張元濟到了南洋公學以後，他就開始轉方向。因為這是一個高校，高校培養人才，作為教育要用的書，不能侷限於一個課題。必須得著重社會科學，經濟啊，歷史啊，地理啊，法律啊這些方面。
在特科班裡，張元濟和蔡元培親自為學生講課，全新的教科書，加上優秀的老師和開放的學習氛圍，南洋公學的學子們，有幸成為了第一批甦醒的中國人。
與這些無憂無慮的學生們不同，張元濟擔任南洋公學代總理的日子，卻過得並不舒心。因為與美國學監福開森全盤西化的辦學理念不合，張元濟曾經幾次向盛宣懷提出，辭去代總理的職務，但屢遭拒絕。
1902年，南洋公學正在悄悄發生著變化，張元濟辭去了代總理的職務，重新回到了譯書院。汪鳳藻接替張元濟擔任公學總辦，在這個保守派的領導下，南洋公學的風氣頓時沉悶了許多，一場風波也在所難免。
一天郭鎮瀛發現中院五班在週末時聚會演說，鼓吹西方自由平等。他就以開除警告學生停止聚會，他說這樣下去會釀出非常事件。果不其然，非常事件就發生了。
郭鎮瀛在講臺上大發雷霆，他責令同學嚴加追查，隨後又要開除三名無辜學生，並以隱匿不告為名，宣佈全班記大過一次。滿懷激憤的學生，找到了總辦汪鳳藻理論，但他不問情由，袒護郭鎮瀛，堅持錯誤決定，更揚言讓全班退學。
這一下子就鬧到全校去了，全校同學覺得不服氣了。在盛宣懷那裡，學生依然沒有得到滿意的處理結果，1902年11月16日，全體學生打好行裝，集體退學走出學校，素有民主思想的蔡元培也憤而辭職，與學生站在一起。
《新民從報》第一時間全面報道了這次學潮，並高度讚揚，實中國國民前途關係，第一重要事件也。隨後《蘇報》也做了深入採訪，一時間學潮成了上海灘的焦點事件，並逐步蔓延到全國。
幾年之後從南洋公學走出來的蔡鍔、邵力子、黃炎培等人，紛紛在清末民初的政治舞臺上扮演了舉足輕重的角色。
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