源于欧洲人与当地人的众多材料证实，苏丹马哈茂德在1699年7月末或8月被谋杀的破坏性后果。100年后，一个荷兰人获悉，马来人认为马哈茂德是亚历山大大帝的后裔，也是神秘现身于巨港“神光山”之上的王子斯里·泰里·布安南的最后一个直系后裔。因此，马哈茂德作为苏丹白种人血统国王被世人铭记，并与那些缺乏这种真正王室血统证据的继任者相区别。甚至到了19世纪，泰国人编年史依然认为马哈茂德之死是一个重要历史事件，因为此后“他的谱系消失了，再也没有被听到过”。
同时，目击者告诉荷兰人，刺杀行动是由一些贵族策划进行的，其中包括宰相，马来人历史挑出一个人对这次行动负责任，此人名叫米迦特·塞利·罗摩，他怀孕的妻子被苏丹下令挖出内脏。不过，尽管马来文献将柔佛统治者描述为一个报复性的虐待狂，当代欧洲人的记载也进一步证实这一点。但是马来人仍然认为弑君行为难以宽恕，这毕竟是一种背叛行为，应该将弑君者处以最可怕的惩罚。
根据《萨科编年史》，米迦特·塞利·罗摩被统治者的矛枪刺到脚上，由于同王权联系的神秘力量发挥作用，伤口开始长出青草，米迦特·塞利·罗摩遭受了4年的痛苦煎熬，最后死去。文献继续描述一个贵族怎样诅咒那些谋杀者，发表了悲愤的演说，反复强调一个臣民的责任和他对领主的义务，不过在他的言论还没引起众人注意时，他就被人刺杀了。对弑君者的强烈诅咒来自彭亨和霹雳州的统治者，他们和马六甲-柔佛诸王有着共同传统，都是巨港神圣王子的后代。他们向荷兰东印度公司请求惩罚那些犯有这种十恶不赦大罪之徒，但是荷兰人没有应其所请。
由于被刺苏丹没有直接继承人，使得弑君行为的后果进一步严重了，阴谋家们任命了一个新统治者。1699年9月，宰相被选为柔佛统治者，称为苏丹阿卜杜勒·沙里尔·沙。一些文献试图指出柔佛诸王和宰相曾经通婚，如果没有合适的王子，按习俗宰相应当继承王位，以此证明宰相统治具有合理性。其他手抄本原稿则引用了伊斯兰教规废黜一个精神失常的愚蠢国王，上帝是允许的。但是，马来社会多少世纪以来一直受到历代国王具有神圣地位因为他们来自巨港的“神光山”这样概念的浸染影响，所以很难接受变化的社会秩序。
没有一个地方对新政权的敌视不满能超过奥朗-劳特人，这些河海居民在马六甲和柔佛王国的地位，过去一直是靠与统治者的特殊关系而联系在一起的。有几个部落群体宣布“古老王室（指来自神光山）没有了后裔，因此柔佛也就没有了统治者”。其他人则公开声称，他们宁愿为巨港苏丹服务也不愿为一个篡位者效力，甚至还有奥朗-劳特人将入侵柔佛的谣言流传。尽管这些人最初对新政权很反感，但大多数人意识到他们不得不同新政权相妥协，否则就会被排除在统治集团之外，而他们已经同马六甲-柔佛王国保持了300多年的关系。虽然多数奥朗-劳特人最后在宰相王朝恢复了他们以前的作用，但他们同新王朝的联系一直是脆弱而微妙的。
在柔佛其他地区，宰相谱系血统的合法性也受到挑战。在随后的数年间，叛乱不断，破坏了苏门达腊岛东海岸的和平，其中包括德里、罗凯、巴图-巴赫罗、印德拉基里，以及柔佛所在的马来半岛上的臣属国雪兰莪州、巴生和林茂。这种混乱不可避免地破坏了商业发展环境，荷兰东印度公司高兴地注意到，那些寻求稳定市场的商人转而来到马六甲，马六甲荷兰人从中获益匪浅。
除这些内部混乱外，1709年又传来泰国大城府挥兵南下马来半岛的讯息，泰国军队暂时被阻挡在北大年，次年侵犯柔佛的属国丁加奴州。对于泰国人的可能入侵，柔佛作了充分准备。幸运的是，因为越南人入侵高棉，大城府军队撤退了，转而部署兵力向东进发。不过，大城府依然是柔佛国家的一个潜在威胁。因而，新政权面临着重建一个内有分裂、外有强敌威胁国家的重任。它所采取的第一步是在苏丹兄弟王位储君的领导下，将首都从柔佛河迁到宾坦岛（通常称为廖内群岛），这是那些奥朗-劳特人的故乡，他们现在已经为新政权效力了。
在此，柔佛储君开始重建一个贸易中心。利用柔佛和荷兰人交好的有利地位，1641年双方建立联盟，将贸易活动从马六甲转移到柔佛。荷兰东印度公司官员嫉妒地关注着廖内港，这是一块吸引中国商船的磁石，挤满了“摩尔人、亚眠人、英国人、丹麦人、葡萄牙人和其他国家商人”。用《珍贵的礼物》里的话来说，“柔佛繁荣起来，不仅因其风俗习惯优雅著名，而且也因其文化享有声誉”。
柔佛之所以在弑君事件后能够迅速复兴贸易经济，既归功于统治者的英明决断，也同它有着长期从事国际贸易的经验密切相关。廖内港口坐落在海洋交通中具有战略地位的十字路口上，拥有以往一样具有吸引力的环境——国际贸易市场、优良的港口和商栈中心设施、易于获得的信用贷款，以及接待外国商人的行政机构。承袭早已确立的末罗瑜传统，柔佛在廖内群岛的新都也变成了一个重要的伊斯兰教中心，吸引和赞助来自印度古吉拉特和阿拉伯世界的学者们。
因此，在头二十年，宰相王朝根据既定传统施政行事，同其先辈没有什么差别。在其他环境下，柔佛作为马来-穆斯林文化的中心，其财富、地位上升，这可能弥补了新政权通过弑君方式执掌政权所带来的不良影响。但是，叛国罪大恶极，在王国内部撕开了深深的伤口，无论多么富有、声望多高都无法治愈。柔佛王国出现的裂痕，很快被当地的两个移民团体察觉并加以利用，他们是沙捞越南部的布吉斯人和苏门达腊岛的米南加保人。在马来西亚发展史上，上述后果影响深远。
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