在發生宋教仁被刺殺一案後，在全國輿論的壓力下，趙秉鈞從5月開始就被迫“請假”。國務總理的職位一直由段祺瑞代理著。各部的總長職位也七零八落的，但是袁世凱正在全力準備“統一”戰爭，沒有顧上補充內閣人員。到了七八月份，袁世凱對南方的戰爭節節勝利，調整政府機構也就成了不可避免的事情了。
對於內閣總理這一職位，袁世凱想讓徐世昌出山，但是遭到國民黨和進步黨國會議員激烈的反對。最後沒有辦法，袁世凱選擇了進步黨人熊希齡。袁世凱之所以選擇熊希齡，是因為當時戰爭還沒結束，正式大總統的選舉也沒進行，能夠得到進步黨的支持，對戰勝國民黨還是很有幫助的。
熊希齡在7月初得到要組織內閣的消息後，感到十分的意外。他上電袁世凱表示不想接受總理一職，但是袁世凱不同意，命令他速到北京“計議大局”！在7月20日，熊希齡入京面見袁世凱，進步黨的領袖梁啟超認為組建內閣是擴張進步黨勢的大好時機，極力慫恿熊希齡出任總理一職，並且表示自己願意入閣擔任財政總長來支持熊希齡。
進步黨人的想法自然是美好的，但是袁世凱在熊希齡到達北京的時候給了他一張單子，內閣所有重要部門都被北洋軍的人佔據了，只有農商、司法、教育三個部門讓熊希齡物色人選。曾經袁世凱就用這三個不重要的部門來佔據南方數省的同盟會，現在又用這三個部門來給勢力不如同盟會的進步黨，在他看來已經是付出很大的代價了。所以袁世凱對熊希齡提出以梁啟超為財政總長的要求始終不答應。
8月26日，熊希齡就職總理。一直到了9月初，袁世凱才同意讓熊希齡兼任財政總長，梁啟超改任司法總長。到了9月11日，各國務員經過國會通過，由袁世凱任命，這樣自民國以來第三屆內閣才算正式組成。
內閣成員一共9人，5人為北洋派，進步黨佔4人。熊內閣成了北洋派和進步黨聯合的內閣，由於梁啟超、汪大燮、熊希齡都是社會名流，張謇更是全國文明的實業家和教育家。因此熊內閣又被稱為“第一流人才內閣”！
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