王府官制的第一次改革：增设文官
洪武四年申定的王府官制并非定制，之后，朱元璋又陆续进行了各种更定。
先是洪武五年正月，置亲王护卫指挥使司，每王府设三护卫。洪武七年正月，改王相府牧正署为孳生所，这当是因时损益之举。而后，洪武七年九月，改王相府参军为长史，有明一代王府“长史”一职就此设立。在此时，长史一职的职责是否是参军原先的职责，仍然不明确。洪武八年九月，朱元璋升秦府纪善林温为秦相府长史，翰林院编修朱右为晋相府长史，朱廉为楚相府长史，赵埙为靖江府长史。查《明实录》可知，朱右、朱廉和赵埙三人均儒士出身，洪武六年十二月被任命为翰林院编修。林温由纪善升任长史，亦为文职出身。据此可以确定，“长史”乃文职。洪武九年正月，诏移王相府奉祠所于王傅府典签司后，良医所于典仪所前，典仪改正八品，奉祠所设典乐一人，正九品，俱命刊著于《祖训录》。洪武九年二月，命重定王府官制，这是对洪武四年王府官制进行的第一次重大改革，其内容如下：
（丙戌）王相府设左、右相二人，武相一人，文相一人，左、右傅二人，武傅一人，文傅一人，首领官长史二人，录事二人。罢王傅府及典签司咨议官并护军府，增设伴读四人，选老成、明经、慎行之士任之，侍读四人，收掌文籍，少则缺之。
（丁亥）置王府典膳所。典膳正、副各二人，司酝二人，典宝所典宝正、副各二人，其正副兼以中官、流官为之，门官二人，正一人，副一人。
这次更定最重要的内容是罢去王傅府，增设伴读和侍读，设置长史二人。相比洪武四年的官制，这次更定有着明显不同于前的政治意义：一是，加重了王府文官的比重，增设伴读四人，且“选老成、明经、慎行之士任之”；增设侍读四人，其职责也是收掌文籍。二是，王府武官的地位略有削弱，王相与王傅虽然人数和品秩并无改变，但王傅府被裁撤，王傅隶属于王相府之下。三是，增设洪武七年改制的首领官长史为两人，表明对长史一职的重用，长史仍然是文职。从上述三条可以看出，逐步增加文官的数量，提高文官的地位是这次改革的目的所在。
在增设文官的同时，即是削弱武官的地位，除了在官制上裁撤王傅府外，在实际任命中，朱元璋不再令王相傅兼任地方行省或都司官员。在王府官制改革前一月，即洪武九年正月，朱元璋对王府相傅进行了一次较大规模的任命：
以前监察御史焦普等三十三人为秦、晋、燕府纪善等官。以户部侍郎汤槃为秦府右傅，佥都督谢成为晋府左相，致仕湖广参政陶凯为右相，太原护卫指挥使袁洪为左傅，户部侍郎陈显为右傅，燕府左傅费愚为本府左相，河南参政陈昧为右相，佥都督丘广为左傅，户部郎中王务本为右傅，广西护卫指挥佥事董勋为靖江府左相，浙江参政李质为右相，飞熊卫指挥佥事徐礼为左傅，户部尚书李泰为右傅。
这次任命一定程度上改变了勋戚宿将任王府相傅的旧例，而且王府官不再兼任地方军政官职。早在洪武六年，朱元璋就开始派遣文职出身者就任王府，如以翰林修撰吕宗盛任晋府纪善，国子助教朱复为燕府参军等，但当时尚非常例。在这次官制改革后，朱元璋便大量任命出身文职者赴任王府官。洪武九年二月，以武宁县知县马植等五十七人为秦、晋、燕府长史、审理、奉祀等官。同年八月，以国子生成德琦、牟铭、刘暹为秦府伴读，张寅、王翀为晋府伴读，张翱为燕府伴读，王谦为靖江府伴读。闰九月，以前山西行省员外郎谢达为楚府长史，之后又以温祥等七人为各王府长史，温祥等七人由何职赴任长史，实录并未交代，可能正因为职位不高，故不为之记录。
洪武十年，朱元璋命各布政使推举教官中有学行者为王府官，然后任命崔讷为吴相府长史，彭士敏为录事，张浩为齐府伴读，以国子助教胡隆成为齐相府长史。到了洪武十一年，长史可直接升任王相，“命燕府长史朱复为燕相府左相”，随着王府相傅不再兼任地方军政官员，朱元璋开始禁止王相傅干涉地方有司，其目的仍然是削弱王府相傅的权力。洪武十一年三月，太祖任命桂彦良为晋王右傅。在敕谕中说：“尔既职为王傅，凡王府之事，专以《祖训录》为规，毋作聦明，务欲安静，毋出位以干有司，惟导王以从正道，以此而行，则王佐之材足矣。”明确告诫桂彦良“毋出位以干有司”。随后又赐诰曰：“国傅之职，所以辅导王德，综理国政”。同年七月，太祖在对秦相府的敕谕中再次明确王相不得干预地方财政和司法：
（洪武十一年秋七月）敕秦相府官曰：“王府设官，本古之道，然古者惟以文章之士匡辅诸王。朕封诸子，兼设武臣于相府者，盖欲藩屏国家，御侮防患，无事则助王之治，所以出则为将，入则为相。今靖江相府官与指挥耿良不协，甚有欺凌指挥之意，由是命武相有警则出而为将，护卫指挥副之归，则勿与金榖、刑名之事，军务则文武议之，无事则导王以善。或中书省文移，有乖朕意，尔即如敕行之。”
洪武九年王府相傅不兼任行省官，十一年又命毋干预诸司事，由此，黄彰健推断：“十四年《祖训录》及二十八年《祖训》所定，诸王不预地方民政财政，都司兵仅有警可调遣，此制当始于洪武九年，而六年五月初定本或不如是也。”此一看法尚需斟酌，规定不得干预地方财政和司法，确是始于洪武九年相傅不再兼任地方军政官，无甚疑问；但这一规定是针对王府相傅而言，并非诸王，其理由有五：第一，洪武九年，诸王尚未之国，很难说禁止干预地方诸司的规定是对尚在朝中的诸王而言。第二，洪武十一年三月，秦晋二王之国，上述两条敕谕虽然恰是在二王之国之后朱元璋所下发，但从敕谕内容看，太祖重点是要表明王府相傅的辅导之职，其中不得干预诸司的规定亦是告诫相傅不得出位而已。第三，从朱元璋同时期直接训诫诸王的内容来看，朱元璋对他们的政治期待仍然很高，俨然御民之股肱。洪武十一年三月朱元璋训诸子曰：
昔有道之君皆身勤政事，心存生民，所以能保守天下，至其子孙废弃厥德，色荒于内，禽荒于外，政教不修，礼乐崩弛，则天弃于上，民离于下，遂失其天下国家。为吾子孙者当取法于古之圣帝哲王，兢兢业业，日慎一日，鉴彼荒淫，勿蹈其彻，则可以长享富贵矣。
朱元璋要求诸子勤政事、存生民，取法于古之圣帝哲王，其中并无任何限制诸王干预地方诸司的言辞。同年五月，又赐书秦王和晋王，要他们休养生息，勿劳役生民。第四，从后来诸王陆续之国后的实际作为看，诸王不仅拥有极大的军事权力，也拥有节制布政司的权力，洪武三十年三月，朱元璋曾因四川榷茶事宜，要蜀王告谕布政司和都司：
遣驸马都尉谢达往谕蜀王椿曰：“秦蜀之茶自碉门、黎雅抵朵甘、乌思藏五千余里皆用之，其地之人不可一日无此，迩因边吏讥察不严，以致私贩出境，为夷人所贱。夫物有至薄而用之则重者，茶是也，始于唐而盛于宋，至宋而其利博矣。前代非以此专利，盖制戎狄之道，当贱其所有而贵其所无耳。我国家榷茶，本资易马，以备国用。今惟易红缨杂物，使番夷坐收其利而马入中国者少，岂所以制夷狄哉？尔其谕布政司、都司严为防禁，无致失利。”
蜀王由于在四川处置得当，还获被《明史》称赞为“独以礼教守西陲”。第五，仔细检阅《祖训录》和《皇明祖训》，虽然朱元璋在最后修订的《皇明祖训》中，对诸王的司法权和人事权有所限制，但并无直接限制诸王干预地方民政和财政的规定。事实上，禁止诸王干预诸司的规定是永乐时期出台，作为藩禁政策的一个方面而施行的，这个问题将另文详述，此处不再赘言。
反观洪武九年到十一年的王府官制改革，可以说这次改革的主要意图是削弱王府武官的权力和地位，采取的主要措施有：1、增设文官；2、王府相傅不再兼任地方军政官；3、限制王府相傅的职权，不得干预诸司。上述这三项措施确实使得王府武官地位大为削弱，与洪武三年的境遇已无法比拟，但这些措施并不能简单视作对诸王权力的限制，从朱元璋对诸王的政治期待、诸王之国后实际拥有的权力推断，以及依据“祖训”文本条文，朱元璋从未命令禁止诸王干预诸司，此时期的限制规定主要是针对王府相傅而言。