位后，皇太极对多尔衮“特加爱重”，大力培养提拔他，多尔衮对皇太极的恩育也是万分感激，尽心力辅佐皇兄，他勋劳卓著，成了皇太极最得力的助手。总之，皇太极与多尔衮兄弟感情较好，无法想象皇太极对多尔衮干下篡位、杀母的勾当。
争斗说
也有研究者认为，皇太极的汗位是经过了激烈的争斗，最后力克竞争对手而得到的。
在努尔哈赤死了之后，皇太极与贝勒们争夺汗位，斗争日趋白热化，最后皇太极打败对手，自立为汗。这期间，皇太极与代善之间的争是最激烈的。大贝勒代善有声望，有勋绩，也很有势力，一直以来是汗位的竞争者。皇太极则抓住一切机会来打击代善，曾经利用代善与大妃阿巴亥的暖昧关系，借舆论推波助澜，促使努尔哈赤罢黜大妃，代善的威望也因此遭受了损害。努尔哈赤死后，他逼大妃殉葬，以削弱代善的势力，最后压服代善，自己夺取了汗位。
推举说
还有人认为，皇太极汗位不是夺的，而是诸贝勒们推举的。
太祖努尔哈赤生前没有立嗣子，为汗者须要贝勒们推举产生。努尔哈赤共有儿子16个，大贝勒代善，二贝勒阿敏，三贝勒莽古尔泰和四贝勒皇太极是当时的四大贝勒，争夺大位最有希望的也就是这4个人。
大贝勒代善年纪长、军功多，为人也厚道。只有一点，代善后妻和前妻的儿子硕迁跟关系不好，代善要杀了他这个儿子。经努尔哈赤的反复地凋查，发现是他的后妻在其中挑拨离间，因此很不高兴。代善为了讨好父亲，杀了后妻。努尔哈赤反而认为这种行为是不可以做国君的。
二贝勒阿敏是努尔哈赤的侄子即舒尔哈齐的儿子。舒尔哈齐有了问题，努尔哈赤把他关起来，后来他忧愤而死。其实这件事情和阿敏也有关系。可是努尔哈赤没有关阿敏，但是他也没有资格来争夺大位了。
三贝勒莽古尔泰的母亲犯了罪，莽古尔泰亲手把她杀了，同样失去了做国君的可能。这样四个大的贝勒就剩下皇太极了。
皇太极下面还有弟弟多尔衮和多铎。当时多尔衮15岁，多铎13岁。女真有幼子继承的这种传统，不过皇太极和其他得几个贝勒商量后，趁着努尔哈赤刚死，就说先父有遗言，要大妃殉葬，使得多尔衮和多铎失去母亲的支持，不可能同皇太极争夺汗位了。在这种情况下，努尔哈赤死时，代善长子劝代善说：“四贝勒（皇太极）才德冠世，深契先帝圣心，众皆悦服，当速继大位。”代善同意了。第二天日，在贝勒们大臣聚于朝时，代善提议举皇太极为汗，诸贝勒“皆喜曰善。议遂定，乃合词请上即位”。
这样一场刀光剑影、不择手段的权力争斗，被代之以和平友好的互相谦让的程序顺理成章地完成了。这与贯穿清朝——特别是其前期血腥的最高权力之争，形成强烈反差，另一方面也说明了皇太极的足智多谋。综上各方面的分析，皇太极继位的各种说法各有驳立，难以确认历史真相。