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军统是老蒋自己的，中统是国民党的，两者是牵制作用，老蒋当然更偏心于军统和戴笠了。
1928年1月，蒋介石重新上台。他在全面重掌党政大权之后，痛定思痛，决定扩大自己的特务组织机构，以应付党内外斗争的需要。2月，国民党二届四中全会召开，蒋介石稳固了他的统治秩序。是月底，他采纳陈果夫的建议，决定让国民党中央组织部下设党务调查科专司负责党务情报搜集工作，任命其秘书陈立夫为科长。不久后由张道藩、叶秀峰先后任科长，1929年改由徐恩曾任科长。徐恩曾是中统历史上最有实权的领导人，他掌握中统时间最久；可以说，他是中统的灵魂人物，中统真正意义上的老板。
党务调查科成立时，人数不多，其调查任务是针对党内的派系斗争搜集情报。分为采访、整理两个股，各设总干事一人，下设干事、助理干事若干人。采访股总干事初为杨剑虹，但在杨因派系斗争及涉嫌贪腐事件自杀后，总干事改由曹立瀛继任。之后，又由曾三省、张冲继任。整理股总干事初由吴大钧担任，吴升任科主任后，又改由于事濮孟九继任。后来由于反共形势的需要，调查科扩张为政党斗争的工具，也搜集中共和其他政治对手的情报，继而又开设了“特工训练班”，广招兵马，扩充组织。 从此，国民党有了真正意义上的特务机构——第一个正式的专职情报机构，即“中统”组织之开始。 
李三万的三万里
最大的区别是军统属于军队序列，全称是：国民政府军事委员会调查处。负责军、宪、警部门以及对外的情报安全工作；我们再来说说中统，中统的全称是：国民党中央党部统计调查处。控制中统的机构是国民党中央组织部。中统局负责的是除军、宪、警等军事部门外的情报安全工作。中统对社会舆论、思想言论也负有监控责任。
按理说两个部门各管各的，一个管军，宪、警及对外情报，一个管军，宪、警之外的情报，应该互不干涉才对。但这两个部门却掐的很厉害，这是有历史原因的。
首先是国名党政府的西迁，从南京迁到了重庆。这在当时的形势是非常严峻的，所以军统局也担负了一些对行政机关，交通、金融部门这些要害部门的监视。而这本该是属于中统管的事情，这就和后来的中统局有了权限方面的冲突。
说白了也是利益，军统自然不愿意把权限交出来，所以，一旦遇到矛盾，两个部门的人就会冲突起来，小事情由双方领导负责摆平，但闹大了双方就都很不好看。但谁都知道戴笠深受蒋介石的信任，所以，军统的势力也是在逐渐扩大。
40年代之前，中统势力是比军统大的多，当时国民党的各级基层党组织，都是中统的特务网延伸。许多基层党部的负责人，本身就是中统的基层负责人。但到了抗日战争以后，国名党对情报的工作对象有了改变，从对付共产党向对付日本侵略者转变，这个时期，中统的地位就不如军统了，因为军统属于军队序列，再加上国土沦陷，中统基层组织遭遇破坏，所以，逐渐被军统所取代。
还有一个重要原因，蒋介石能控制住军统，因为那是自己人。戴笠是蒋的亲信。
而中统是国名党CC系的大老陈立夫、陈果夫兄弟掌控，在人事上蒋是不能直接控制的。蒋自然会扶植军统，压制中统。到了国民党退到台湾以后，中统实际上已经丧失了全部组织系统。而军统的组织系统倒是得以保存和发展。
由于中统与军统在争夺秘密工作的主导权上，进行了长期的明争暗斗，双方的合作非常有限。
国民党逃台后，蒋介石对两个特务组织进行了改组，成立了国家安全局和军事情报局。这实际上就是中统与军统的延伸。对双方的工作范围也进行了区分，明确了国安局以对内安全为主，重点是侦查岛内的中共组织。军统以对大陆为主，重点是对大陆侦察、派遣、破坏和武装袭扰。
到蒋经国后期，特别是“江南事件”以后，蒋经国开始改组台湾情报特务组织的系统与任务范围。国安局逐渐取代军事情报局，成为岛内最大的情报机关，并开始掌握对大陆的特务与情报活动的主导权。而军情局反而变成了单纯的军事情报机构了，主要负责对大陆军事系统的情报工作。
加密的故事
两者最大的区别就是中统管国民党党内部，军统管国民革命军内部。中统和军统的前身分别是励进社和复兴社，在《潜伏》里，余则成说过一句话：“这是励进社残杀复兴社的变种。”说的就是以前两家就已经频繁内斗。
1938年3月份，蒋介石以更利于抗战为由，首先将国民党中央组织委员会党务调查科改组成国民党中央执行委员会调查统计局，即中统；同年8月，又将军事委员会密查组、军事委员会调查统计局第二处，以及复兴社特务处，整合成国民政府军事委员会调查统计局，即军统。
戴笠
两个都是调查统计局，不过一个对党务，一个对军务。按照当时成立时的目的，军统直接属于国民党军队序列，主要任务是收集各类情报、对军队监视整治，对敌对势力逮捕暗杀。中统则是监控国民党机关内部情况；打击一切国民党之外的党派；控制社会舆论和思想。
陈立夫
这两个系统的局长都是由蒋介石侍从室的人担任，实际掌控者都是副局长，军统副局长是戴笠，中统的老板则是陈果夫和陈立夫兄弟俩，因为中统管党务，所以当时有“蒋家天下陈家党”的说法.
渔樵侃史
中统局：负责除军、宪、警等军事部门外的情报安全工作，实际工作中也是基本上维持在这个范围之内的，因为军统局也不允许它干涉越权。中统局的工作重心在党政机关内部，另一个重点就是暗中打击一切反对派政党，尤其是共产党，此外对于社会舆论、思想言论也负有监控责任(类似现在美国的联邦调查局FBI)。
军统局：负责军、宪、警部门以及对外的情报安全工作(类似今天美国的中央情报局CIA)。中统与军统在争夺秘密工作的主导权上，进行了长期的明争暗斗。中统和军统互相之间常常打对方的“报告”，但中统并不敢对军统进行渗透，中统在军队里也不直接开展工作，它的政策是“不碰军队”；另一方面，军统也不试图对中统进行渗透――起码在总部这一层上。但是由于军统局成立后不久国民政府西迁重庆，形势严峻，军统局也担负了一些诸如对行政机关、交通、金融等要害部门的监控，这样就引起了与中统局的权限冲突。
小哥历史
这两单位都是特务，直属蒋校长，军统是由复兴社发展而来，龙潭三杰以后中统头子失去信任了，戴笠一人独大，戴笠落马后， 毛人凤接班。蓝衣社,也叫激进社,是中统的前身。军统吏属国防部,主管军事方面情报与反间谍活动,而中统吏属国民党中央,主管党内行政的活动,两者几乎不是一个重量级的对手，戴老板死后，军统改名为保密局，有时谍战片里的保密局就是原来的军统，中统改名为党通局，从原则上将一个负责监督军队，一个负责监督政界。
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军统，全名是国民政府军事委员会调查统计局。抗战胜利后，军事委员会撤销，成立国防部，下属的军统局压缩编制，裁减人员，公开的业务划归国防部二厅，其核心部分也就是秘密部分成立为国防部保密局。
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都是特务组织，都对蒋介石个人负责，蒋介石发展两个特务组织也有让他们互相制约的意思，类似于明朝的锦衣卫和东西厂。军统由蓝衣社发展而来，隶属国防部，所以在一些影视和文学作品中，常能听到“国防部二厅”这个名词。军统著名的头子是戴笠，戴笠死后，毛人凤接手。中统隶属国民党中央，前身是复兴社。从任务上讲，军统负责军事，中统负责做党内黑手。
