公務員單位是指行政機關或者黨群機關，在許多人的心目中，公務員都比事業單位強，這是社會共識，雖然個人認為沒有什麼更強的地方。有兩個非常直觀的證明，支撐著這個共識：一個是公務員單位是主管部門，管理事業單位；另一個是每年的國考、省考，從大學畢業生中招考公務人員，首先考的是公務員，其次才是各省招考的事業人員，換句話說，是先由公務員單位挑選完了之後，才由事業單位挑選。
行政機關和事業單位，有著本質的區別，在管理模式、編制類型、人員身份、職能職責、工資待遇同、社會地位、前途發展和改革方向等方面，都有著嚴格的區別：
1、機構、編制、職能性質不同，人事管理和財政供養方式不同：公務員單位是行政部門和黨群機關，是領導機構和主管部門，是代替政府和黨委行使權力的職能部門。政府權力是法律法規賦予的，由機構編制部門根據法律規定為依據進行職能、機構、編制劃分，代替政府行使權力。行政部門由《公務員法》規範管理，使用的是行政編制，是公務員身份，由財政全額供給。
事業單位是政府或者行政部門的下屬單位，是社會公益服務組織，主要職能是公共服務職能，或者由行政部門委託行使行政執法和行政輔助職能。事業單位職能是行政部門公共服務和業務承擔機構，是行政權力的細化和公共服務的具體承擔者。事業單位使用的是事業編制，其職能是行政權力的子項職能，參照公務員管理，或者按照《事業單位管理暫行條例》管理。事業單位根據財政供養，分為全額和差額兩種（自收自支基本取消），根據收支實際由地方財政確定供給比例。
2、社會地位不同：行政機關是主管部門，是承擔具體行政職能的部門。事業單位除個別是政府直屬外，其他都分別是各行政主管部門下屬的事業單位，承擔主管部門職能範圍內的具體業務和公共服務事項，受行政主管部門直接管轄，其考核以行政主管部門為主。事業單位行政級別低於行政主管部門級別，最多持平。
3、工資福利待遇不同：公務員執行的是職級工資，按照科員、科級、處級等15級級別，對應不同的工資福利待遇。事業單位人員除按照公務員職級待遇管理外，還有專業技術職稱工資待遇，其中管理崗位分為十級，對應不同的行政級別；專業技術崗位13級，工勤崗位5級。目前，行政與事業單位養老並軌，除公務員公車改革結束，可以享受公車補貼外，在工資福利方面與事業單位總體水平沒有什麼大的區別。在本地，是專業技術人員平均待遇好過公務員，公務員好過普通事業人員。
4、改革方向不同。行政主管部門除部分職能隨社會發展變化，出現弱化或者加強，需要調整外，其他行政職能基本保持不變。行政機構改革，職能分分合合，但政府整體行政職能基本穩定，大盤子不變。
事業單位根據其公益服務屬性的不同，其改革方向不同。行政類除行政執法繼續保留外，其他全部按照職能劃歸行政部門，不再審批行政職能的事業單位。公益服務類事業單位，強調公益屬性，可以由社會服務或者市場代替的，包括生產經營類事業單位，全部改製為企業，推向社會和市場，由政府購買服務代替。
整體來看，行政主管部門呈穩定趨勢，事業單位不斷改革，機構、編制、人員不斷縮減，除不能或者不宜由社會或者市場承擔的公益服務職能外，其它全部逐步推向社會和市場。
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