主觀原因
一、農民階級的侷限性。
早期雖然提出了《天朝田畝制度》，但在當時，是空想，根本不可能實現；太平天國運動轟轟烈烈，但中國依然是封建社會。 他們提不出一個切實的革命綱領，廣大將士參加革命目的不明確，大多是迫於生計，希望改變貧窮的經濟地位。在定都天京後，領導者封建特權思想膨脹，爭權奪利，貪圖享樂，結果斷送了革命前程。在後期，太平天國也有短暫的重振。太平天國領導集團分裂後，形勢頓挫。洪秀全提拔了與清軍血戰多年的青年將領陳玉成、李秀成等為各軍主將領。他們領導太平軍奮力戰鬥，力挽危機局勢。
中期的鞏固大本營使領導核心分裂。定都天京後，楊秀清因掌握了大部分軍政實權，所以“東府集團”勢力最大。這些集團之間爭奪權力鬥爭日益尖銳。1856年9月，太平天國領導集團發生了公開的分裂。據《李秀成自述》影印本記載，楊秀清驕傲專橫的傾向日益嚴重地表現出來，“威風張揚，不知自忌”。
1856年8、9月江南大營被打垮，天京被包圍的形勢暫時解除，楊秀清乘機進一步擴大勢力，“逼天王到東王府封其萬歲”。洪秀全命韋昌輝率部於9月1日趕到天京，包圍了東王府。次日楊秀清及其眷屬全部被殺。接著天京城內發生混戰，太平天國優秀將領和戰士兩萬多人死亡。後韋昌輝控制了天京，獨攬軍政大權。11月，洪秀全又命石達開殺死了韋昌輝及其心腹200多人，結束了韋昌輝對天京歷時2個月的統治。在這之後，洪秀全又逼迫石達開出走，後石達開被清軍圍困在四川大渡河邊的安順場，全軍覆沒。
二、戰略失誤。
金田起義後，很長一段時間內徘徊在紫荊山周圍，缺乏進取；起義之後，沒有盡一切可能爭取知識分子，不能把反孔和爭取知識分子統一起來；定都天京後，孤軍北伐，犯了兵家大忌。北伐西征，形同流寇；後期作戰，屢失良機。戰略上存在重大失誤。
客觀原因
1、中外政府聯合絞殺。這是中國歷史上任何一次農民戰爭都不曾遇到過的新情況。1861年，慈禧太后授權曾國藩統轄蘇、浙、皖、贛四省軍務。這樣，對付太平軍的前線清軍，全部歸曾國藩統一指揮。曾國藩派曾國荃率領湘軍主力專攻金陵（今南京）；派李鴻章率領淮軍夥同英國人戈登指揮的“常勝軍”，進攻蘇州、常州；派左宗棠率領湘軍的一部，進攻浙江。英法侵略者組織中外混合的反動武裝，協助左宗棠。
2、前期的征戰使領導階層瓦解。據《中國近代史》第三章所說，在北上途中，南王馮雲山於1852年6月3日中炮彈身亡，西王蕭朝貴於同年9月12日負傷死去。太平軍失去了2位重要的領導。
3、天國等級相當森嚴，刑律殘酷，違背了當初革命救世和人道宗旨。
總之，太平天國運動是中國近代史上規模巨大，波瀾壯闊的一次偉大的反封建、反侵略的農民革命戰爭。但由於受階級和時代的侷限，農民階級不能領導中國革命取得勝利。
其他原因
1、初期的封王，一開始就埋下禍根，東王佔有絕對的軍政大權，導致野心的擴大，想取代天王。領導者彼此的明爭暗鬥，不信任也是促成失敗的原因。
2、《天朝田畝制度》的共產化。像分配時的有田同耕，有衣同穿，有飯同食，有錢同使，無處不均勻，無人不飽暖的原則只適用於下層的農民、商戶、士兵。對於上層領導人，每天是用幾人共用的錢，吃幾人共吃的東西，穿的、住的都比下層人民好許多。體制的不均等性也導致太平天國運動的失敗。
3、統治者日益腐敗，脫離民眾。據《中國近代史》上記載：太平軍進入南京後，立即大興土木，把兩江總督衙門擴建為天王府，拆毀了大批民房，動用了成千上萬的男女勞工，“半載方成，窮極壯麗”，旋因大火燒燬。1854年又在原址復建，周圍十餘里，宮殿林苑，“金碧輝煌”、“侈麗無匹”。東王府的修建也是“窮極工巧，聘心悅目”。至如冠履服飾、儀衛輿馬等，都備極奢華。此外，天王還不斷選取民間秀女入宮。這些情況表明，太平天國領袖們在進入天京後，生活上的奢侈腐化已經相當嚴重。
4、據《太平天國》記載：太平天國領袖們之間的關係逐漸疏遠，原來“寢食必俱，情同骨肉”，變為“彼此睽隔，猜忌日生”，宗派色彩日益明顯。洪秀全僻處深宮，把許多精力用於宗教神學的著述，脫離了廣大群眾。
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