喀喇汗王朝是由漠北迴鶻西遷到蔥嶺以西的一支，再聯合當時在這一帶地區活動的其他民族和部落聯盟，如樣磨、葛邏祿等建立的一個地方政權。一譯“黑汗王朝”。據說汗國的創始者名叫“毗伽闕卡迪爾汗”。大概在“毗伽闕卡迪爾汗”死了之後，他的後代分別以中亞地區的八拉沙袞和今天的喀什噶爾地區為中心，建立了一個後來實力強盛的地方政權。王朝建立之初並非伊斯蘭國家，與突厥汗國、回鶻汗國等遊牧汗國類似，他們最初是薩滿教教徒與拜火教教徒，也有一些摩尼教徒與佛教徒。
毗伽闕·卡迪爾汗去世後，長子巴茲爾繼承汗位，為阿爾斯蘭汗，治巴拉沙袞;次子奧爾古恰克稱博格拉汗(卡迪爾汗)，治恆邏斯(今哈薩克斯坦江布爾)。奧古爾恰克時期，同波斯薩曼王朝展開過激烈的鬥爭。公元893年，薩曼皇帝伊斯瑪儀·本·馬赫穆德攻破恆邏斯，奧古爾恰克的1萬名戰士陣亡，他的妻子和1.5萬人被俘。奧古爾恰克被迫遷都喀什噶爾，繼續同薩曼王朝進行鬥爭。奧古爾恰克曾經按操突厥語族語言的各遊牧部落的傳統，在其兄巴茲爾死後續娶他的妻子，並收留了兄長的兒子，此人就是後來著名的薩圖克·博格拉汗。
為了和薩曼王朝鬥爭，奧古爾恰克庇護從河中地區出逃的一位王子納賽爾·薩曼尼，讓他住在阿圖什。薩圖克在此人的勸導下，皈依伊斯蘭教，秘密發展自己的力量。巴茲爾去世沒有傳位於其子，而傳位於其弟奧爾古恰克。奧爾古恰不欲帝位按傳統傳給侄子也就是巴茲爾之子薩圖克。在薩圖克影響下，屬下一些王室成員也改信伊斯蘭教。由於改宗伊斯蘭教，薩圖克得到了汗國西部穆斯林及本國穆斯林的支持，實力大增，因此引起與叔叔奧爾古恰克的警惕。隨著實力的增加，薩圖克也有了奪回帝國的野心。公元915年，在自己經營多年的古拉姆近衛軍，以及薩曼王朝穆斯林的援助下，他以武力從信仰薩滿教的叔父手中奪取了政權。奪位之後，薩圖克自稱蘇丹·薩圖克·博格拉汗，宣佈伊斯蘭教為國教，在國內推行伊斯蘭教。並且按波斯伊斯蘭國家模式建立了伊斯蘭教法統治，創建官僚隊伍與管理機構，設立宗教法庭，宗教領袖在國家政治生活中享有重要地位，宗教學者隊伍日益擴大，寺院經濟大量發展。不久，他在穆斯林信徒的支持下，從薩曼王朝手中奪回恆邏斯，隨後攻佔巴拉沙袞，基本確立了對塔里木盆地西部、費爾干納地區和七河流域的統治。
薩圖克去世後，其子穆薩(巴依塔什)繼位，稱阿爾斯蘭汗，駐喀什噶爾。薩圖克的次子、木薩的弟弟蘇萊曼治巴拉沙袞。在蘇菲派教士的幫助下，穆薩實現了王朝的伊斯蘭化。公元960年，穆薩宣佈伊斯蘭教為國教，20萬帳突厥人入教。
從此正式開始了第一個突厥語民族伊斯蘭王朝的歷史。穆薩統治時期，繼續大力推行伊斯蘭教法統治，在王朝各地普遍設立宗教法庭，建立清真寺、經文學校和麻扎，今喀什皇家經學院的遺址還為當地人所共知。
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