喀喇汗王朝地圖
公元1004年，喀喇汗王朝正式滅了于闐國，和田地區盡歸喀喇汗王朝所轄。之後喀喇汗王朝發動了對同族兄弟高昌回鶻的數次聖戰，高昌回鶻此時擁有強大國力，與中國北方霸主遼國關係很友好，曾經於913年向遼朝入貢，924年遼太祖西征，高昌回鶻成為遼的屬邦，同時也稱臣於宋王朝，遼聖宗在北庭修築了可敦城，也就是現在的新疆昌吉州吉木薩爾縣駐紮重兵以制約羈絆高昌回鶻，實際上高昌回鶻與宋、遼只是形式上的臣屬關係，類似於附屬國與宗主國的關係，面對喀喇汗王朝伊斯蘭聖戰軍隊的入侵，高昌回鶻積極組織武力抵抗的同時又求助於遼國支持，在遼國默許下，有三萬帳（也有說三十萬帳）遊牧部落主要是契丹人還有沒有伊斯蘭化的突厥人，從蒙古高原來到高昌與喀喇汗王朝的邊境，與高昌回鶻的軍隊夾擊喀喇汗王朝，當時喀喇汗王朝的阿赫馬德·拖幹汗率領軍隊擊潰了這些遊牧部落的侵襲，並把這些遊牧部落牽制在了阿力麻裡（現在新疆伊犁地區）、葉密立等地的草原。
經過幾次和高昌回鶻的戰爭，喀喇汗王朝和高昌回鶻誰也滅不了誰，喀喇汗王朝佔據了高昌回鶻部分西部國土，把邊界推進到了現在阿克蘇地區的庫車一帶，喀喇汗王朝也達到了頂峰，此時的王朝猶如中亞帝國，與遼國不相上下，疆域東起庫車，西至鹹海附近，南鄰阿姆河、噴赤河、喀喇崑崙山與崑崙山脈，北抵巴爾喀什湖、伊犁河河谷（現在中國只佔有整個伊犁河谷的不到五分之二）與七河流域的草原，東南直達羅布泊沙漠地帶，其疆域在國內，包括了今天新疆整個南疆和北疆的伊犁地區，在國外，囊括哈薩克斯坦共和國、烏茲別克斯坦共和國、吉爾吉斯斯坦共和國、塔吉克斯坦共和國。
隨後新疆進入了短暫的和平時期，喀喇汗王朝和高昌回鶻經濟文化都獲得了較大的發展。喀喇汗王朝在七河流域與伊犁河河谷興建了大批新興城市，大批突厥語民族由遊牧轉入定居。
中國古代阿爾泰語系的民族習慣採取“雙王制”的政治體制，把汗國分為兩部分，老大擔任大可汗，老二擔任副可汗，分別統治汗國的一部分。
喀喇汗王朝成為中國境內第一個接受伊斯蘭教的突厥語民族建立的王朝。
同時，王朝的歷代可汗在稱號中大多都附加"喀喇汗" 這一表示維護傳統的顯赫尊號，後世的史學家才特別地稱其為"喀喇汗王朝"，此外，王朝大汗的頭銜中又往往附加一個稱號--""桃花石汗"，其明確含義即為"中國君王"。
汗位的繼承，是傳長制，不是嫡承製。大可汗稱為阿爾斯蘭喀喇可汗，駐巴拉沙袞(今吉爾吉斯斯坦共和國托克馬克東)，以後隨著王朝統治民族定居農業文化的發展，多駐喀什噶爾。副可汗稱博格拉喀喇可汗，開始駐怛邏斯(今哈薩克斯坦共和國塔拉斯)，中間遷到喀什噶爾，後又遷回怛邏斯，公元999年喀喇汗王朝滅了薩曼王朝後，撒馬爾罕(今烏茲別克斯坦撒馬爾罕)、布哈拉(今塔吉克斯坦布哈拉)成為汗國新的政治、經濟中心
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