戴笠在抗戰中還奉蔣介石之命，搞了一系列暗殺鋤奸活動，使得軍統聲名大振。其實，早在“七七事變”之前，戴笠就已經奉命對大漢奸們開了殺戒。
抗戰期間，軍統曾多次策劃刺殺投日人員，如暗殺汪精衛、周佛海、張嘯林、唐經、陳籙、殷汝耕、唐紹儀、季雲卿、穆時英、傅筱庵……而隸屬軍統的各交通警察大隊、遊擊司令部則深入日佔區，開展游擊戰，沉重打擊了日軍和與日協作者。在除奸行動後，軍統開始把行動的重點轉向了日軍。抗戰八年，遍佈各地的軍統人員經常深入日軍虎穴，以少搏多地進行破壞和突襲行動。
軍統舉辦的青浦訓練班女學員
1939年8月11日，駐廣州白雲山日軍海軍陸戰隊第115聯隊近田部隊作廚役的李昌德將毒藥摻入飯菜，使日軍官兵數十人中毒，19人斃命。李昌德還趁亂將硝酸倒入機槍槍管，隨後逃出。而這個李德昌正是被軍統廣州站發展的特工人員。
1940年9月10日，武漢區軍統特工策劃了對駐蔡甸日軍警備隊的襲擊行動，3名隊員潛伏在警備隊附近的昶記油坊，將3名日軍哨兵擊斃，隨即向警備隊隊部投擲手榴彈，炸死日軍官兵8名，而隊員們全身撤退。9月16日晚，軍統特工潛入武昌八鋪街日本憲兵隊駐地，待日軍休息後，向營房投擲手榴彈，待敵倉皇逃出時，隱蔽於暗處的特工猛烈掃射，共斃敵8名，隊員無一傷亡。
1941年1月21日，在漢口花樓街逛街的多名日軍軍官被軍統特工砍死。1941年4月19日，打入漢口王家墩機場的一座油庫和兩架轟炸機2架被軍統特工燒燬。漢口中山路新市場，軍統特工李化民等3人化裝成小販，向正在行進的日軍小隊投彈，當場斃敵17名。
為紀念“九·一八事變”10週年，1941年9月17日，軍統廣州站在多個地點對日軍軍事機關和偽機關進行爆破行動。在撤至海珠中路時，第3組組長江志強遭遇日本憲兵隊，當日軍靠近時，江志強引爆剩餘炸彈，與5名日軍同歸於盡。
軍統上海區雖然遭受嚴重破壞，但自1940年9月到太平洋戰爭爆發前仍有50餘次行動，斃傷日軍60人以上。太平洋戰爭爆發後，日本女間諜、上海日軍特務機關特一課課長南造雲子曾抓捕過大批抗日誌士，還摧毀了軍統留下的十幾個聯絡點、誘捕了幾十名軍統人員。以丁默村、李士群為首的汪偽特工總部，也是她一手扶植起來的。就在1942年4月的一個晚上，軍統特工發現南造雲子單獨開車外出，馬上開始跟蹤。在法租界霞飛路（今上海淮海中路）的百樂門咖啡廳附近，當身穿中式旗袍的南造停車走向咖啡廳時，3名特工開槍齊射，南造身中三槍，倒在臺階上，在被送往醫院途中死去，時年33歲，這朵“帝國之花”就這樣凋謝了。
開封淪陷之後，根據戴笠的指示，1940年5月7日，潛伏的河南站軍統特工與打入日軍內部的特工李憲斌裡應外合，襲擊了位於開封山貨店街的日本特務機關，當場擊斃機關長及川貞作、山本午，開封日本憲兵隊分隊長上村四郎，擊傷日本陸軍特務機關長萬田。12月19日，行動組在開封社下基79號，主持日本特務機關的多田部隊參謀長兼偽河南綏署總顧問、陸軍大佐皆川雅雄被當場擊斃。
1940年11月29日，在平綏軍統領導人馬漢三指揮下，特工馬景賢在北平交道口附近槍擊了日本天皇特使，一死一傷。
在抗戰中，戴笠還奉蔣之命，進行了一系列鋤奸暗殺活動，使得軍統聲名大振。其實，戴笠早在“七七事變”前就已奉命對大漢奸們開了殺戒。
1933年5月，原湖南總督軍閥張敬堯與日本特務勾搭，後被日本人任命為平津第二集團軍總司令。4月底，張潛入北平，並攜700萬元活動經費，準備策動舊部。蔣介石認為張敬堯將來可能會釀成大患，下令誅殺之，戴笠即佈置在北平成功幹掉了張。
張敬堯
1938年至1940年期間，鋤奸團多次在淪陷區內行動，給日偽的震動很大。如1938年12月27日，天津大鹽商、商會會長、甘心出任偽職的王竹林被擊斃於法租界豐澤園門前。程錫庚是日偽華北聯合準備銀行天津分行經理兼偽天津海關監督，他一貫為虎作倀，賣力推行日本人的經濟侵略政策。1939年4月9日，在英租界內大光明電影院，程錫庚被擊斃。
中原公司爆炸案一度在日佔區引起震動，這也是鋤奸團所為。中原公司位於天津日租界，天津被日軍佔領後，這家公司的生意反倒更加興隆，日偽政府組織各種遊藝歌舞，以宣揚“大東亞聖戰”。為打擊日偽氣焰，1940年8月27日夜，鋤奸團將公司大樓爆破，後引起的大火將全部商品連及貨櫃、門窗等燒了個精光。
鋤奸團的成員大多並非職業特工人員，這些志士們基本是20歲左右的青年學生，他們憑藉一腔愛國熱血和甘願為國獻身的決心，沉重打擊了賣國求榮的漢奸。
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