接上文，当晋王朝竭尽全力来对付五斗米道孙恩时，当初司马道子设下的离间计，如今开始发挥功效了。自上回殷仲堪威逼桓玄、杨佺期后，三人的矛盾日益加剧，终于看似团结的同盟开始分崩离析。
桓玄、殷仲堪、杨佺期三人大打出手，桓玄毕竟桓温之后，又得桓冲教育，所谓将门虎子，很快杨佺期兵败，单骑逃亡襄阳，随后被杀，而殷仲堪在得知杨佺期兵败后，准备出奔长安投后秦，也于途中被擒，后自杀。
桓玄平定了荆、雍二州，将这两位盟友的地盘，部众全部收入囊中，然后要求晋王朝任其为江、荆二州刺史。
当然了，按正常流程，桓玄是上书请求，不过他也不是傻子，此时的司马氏被孙恩搞的焦头烂额，不足为惧，即便是强求也没啥关系。
果然，东晋朝廷无奈，只得下诏以桓玄都督荆、司、雍、泰、梁、益、宁七州诸军事，荆州刺史，假节。
桓玄很不高兴，因为这没有达到自己的要求，于是固求朝廷加领江州刺史。朝廷只得又增加为八州，外加扬州、豫州八郡，兼领江州刺史。
随后，桓玄又奏请命哥哥桓伟为冠军将军、雍州刺史。
东晋命不久矣！
桓玄见朝廷如此疲软，觊觎之心顿生，他以手中数镇为基，培养心腹，招兵买马，不断进行扩张。而东晋则全力对抗年年来袭的孙恩，只能放任桓玄发育。
到公元401年前后，桓玄出调桓伟镇守夏口，又以部将督八郡、镇守襄阳，并遣别部驻湓口等，建立了武宁郡和绥安郡，分别安置迁徙的蛮族以及招集的流民，并征调了广州刺史和豫章太守的军队，自认已经拥有了晋土的三分之二，便开始为日后登基做准备，比如屡屡收到一些桓氏称王的祥瑞，当然了这都是桓玄自己安排的，历朝历代如此。
公元402年，小伙子司马元显接替其父司马道子，趁着孙恩暂时被打退，开始着手对付桓玄。二月，元显以朝廷名义，起兵讨伐桓玄。当时桓玄已经把长江封锁，使得扬州等地饥乏，又认为孙恩之乱未平，朝廷无能来袭，就一直在荆州养精蓄锐。
这次桓玄得京城密保，知司马元显自领征讨大都督、都督十八州诸军事，加黄钺，主持征伐桓玄，而且其中刘牢之为前锋都督，谯王司马尚之为后援。
桓玄大惊，本来打算坚守江陵，不过手下谋士劝其改被动为主动，率兵东下，直接进军建康。
桓玄大军顺流而下，直到寻阳仍未见朝廷一兵一卒，他信心更增，军中士气更足，移檄上奏司马元显之罪。司马元显见状，惊惧不已，不敢出兵，就打算让刘牢之前去抵抗，可是前面说了，刘牢之虽然是个猛将，却不是忠心之人，在得了桓玄的好处后，立刻率兵请降。
就这样桓玄几乎不费一兵一卒，便于公元402年四月十五日进入建康，掌控朝廷，随后杀司马道子司马元显，诛猛将刘牢之，废除元兴年号，恢复隆安年号，不久又改元大亨。
稍后，自置为太尉、平西将军、都督中外诸军事、扬州牧、领豫州刺史。另外又加衮冕之服，绿綟绶，增班剑至六十人，享剑履上殿，入朝不趋，赞奏不名的礼遇。以兄长桓伟为安西将军、荆州刺史；又以堂兄桓谦为左仆射，加中军将军，领选；以另一堂兄桓石生为前将军、江州刺史；又一堂兄桓修为右将军、徐兖二州刺史。委命心腹谋士卞范之为建武将军、丹阳尹；姐夫殷仲文为侍中。
当然这些还远远不够，接下来，桓玄效法其父桓温，移镇姑孰，辞录尚书事，但朝中大事仍要咨询他，小事则由朝中桓谦和卞范之决定，是为遥镇朝廷，威风八面！
掌权初期，就罢黜奸佞之徒，擢用俊贤之士，百姓十分期待，不过很快，桓玄豪奢纵欲，政令无常，百姓又大失所望。
在这期间，桓玄铲除异己，将许多北府旧下狱处死，还诏令全国避其父桓温名讳，同名同姓者皆要改名，又赠其生母为豫章公太夫人。
公元403年，桓玄迁大将军，请命率军北伐后秦，随后又暗示朝廷下诏不准。他本就没有北伐之意，立刻装作尊重诏命的姿态停止北伐。 同年九月，其兄桓伟去世，桓玄只觉得孤危，于是加快篡位。
手下人早早的把朝廷加授桓玄九锡的诏命和册命写好了，然后桓玄自任相国，划南郡、南平郡、天门郡、零陵郡、营阳郡、桂阳郡、衡阳郡、义阳郡和建平郡共十郡归于自己辖下，封自己为楚王，加九锡，并能置楚国国内官属。
好吧，加九锡，这意味着桓玄马上就要称帝了。
公元403年十一月，桓玄加自己的冠冕至皇帝规格的十二旒，又加车马仪仗及乐器，以楚王妃为王后，楚国世子为太子。这月十八日，卞范之写好禅让诏书，临川王司马宝逼晋安帝抄写一遍。
二十一日，由兼太保、司徒王谧奉玺绶，将晋安帝的帝位禅让给桓玄，随后迁晋安帝至永安宫，又迁太庙的晋朝诸帝神主至琅邪国。
然后百官到姑孰劝进，桓玄呢依照传统，再三辞让，官员们也配合，坚持劝请，桓玄装作十分无奈，于是筑坛告天，于十二月三日正式登位为帝，并改元“永始”，定国号为“楚”，史称桓楚。
可能因为是头一回篡位，经验不足，结果在祭天时把流程搞错了，百官忘了高呼万岁，也忘了改变帝讳。不过这些不重要，因为桓玄现在特别满意。
筑坛告天之后，桓玄追尊父亲桓温为宣武皇帝，封自己的儿子桓升为豫章王。跟其他立国皇帝不同，桓玄在太庙里竟然只供奉桓温一人，并没有追尊祖父桓彝及以上的祖宗。
接着，遵循晋武帝迁魏陈留王居邺宫的前例，封晋安帝为平固王，迁于寻阳软禁，对司马宗室及安帝兄弟并未加杀害。
继位之始，桓玄宣布大赦天下，改元为“建始”。
结果这诏书刚下，有人进言说“建始”是“八王之乱”中赵王司马伦篡位用过的伪号。
祭天
桓玄马上下令更改，改为“永始”，然而有人又说这是昔日王莽用过的，桓玄摆摆手，不改了。
当日，桓玄的仪仗大队从姑孰出发，进入建康宫时，狂风呼啸而至，所有的仪仗旌旗竟全被吹倒。
桓玄临登御座，突然御座散垮，君臣面面相觑，场面一度十分尴尬。所幸殷仲文反应敏捷，奉承说：“陛下圣德深厚，连大地也不能承受。”
晚上在西堂会宴群臣，设置女乐歌舞，殿上挂着绛色绫帐，正面染成金黄色，四个边角雕四条金龙，嘴里含着五色羽葆旒苏，极尽奢华。
群臣却窃窃私语说：“这很像丧车，又像王莽当年所造的仙盖模样。龙角，即是‘亢龙有悔’的意思，大不祥。”
不过这些事情，桓玄并没有在意，毕竟现在当上皇帝了，很顺利，晋朝的地方武装也没什么行动，一副事不关己高高挂起的态度，这让桓玄还挺高兴，不过这些人对桓玄的封赏，也是这个态度又让人特别郁闷。
这时益州刺史毛璩对桓玄的安排表示不满，传檄周遭，扬言要进屯白帝，讨伐桓玄。当然了，这时候晋王朝已经没多少忠臣了，毕竟数代统治者都是些不作为的主，大家也都看透了，而这位毛刺史，也只是嫉妒桓玄，凭什么你能做皇帝，我不能而已，故其所能造成的声势极其有限。
而东晋境内的老百姓，桓玄篡位那就更无关紧要了。
反正晋安帝司马德宗时，朝廷里乌烟瘴气，地方上人仰马翻，后来王恭两次起兵、孙恩年年作乱，是兵皆匪，百姓苦不堪言，如今换了皇帝，也无非是从一个火坑来到另一个火坑而已，正所谓没有最坏，只有更坏。
不过桓玄上台之初，也曾擢用俊贤之士，不过摆样子是无法长久的，很快朝野上下也就那样了。如今桓玄即位，为了笼络人心，宣布“赐天下人爵位二级，恪守孝悌、勉力耕田者爵位三级，鳏夫寡妇、老而无子、幼而丧亲不能自存者每人赐谷五斛”，好吧，这诏令倒是不错，可是皆是空头支票而已。
对百姓而言，桓玄当家和司马当家并没有区别，不过桓玄这次政变，没有造成大范围的流血事件，也没有造成地方上的动乱，对百姓而言，还是好事吧。
篡位之后的桓玄特别喜欢表面文章，比如亲临听讼观视察囚徒，无论罪恶轻重，大多释放，有当街拦着他的车辇行乞的，就停车施舍，可是他并没有做到承诺给百姓的，时间久了怨声四起，当然桓玄本人并不知道，还自以为功德深厚。
之后，他骄奢荒侈，游猎无道，通宵玩乐。全然忘却该如何治理国家，当人民的怨气达到顶点，桓玄的末日也就到了，
公元404年，早就对桓玄不满的刘裕，以打猎为名，召集北府旧将，突然起事，至此，两晋年间最后一个大人物正式出道，以自己的能力周旋于这一复杂多变的时代背景中，开创了属于自己的时代。
这时候东晋已然亡国，而之后刘裕重建的晋朝可以忽略不计了。
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