刘福通在颍州发动起义后，对在江淮一带从事秘密活动的彭莹玉及其徒弟们鼓舞很大，彭莹玉人称“彭和尚”，因善于治病而受到群众的广泛爱戴，1351年8月，他于徐寿辉在湖北蕲春起义，起义农民因头裹红巾，所以也称红巾军，为与刘福通领导的北方红巾军相区别，故也被称为南方红巾军。
他们于当年十月便攻克蕲水（即今湖北浠水），并以蕲水为都城，建立了天完政权，所谓“天完”就是在“大元”之上各加一横一宝盖，寓意“天完”压倒“大元”
与此同时，全国各地纷纷起兵响应，起义渐成星火燎原之势，1357年，刘福通兵分三路伐元，三路大军攻陷了许多城池，沉重打击了元朝的统治，但由于缺乏科学的作战计划，彼此间缺乏有力的配合，最终被元军各个击破！
此时，南方红巾军内部也发生了变化，彭莹玉在战斗中牺牲，陈友谅篡夺了天完政权，并改国号为“大汉”，刘福通、彭莹玉等人领导的红巾军起义，虽然没能最终推翻元朝的统治，但却给蒙古贵族以致命的打击，为后继者推翻元朝打下了坚实的基础。
真正完成灭元事业的是朱元璋，朱元璋 濠州钟离（也就是今天安徽凤阳人），1328年出生在一个贫苦的农民家庭，1344年春，淮河两岸瘟疫流行，朱元璋的父母和长兄相继病逝，17岁的朱元璋不得不入皇觉寺为僧，不久又四处化缘，从而积累了丰富的社会经验。
1352年，25岁的朱元璋参加了郭子兴领导的红巾军，朱元璋作战英勇，逐渐成为起义军的重要领导，他军纪严明，又知人善用，表现出杰出的领导才能。
1360年，朱元璋占领了南方重镇 江苏南京，在行军中他搜罗到众多人才，如李善长、刘基、朱升、宋濂等，李善长希望他效法汉高祖刘邦，任用贤才、不乱杀人，如此就不难成就帝业。刘基 足智多谋 精通韬略，经常为朱元璋出谋划策，往往能出奇制胜。朱升则向朱元璋建议“高筑墙 广积粮 缓称王”的策略。
经过几年的努力，朱元璋的军事和经济实力迅速壮大起来。
当时东南的地方政权除了朱元璋以外，还有割据长江中游的陈友谅，占据苏州的张士诚，以及偏安浙江的方国珍，朱元璋首先集中力量对付实力强大的陈友谅，先后两次大败陈军，陈友谅势力被消灭后，1367年 张士诚和方国珍的政权，很快也被朱元璋铲除，接着，朱元璋又分别攻取了广东和福建，至此，东南半壁江山已基本归属朱元璋。
同年 朱元璋决定北伐元朝，文臣宋濂为他草拟了著名的《讨元檄文》，文中正式提出了 驱逐胡虏 恢复中华 立纲陈纪 救济斯民 的口号，朱元璋派大将徐达、常遇春率军25万进行北伐，而此时的元朝内部，顺帝不顾形势垂危，仍沉迷于酒色，大臣之间依然争权夺利，北伐军势如破竹。
公元1368年八月初二 攻入元大都，元朝灭亡。至此统治中国97年之久的蒙古族，再次退居北方草原。
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