康熙十四年( 1675年)初,耿精忠与郑经互相通使，协同对清军作战。十一月,郑经出兵攻陷漳州，斩杀清朝澄海公黄芳度，又取兴化、汀州。十二月，郑经水军进攻温州，清水师提督常进功等自定海出海抵御。康熙十五年(1676)三月，杰书遣傅喇塔等进军温州。耿精忠部将曾养性等率兵迎战，被清军击败。六月,耿精忠部耿继善弃建昌城逃走。八月，杰书派都统赖塔等攻衢州，耿部马九玉败逃。九月,清杰书部傅喇塔、李之芳等追击马九玉,进人仙霞关，耿部金应虎投降。十月，杰书部抵达延平。耿精忠见大势已去，诚惶诚恐，只好派儿子耿显祚去清营请降。这样的话，耿精忠的势利也算全部报销了，清军的压力瞬间小了很多，不仅仅如此，耿精忠还被说服参加清廷的部队，跟着清廷一起去打叛军，这就很难受了，第一个挨揍的就是郑经，郑经也是很坚强的一个人，身边的人都投降了，只有他这一只宁死不降，结果可想而知，很壮烈的惨败，屡败屡战屡战屡败，一度打的自闭。
随后，孔四贞到北京也向清廷请降。驻守柳州的马雄，降清后不久，再度起兵反叛,但很快失败。马雄病死,其子马承荫降清。这样,广西的反清叛乱也被平定下去。康谕诏次第十五年(1676年)春，吴三桂自湖南出兵，攻打广东肇庆。吴三桂授尚之信为招讨大将军、辅德亲王。但吴三桂要求广大派兵却遭到尚之信的拒绝，吴、尚间矛盾日深。此时，清军在福建、广西连本获胜，尚之信便又突然背叛吴军，暗中派人向移驻南昌的清简亲王喇布行告请降。同时他又率军蘺发迎降，于十二月“以广州归诚”。清廷遂命他立功赎罪。号为“三藩”之一一的尚之信，只是由于争夺王位，才在吴三桂发动的叛乱战争转人低潮时铤而走险，举起叛旗，但数月后又向清朝投降，因而在整个战争中处于无足轻重的地位。
总起来说，吴三桂等人发动的叛乱局势刚刚高涨起来，就很快走向低潮，各路反叛大军败的败、降的降，唯有吴三桂还保存有相当的实力。吴三桂攻占湖南后，主力军一直在湖南镇守，与清军长期展开拉锯战，各有胜负。岳乐军屡攻长沙、萍乡，都未能攻克，湖南的吴三桂军仍是善战的劲旅。康熙十五年(1676年)春。吴三桂兵人广东，尚之信起兵响应。吴三桂另派部将韩大任攻下吉安。清岳乐军攻下萍乡后，再进取长沙，由于吴三桂婿胡国柱死守长沙，清军一再攻而不克。吴部大将韩大任又夺回萍乡， 截断清军后路。康熙帝命喇布自江西出兵援救岳乐军，抵达吉安，也大败而归。陕甘王辅臣降清以后,康熙帝调遣攻打陕西的穆占军南下荆州，专力攻打湖南。康照十六年(1677年)初，清穆占军与岳乐军夹攻长沙。虽然长沙未能攻下，却逼迫韩大任逃离吉安。吴三桂自岳麓山移驻衡州(今湖南衡阳),出兵广西，杀死孙延龄，企图打开通路，由于孔四贞等降清而受到阻遏。康熙十七年(1678年)初，岳乐军所向披靡，先后攻克平江、湘阴，又在湘潭招降吴三桂水师将军林兴珠，命为建义将军。清穆占军也频传捷报，连续攻下永兴、郴州、桂阳等十三城。另外,喇布军进击韩大任,兵抵宁都城下，韩大任败走,最后向福建清军投降。
总之，从康熙十五年(1676年)冬到次年春，整个战争形势发生了急剧的转变。王辅臣、耿精忠、孙延龄、尚之信等相继降清，郑经败走，这就使吴三桂日益陷人孤立。康熙帝更加紧了对叛军的进攻，并取得了一连串的重大胜利，从根本上扭转了不利的战争局势。看来，吴三桂等人败亡的命运难以避免了。
曾经烜赫一时的吴三桂见大势已去，仍想做垂死挣扎。他不得不求助于蒙古，并许以割地纳款，乞求蒙古发兵秦蜀，以挽回败局。但是，蒙古却留住来使，不予理睬。这样，吴三桂的最后希望也破灭了。随着军事上的清败，吴三桂在政治上也逐渐遭受到人们的唾弃，叛军内部人心浮动，士气低落。吴三桂预感到大难临近，决定趁死期未到，“姑称帝以自娱”，同时借以鼓舞军心作垂死的挣扎。于是，吴三桂便匆匆忙忙地开始演出登基称帝的丑剧。
康熙十七年(1678年)三月，吴三桂派人在衡州(今湖南衡阳)草草修建了百余间芦舍。用黄漆涂刷房顶，权当皇宫。二十八日，吴三桂登上临时搭成的祭坛,祭祀天地,终于做起真命天子来了。他定衡州为国都，称为定天府，改国号为周，年号昭武,封妻子张氏为皇后，孙子吴世璠为太孙。同时他又设置百官，册封部下分别为国公、郡公、侯、伯。正当吴三桂登基称帝时，突然间风雨大作，芦舍朝殿被刮得东摇西晃，黄漆房顶被弄得面目全非。这使吴三桂和他的“百官”十分扫兴。这场登基丑剧就这样在风雨中草草收场。
登基结束后，吴三桂为装点门面，笼络民心，又匆忙举行了云南乡试,搜罗了73名“举人”，为吴氏小朝廷效力。由于吴三桂彻底撕下了“复明”的假面具,连支持他的明朝旧臣也都反对他了。这就使吴三桂在政治上彻底陷人了孤立无助的境地。吴三桂称帝后，即卧病不起。他闻知清军正向他的大本营一步步逼近，更是惶恐不已。在病床上的吴三桂还经常做恶梦,面容也日益憔悴。他不停地独自悲叹道:“何苦，何苦!”悔恨当初不该起兵反叛，以致闹得身败名裂,家破人亡。吴三桂在极度的惊恐中，患了中风、噎膈等病(可能为食道癌)。据说有一次，一只狗跳到吴三桂面前的桌案上，他被惊吓得全身颤抖不止，更加重了他的病情，不久即下痢身亡。
吴三桂仅仅做了不足五个月的“皇帝”，声威虽曾烜赫一时，但终究在内外交困中，于康熙十七年(1678年)八月十七日一命呜呼,时年66岁。吴三桂之孙吴世璠，自云南来奔丧，行至贵阳,在众将官的拥护下，继位称帝，改年号洪化。在清军强大的攻势面前，他吓得胆战心惊，到衡州带了吴三桂的灵柩狼狈地逃回云南。吴世璠称帝后，更难得到部属的拥护，他的败亡已难以避免了。但凭借吴三桂在西南多年积蓄的兵力，吴世璠仍与清军对抗了三年之久。
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