錢龍錫受到史無端誣衊，向皇帝聲辯，收受賄賂寄存徐本高家，純屬無稽之談。皇帝不得不承認，這些原本是風聞之詞，不再追究。不過事已至此，袁崇煥是否賄賂錢龍錫，錢龍錫是否轉移財產，事實的本身已經沒有什麼意義，皇帝要處死袁崇煥的決定已不可改變。
一波剛平，一波又起。袁崇煥被逮捕入獄的消息引發朝廷上下強烈反響，一些別有用心的人，唯恐天下不亂，乘機制造政治事端。“閹黨”餘孽上竄下跳，掀起了“欽定逆案”以來第一次翻案風波，並且由袁崇煥牽連到內閣大學士錢龍錫，終於使得袁崇煥的罪狀層層加碼，喪失了轉圜的可能。
原先皇帝下令逮捕袁崇煥時，並沒有處死之意，只是“暫時解任聽勘”而已。當時朝廷中十分之六七的大臣以為袁崇煥蒙不白之冤，可是懾於皇上的震怒，不敢輕易表白。獨有兵科給事中錢家修冒險進言，為袁崇煥鳴冤叫屈，稱讚他“義氣貫天，忠心捧日”，身為大將，從未為子弟乞求一官半職，自己的住宅、衣食依然樸素如故。這樣清正廉明的大臣，希望皇上能夠從寬發落，照舊起用。朱由檢答覆道：等待審問明白，就命他前往邊塞立功，重新起用。從中可以窺見皇帝仍舊要他“邊塞立功”的心態。
遺憾的是，朝廷中有人硬要把袁崇煥與黨爭糾纏在一起，使事情複雜到無法收拾的地步。
御史史就是這樣的代表人物。他在崇禎三年（1630）八月初六日的奏疏中，捏造事實，誣衊已經辭官的錢龍錫，支持袁崇煥殺毛文龍，與後金談判。於是扣上一頂大帽子：“賣國欺君，秦檜莫過。”真是奇談怪論！與薊遼督師商量平遼方略，是一個內閣大臣的份內事，居然被定性為“賣國欺君”，並與千古罪人秦檜相提並論，居心險惡之極。他還胡說錢龍錫接受袁崇煥賄賂銀子幾萬兩，寄存在姻親徐本高（已故內閣首輔徐階的長孫）家中。朱由檢接到這份奏疏，怒不可遏，沒有核對事實真相，貿然下達諭旨：袁崇煥擅自處死毛文龍，與後金談判，導致敵軍進犯，是欺藐君父、失誤封疆的罪狀，限刑部在五天之內審結上報。
錢龍錫受到史無端誣衊，向皇帝聲辯，收受賄賂寄存徐本高家，純屬無稽之談。皇帝不得不承認，這些原本是風聞之詞，不再追究。不過事已至此，袁崇煥是否賄賂錢龍錫，錢龍錫是否轉移財產，事實的本身已經沒有什麼意義，皇帝要處死袁崇煥的決定已不可改變。
崇禎三年八月十六日，朱由檢在乾清宮暖閣召見內閣大臣，商議處決袁崇煥之事。隨即又在平臺召見內閣、五府、六部、都察院、通政司、大理寺、翰林院、六科以及錦衣衛堂上官，共同商議對袁崇煥的處決事宜。其實，所謂“商議”不過是官樣文章，是走過場的形式，主要是聽取皇帝的發落。
朱由檢對大臣們說：袁崇煥辜負朕的託付，一味欺騙隱瞞，為了與後金談判，而處死毛文龍，縱敵長驅直入，頓兵不戰，遣散四處勤王援軍，種種罪惡，不可勝數。然後用詢問的口吻問道：三法司如何判決？
對於如此重大案件，各位大臣都不敢造次，從寬與從嚴都不相宜，只得一味頓首，聽憑皇帝發落。
朱由檢以為大家並無異議，便宣佈他的決定：“依律磔之！”
所謂“磔”，乃是一種酷刑，即寸寸臠割至死，俗稱千刀萬剮。至於袁崇煥的家屬，他也作了決定：按照法律，原本家屬十六歲以上處斬，十五歲以下給功臣家為奴，現在從寬，妻妾子女及兄弟流放至二千里以外，其餘人等不加追究。
內閣大學士以下的大臣，沒有一個敢於表示不同的意見，一致頓首，表示贊同，表示感謝。
朱由檢又追問一句：各位大臣有什麼話要講？
內閣大臣回答：袁崇煥的罪實在不可寬恕。
既然大家意見如此一致，朱由檢立即命令刑部侍郎塗國鼎前往監督行刑。待塗國鼎領旨退出後，朱由檢振振有辭地從袁崇煥引申開來，教訓群臣：諸臣欺罔矇蔽，從無一份奏疏揭發奸惡，你們都應當洗心滌慮，多為國家考慮。大小臣等連忙叩頭引罪。
袁崇煥的命運就這樣草率決定了。如果說，他的死是被錯殺、冤殺的，那麼在場的大臣個個都是幫兇。
他的死，令人慘不忍睹。據張岱《石匱書後集》記載，他被押解到西市，接受磔刑，劊子手從他身上割下一塊肉，圍觀的百姓立即出錢買下，不多久，身上的肉全部割完，竟然開膛破肚，取出裡面的腸胃，百姓一哄而上，搶奪一空。得到一塊肉的人，喝著燒酒，把肉生吞下肚。面頰上沾滿了血跡，還在唾罵不已。有的人拾得骨頭，用刀斧斬碎。因為這個緣故，袁崇煥的屍體可以說是“骨肉俱盡”。只剩下一個首級，還得傳往長城沿線的九個重鎮，警告那些將領，引以為戒
他的死，比熊廷弼要慘多了。一個時代，為國家獻身的人，一旦有差錯（這種差錯本身還有很多疑問），都要死得如此之慘，只能說是國將不國的不祥之兆。嗚呼！
袁崇煥死後，他的妻妾兄弟被流放到福建，財產全部充公。其實，他為官清廉，沒有積累下什麼財產，正如《明史·袁崇煥傳》所說：“崇煥無子，家亦無餘資，天下冤之。”
袁崇煥之死毫無疑問是一幕悲劇，恐怕任何立場的人都有同感，他或許有這樣那樣的差錯，但罪不至死。他是努爾哈赤、皇太極的死敵，但是清朝人編寫的《明史》並沒有落井下石，往他身上潑汙水。請看《明史·袁崇煥傳》的評論：“初，崇煥妄殺文龍；至是，帝誤殺崇煥。自崇煥死，邊事益無人，明亡決矣。”多麼客觀公正的議論！如果說袁崇煥殺毛文龍是妄殺，是一大錯誤；那麼朱由檢殺袁崇煥便是誤殺，錯上加錯。兩者均為親者痛仇者快，使得皇太極不費吹灰之力除掉了兩員難以對付的大帥。大敵當前，本當以大局為重，捐棄前嫌，而不應當自相殘殺。對於朱由檢而言，殺袁崇煥無異於自斬手足，自毀長城，以後再難謀求足以克敵制勝的帥才，遼事更加難以收拾。所以《明史》要說：“自崇煥死，邊事益無人，明亡決矣。”明朝離開滅亡真的不遠了。
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