簽訂合同是企業經濟往來中的一個重要環節，合同一旦簽訂便決定了合同雙方的利益和權益，而這個看似簡單的流程，稍不注意就會忽略一些重要問題。
1、合同約定發票真偽問題
如果你是採購方在合同中約定：如果供應商提供的增值稅發票是假的或虛開的，被相關部門查出，一切責任由供應商承擔。
刑法修訂後，新增一項“非法持有偽造發票罪”，國家對發票的管理更加規範、嚴格。據相關法律規定，如果是善意取得的發票，採購方不承擔罪責；如果是惡意取得的，雙方都要坐牢。
“善意”與“惡意”的界定，是主觀決定的，若無法證明，會被稅務局界定為惡意，因此若為採購方在合同中註明此點非常必要。
2、受漲價影響，貨款增加問題
舉例：已簽訂合同中已經明確貨物的品種、型號、數量、單價，價格共800萬。但因為供應商漲價等因素，付款時實際支付1000萬，開票也是1000萬。
問題：實際發票與合同內容不一致。
解決方法：企業必須與供應商簽訂一份“關於漲價的補充協議”，註明增加的金額及原因。這樣就解決了合同與發票不匹配的問題。
如果說，企業與供應商簽訂的是戰略合同或框架合同，合同當中根本沒有單價與數量，合同中應當註明“具體價格、具體數量，必須以最終驗貨後入庫時，雙方共同確認的為準”。
3、合同中明確發票開具的具體明細
不同稅種間存在稅率差，各稅目的稅率差別可能更大。有的供應商在開具發票時，為了減輕自己的稅負，可能會開具低稅率的發票，或者提供與實際業務不符的發票。
因此在合同中一定要約定發票的具體類型、內容及稅率。
一般納稅人在採購貨物時，若需要增值稅專票，需在合同中約定供應商必須提供增值稅專票，避免供應商提供普票，導致進項稅額不能抵扣。
此外，在簽訂合同時還需分別列明合同金額是含稅價，還是不含稅價。因為此事項將涉及印花稅的繳納，若為含稅價，將根據含稅價計算繳納印花稅；若單獨列明不含稅價，即可根據不含稅價計算繳納印花稅。
4、列明發票丟失問題
在合同中必須註明：
如果採購方丟失增值稅專票發票聯和抵扣聯，則供應商有義務必須向採購方提供專用發票記賬聯複印件，以及銷售方主管稅務機關出具的《丟失增值稅專用發票已報稅證明單》或《丟失貨物運輸業增值稅專用發票已報稅證明單》。
按照這樣操作以後，即使票據丟失，還是可以抵扣增值稅的。
5、約定雙方發生糾紛由哪方法院解決
簽訂合同時，應力爭協議合同發生糾紛由本地法院解決。
根據我國民事訴訟法的規定，若雙方當事人屬於跨區或異地，因合同發生的糾紛，可以由雙方當事人通過訂立合同爭議條款自由約定由哪方法院來管轄，這在法律上稱為協議管轄 。合同當事人可以通過約定一個對自己有利的法院（往往規定在本地法院）來管轄案件，以節省費用，避免地方保護主義因素產生的不利影響。
6、合同簽訂後塗改是否有效？
如單方對合同進行塗改，已改變了原有合同約定的，則改變的部分無效，維持原合同約定內容。合同簽訂之後，任何一方想進行合同修改的，必須告知對方，經雙方協商一致同意後，重新簽訂合同或在原合同相應條款作修改或補充，並在修改地方加蓋雙方公章（個人手印）；若只有口頭答應但沒有對合同做修改或者沒有在任何一處有修改變動的地方蓋章（手印），視為無效，合同維持原有內容繼續生效。
簽訂合同是一件細緻的事，稍有遺漏都將影響雙方的權利義務和經濟利益，因此擬定合同時一定要請財務和法務進行審核，避免因合同瑕疵給企業造成重大經濟損失。
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