新鄉黃河溼地鳥類國家級自然保護區
保護區位於新鄉市封丘縣和長垣縣境內，總面積22780公頃。1988年經批准建立省級自然保護區，1996年晉升為國家級，主要保護對象為天鵝、鶴類等珍禽及內陸溼地生態系統。
本區地處我國暖溫帶向亞熱帶的過渡區，其地貌特徵為廣闊的黃河灘塗和背河窪地，是我國中原人口稠密地區的重要天然溼地。區內生境多樣，物種豐富，動植物區系成分複雜，是南北方動植物類群交匯處及通道，也是鳥類南北遷徒的主要途徑和華北水禽越冬的北界。目前己發現鳥類有161種，其中國家重點保護的珍稀鳥類有白鸛、白頭鶴、白鶴、大鴇、天鵝、灰鶴等39種，列入中--日、中--澳候鳥保護協定的候鳥有80餘種。區內有陳橋、青龍湖、大留寺等旅遊景區。
黃河溼地國家級自然保護區
保護區是以保護溼地生態系統和溼地水禽為主的自然保護區。保護區在河南省原有的3個省級保護區和2個國有林場的基礎上組建而成，於2003年6月批准設立。保護區橫跨三門峽、洛陽、濟源、焦作四市，面積6.8萬公頃。其中保護區三門峽段總面積2.85萬公頃，佔整個保護區面積的42%。
保護區內有植物743種，動物934種，其中鳥類242種、獸類22種、昆蟲437種、魚類63種、爬行類17種、兩棲類10種、其它動物143種。屬國家一級重點保護的動物有黑鸛等10種，屬於“中日”、“中澳”候鳥保護協定的鳥類有105種。
白天鵝是保護區三門峽段的主要保護物種。從90年代以前的幾十只、幾百只，增加到現在的上萬只，蔚為壯觀，三門峽因此被譽為“天鵝之城”。
小秦嶺國家級自然保護區
保護區（三門峽河西林場）位於靈寶市西部，總面積15160公頃，森林覆蓋率74.5%，活立木蓄積量85.9萬立方米。2006年2月，經國務院批准，建立河南小秦嶺國家級自然保護區，屬於森林生態類型保護區。
保護區內動植物資源豐富。本區有國家級重點保護植物13種，其中國家Ⅰ級保護植物2種，銀杏和紅豆杉。分佈於本區的國家重點保護鳥類有19種，其中Ⅰ級保護鳥類2種，即金雕、黑鸛。屬於國家重點保護獸類有7種，其中Ⅰ級保護動物2種，即豹和林麝。
本區大的氣候環境基本保持了比較溼潤、溫暖的條件，因而保留了許多第三紀植物區系成分，使本區植物區系在起源上具有一定的古老性。本區植物群落垂直帶譜清晰，植物替代明顯。該區是研究過渡地區森林生態系統垂直分佈的理想場所。
南陽恐龍蛋化石群國家級自然保護區
保護區分佈於南陽市伏牛山南麓的西峽、內鄉、淅川、鎮平縣境內。自然保護區面積達78015公頃，主要保護對象為恐龍蛋化石，保護區範圍內恐龍蛋化石有8科12屬25種。
該保護區具有很高的生物多樣性及物種和生境的稀有性、典型性與代表性，在保持水土、調節氣候、維持生態系統良性循環方面具有重要的保護價值，尤其是恐龍蛋化石群的保護性開發，對於研究古代生態結構、古生物進化、探索自然資源持續利用方面，具有極其重要的價值。
南陽恐龍蛋化石群是目前中國境內面積最大、數量最多、種類最全的恐龍蛋化石群，同時南陽恐龍蛋化石群也是中國發現年代最早的恐龍蛋化石群，時代大約為中生代白堊紀早期，因此被稱為“世界第九大奇蹟”。
伏牛山國家級自然保護區
1982年經省人民政府批准在伏牛山國有嵩縣五馬寺林場、欒川老君山林場、魯山林場、南召喬端林場、西峽黃石庵林場的基礎上建立了嵩縣龍池漫、欒川老君山、魯山石人山、南召寶天曼、西峽老界嶺5個省級自然保護區。1997年12月經國務院批准將上述5個自然保護區合併為一體，並將南召喬端林場、內鄉萬溝林場、西峽黃石庵林場、嵩縣五馬寺林場的部分林區劃入在內，建立河南伏牛山國家級自然保護區，總面積5.6萬公頃，主要保護森林生態系統和野生動植物。
區內維管束植物共有175科，892屬，2879種，其中國家保護植物31種；共有陸生脊椎動物320種，其中兩棲類14種、爬行類31種、鳥類213種、獸類62種。全區共有國家重點保護脊椎動物49種，其中一級保護7種。
寶天曼國家級自然保護區
保護區是我國中部地區保存最為完好的過渡帶森林生態系統，也是河南省生物多樣性最為豐富的地區之一。既是世界生物圈保護區，也是林業示範自然保護區，被《中國生物多樣性保護行動計劃》列為國際生物多樣性保護的熱點地區。
寶天曼自然保護區不僅是野生動植物的天然物種基因庫，也是開展科學研究、生態監測、環境教育、教學實習和生態旅遊的理想場所。自然保護區茂密的森林、豐富的生物物種、複雜的群落結構，對發揮森林生態系統的服務功能，促進人與自然和諧也具有重要意義。
寶天曼面積綿延遼闊，又名“滿天寶”。1980年4 月，河南省人民政府批准建立寶天曼自然保護區，這也是河南省建立的第一個自然保護區；1988年5月國務院批准寶天曼為國家級自然保護區。
丹江口溼地國家級自然保護區
保護區位於南陽市淅川縣境內，地處鄂、豫、陝三省交界處。保護區總面積64027公頃，其中陸地面積31458公頃，水域32969公頃，是中國南水北調中線工程的核心水源地，以溼地水生和陸棲野生生物及其生境共同形成的次生內陸河口溼地生態系統為保護對象。保護區原為省級，2007年4月經國務院批准晉升為國家級。
保護區內有中國一級保護動物如白鶴、朱䴉等，二級保護動物如大天鵝、鴛鴦、隼、錦雞等，國家二級保護植物如香果樹、杜仲、銀杏等。保護區的興建，在保護物種資源、維持生態系統良性循環等方面將產生重要作用。
雞公山國家級自然保護區
雞公山位於信陽市境內，是中國四大避暑勝地之一，也是新中國第一批對外開放的全國八大景區之一，第一批列入全國44個國家級重點風景名勝區之一。雞公山是國家級自然保護區，面積2917公頃，山水相連，為亞熱帶向南溫帶的過渡地段，地處中國南北的分水嶺，主要保護對象為亞熱帶森林植被過渡類型及珍稀野生動植物。區內森林茂密、生物資源豐富，有國家重點保護動植物大鯢、長尾雉、香果樹等，是河南農林、師範、醫藥等高校教學和科研基地。
雞公山有“青分豫楚、襟扼三江”之美譽，“佛光、雲海、霧凇、雨淞、霞光、異國花草、奇峰怪石、瀑布流泉”被稱為八大自然景觀，山上有清末民初不同國別和風格的建築群，有“萬國建築博物館”之美稱，是中國歷史上第一個公共租界。
董寨國家級自然保護區
保護區位於豫鄂兩省交界的大別山北麓。2001年6月，董寨國家級自然保護區經國務院批准成立，總面積4.68萬公頃，區內分佈有植物1879種，獸類37種，兩棲爬行類44種，鳥類237種，其中國家重點保護鳥類39種，列入中日候鳥保護協定名錄的有95種，被譽為“鳥類樂園”，是一個集自然保護、生態旅遊、鳥類觀賞、科學考察、教學實習、休閒娛樂、避暑療養於一體多功能綜合性的自然保護區。
有6大景區，72洞天，108景點，以其“山秀、寺古、石奇、洞幽、水美、物華”而享譽海內外。坐落在靈山腳下的靈山寺是中原四大古寺之一，佛教歷史源遠流長，文化內涵博大精深。千百年來，以“廟門東開、僧尼同寺、帶髮修行”在宗教界獨樹一幟，被譽為“靈山三奇”。靈山與雞公山、南灣湖構成了信陽旅遊的“金三角”，靈山已成為豫鄂皖旅遊熱點。
連康山國家級自然保護區
保護區位於信陽市新縣境內，地處大別山北麓鄂豫兩省交匯處。總面積10580公頃，是以國家二級重點保護野生動物——白冠長尾雉及其棲息地和北亞熱帶森林生態系統為主要保護對象的野生動物類型自然保護區。
連康山又名蓮塘山，原始森林遮天蔽日，人文古蹟遍地可見。《光山縣誌》記載，三國青年連康反抗朝廷暴政在此佔山為王，保存了眾多人文景觀景點。
連康河綿延20餘公里，發源於莽莽林海之中，水質甘甜醇厚，富含多種礦物質微量元素，為一類飲用水標準。河谷盤折通幽形成落差100餘米的峽谷，上游奇峰突起，怪石參差，下游一段峽谷成“U”形，常綠闊葉林高達數十長，鬱鬱蔥蔥，如一隻天鵝伸開雙翅抱住鵝蛋，有“天鵝抱蛋”之稱。
太行山獼猴國家級自然保護區
保護區位於河南省北部太行山南端，橫跨河南省濟源、焦作、新鄉三個地市，1998年經國務院批准為國家級自然保護區，是華北地區面積最大的野生動物類型自然保護區，不僅擁有豐富的動植物資源，保存著較為完整的天然次生植被和原生植物群落，是世界獼猴類群分佈的最北界，為新定名的華北亞種，為中國所特有。
保護區總面積56600公頃，屬野生動物類型自然保護區，主要保護對象為野生獼猴種群及其生境。區內有云台山、王屋山、八里溝、五龍口、白松嶺等著名風景旅遊區。
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