晚清時，除了各個沿海、沿江的通商口岸受到列強的侵擾，邊疆地區同樣不安穩。新疆、兩廣，東北的壓力尤其大。這裡要同時面對俄國跟日本的不斷侵擾。俄國人想把長城以北的土地吞入腹中，日本野心更大，準備以東北為跳板，一口氣吞下中國，乃至是亞洲。東北面臨的壓力劇增，就要迫使他們做出新的變革。否則，難以應對這樣的危局。
跟其他邊疆地區不同，在清朝，東北一直被視為“龍興之地”。如果這裡被佔領，清朝的統治，就會直接受到威脅。這是當時掌權的慈禧所不願意看到的情況。這也是她後來願意在東三省推行官制改革的一個重要原因。
這是當時東北對外的情況。對內，自清朝入關以後，東北就是一個較為封閉的環境。這裡居多的都是以滿人為主，漢人被禁止進入。這裡設立的官員，也都是以旗人為主，主要處理的也都是旗人的事務。當這樣的環境沒有被太多改變時，僅依靠過去的制度，還是可以暫且維持的。但在清朝末期，中原內亂，很多人為了生計，只能向關外逃亡。
當時的清朝，漢化程度較高，而且到處都是危局，對於漢人逃亡關外的事情，選擇默認。不過，對於關外而言，這是一個很大的挑戰。隨著漢人數量不斷上升，滿人數量比例開始逐漸下降起來。很多人進入關外後，都是四處隨意墾荒定居，他們住的地方距離城鄉較遠，官府難以管轄。
這些人到了以後，過去那些專門管理旗人訴訟的機構開始行不通了。責任劃分不清，官員遇到事情，都互相扯皮推諉。很快，東三省一帶綠林馬匪開始橫行。張作霖等人就是在那個時候開始揚起名聲來。
除了官員的不作為，東三省一帶的官場，貪腐受賄的風氣十分嚴重。雖然當時晚清的官場是糟糕得一塌糊塗，但東三省這樣一片、一窩的貪腐，還是極少見的。這樣不作為、貪腐的風氣下，東三省的政務無疑是糟糕的。
當時東三省的軍隊，更是糟糕。東三省的新軍人數，也不足2500人。可不論是新式軍隊還是舊式軍隊，都不操練，準備戰事。軍隊內的武器也十分的糟糕，伯都訥內駐兵千餘人，僅有83杆槍。這樣的軍隊，別說讓他們應對日、俄兩大強國的侵擾，就連對付土匪都夠嗆。
在這樣的形勢下，東三省的改革，肯定是刻不容緩。當時被派往東三省主持改革的，正是徐世昌。他是進士出身，袁世凱的密友，被視為智囊，又到國外考察過各國的憲政，很受慈禧的看重。慈禧讓他到東北擔當這個重任，更是希望他能幫助清朝守住後門。
徐世昌到東北後的改革，主要可以分為兩個部分。一個是主抓軍隊，調派新軍混合舊軍共同訓練，效仿北洋，改革軍隊機構，洗刷軍隊風氣，設立學堂，培育新人才，加強邊地的防衛。另一個是東北的政務。改變過去東三省作為陪都的特殊地位，設立行省制度。這樣一來，既有利於中央對東三省的管轄控制，又能留給總督更大的發揮空間。
東三省總督掌握財政權、軍事權和行政權等，遇到突發情況，有一定的自主權。這對於防範邊地隱患是有利的。對於過去東三省旗人主政的制度進行調整。旗人署的地位下降，成為旗人司或旗人處，主要負責旗人的事情。提倡各民族平等的風氣。
這些事情以外，徐世昌還在東三省效仿西方議會，設立了諮議局。在軍隊以外，又辦理了其他新學堂，培養新人才。又在東北禁止鴉片，懲處官場貪汙。這些做法，對於後來的東北來說，影響的深遠，甚至超過了清朝存在的時間。
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