清朝康熙六年，吏部一紙公文，選授任辰旦為上海知縣。雖然是當縣太爺，但這個消息對於任家來說，不亞於晴天霹靂。在當時看來，這不是去當官，而是去坐牢。因為江南稅負很重，蘇州、松江二府又是重中之重，而上海縣就是歸松江府管轄，是典型的重賦縣。
就是因為稅負重，官府的壓力很大，曾經採用殘酷的手段逼迫百姓按時交稅，以至於“民貧百役，旱澇洊臻，獄訟滋紛”。令人不可思議的是，在任辰旦之前，已經有九個知縣因牽扯官司而下獄。（前令九人皆累繫獄）
上海知縣不好做，這幾乎已經是江南人的共識。任辰旦考上進士的時候，已經44歲了，被授予上海縣令時，已經52歲了。在他這個年齡，要麼已經權傾朝野，成為帝國不可或缺的股肱之臣，要麼含飴弄孫，享受天倫之樂，實在沒有必要趟這趟渾水。
可是，誰也沒有想到，任辰旦不僅愉快的接受任命，而且還在這個官位不高，困難重重的位置上越幹越好，大顯身手，終於成為了一代能吏，甚至連康熙皇帝都特意為這個小小的縣令專門下一道詔令，嘉獎他的功績。
任辰旦的前任們，都是因為賦稅過重，為了完成朝廷的數額盤剝百姓過重而黯然入獄的。他到任後，如臨深淵，如履薄冰，避免重蹈覆轍。首先，他沒有像別人一樣，新官上任三把火，向百姓開刀，而是認認真真的釐清賦稅的數額。
當時的上海縣，一共有6000多畝水田被毀，朝廷將其計算在內，百姓為了交稅，很多都已經家破財盡（民因輸賦，多破家）。前任縣官往往是官派十足，只管坐在衙門辦事，不管百姓死活。任辰旦則深入現場，實地勘察，親自下水測量，將實際數額有理有據報送朝廷，因此得以減少賦稅的總額。就這一項，已經讓“縣民大歡”，百姓們奔走相告。
官敬百姓一尺，百姓敬官一丈。有了這樣替老百姓著想的好官，百姓們自然不是以前的“刁民”，他們紛紛如期而至，爭先交稅。上海的賦稅再也不是難收，而是國用充足。
解決完賦稅問題，任辰旦下一步就是著手於處理民間的訴訟，讓百姓安居樂業。當時，上海縣有一個要案，那就是一個叫做孫辛的平民被殺後，無人問津，屍體都被扔在家裡多年，幾乎都快成為了累累白骨，影響極為惡劣。任辰旦卻不懼惡臭，親自到現場勘測，親自督促審理案件，終於讓此案了結。
另外，在他的任內，還解決了一項重要的水利爛尾功臣。在當地有一條吳淞江，江上有一座水閘，洪水來的時候能儲水，乾旱的時候可以開閘灌溉。但這座水閘屢次修建都很不理想，經常損壞，完全沒有發揮應有的作用。曾經有個巡撫想修好它，可是因為投入巨大，做了半截就放棄了，民怨非常大。
然而，任辰旦卻另闢蹊徑，他親自勘測後，讓人根據水閘的寬度採集石頭，然後在石頭上做好標記，並派水性好的人下河，按照順序將石頭壘好。最後加蓋橫石，打上木樁加固，將兩岸堤壩加寬。這個方法巧妙避開了重新修建水閘的難度和資金，僅僅只有十個月時間就讓水閘通行自如。史載其：不病役，不靡帑，邑人頌之。
任辰旦擔任上海縣令六年，待百姓如同家人，又不阿諛權貴，他根據自己在基層的所見所聞，先後十多次向朝廷上疏，內容涉及“酌減賦額”、“確核廉貪”、“請慎用人”、“裁兵利弊”等等多個方面。這些都是來自於富碩之地的第一手資料，又針砭時弊，清廷非常重視。康熙皇帝看後，非常感動，特意下旨褒揚這個縣令，封贈他為“中憲大夫”：
直聲振陛，上言抗疏，能令九棘風生，激濁揚清。
但是，任辰旦的短板還是很明顯的，那就是考試資質一般，加上年紀大了，在吏部選官的博學鴻儒科考試中，屢試不第。因此他也一直得不到晉升，後來還是因為官聲好，才被朝廷授予了一些職位不高的小官。
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