太平天國運動中，楊秀清與洪秀全的關係是諸王中最為微妙的，兩人從親如兄弟、一同舉事一步步逐漸發展為反目成仇、兄弟相爭，實在讓人唏噓。這和洪秀全的“姑息養奸”有很大的關係，和楊秀清個人的慾望也有很大的聯繫。在很多人看來，天京事變之所以發生是因為洪秀全沒有在最初壓制楊秀清的野心，而種下了葬送太平天國的最大禍患。
楊秀清從一個燒炭工頭目逐漸成為拜上帝教的二號人物，甚至一度讓洪秀全處於被架空的狀態，既是楊秀清個人的智慧和野心，也是洪秀全的無能與無奈。洪秀全對楊秀清可以說是愛恨交加，一方面享受著楊秀清的才華，另一方面也在楊秀清的跋扈之下挑起了內訌。
在拜上帝教形成早期，楊秀清帶領著幾千燒炭工加入了拜上帝教，憑藉著在燒炭工中的影響力，逐漸成為拜上帝教內部的領導人物，不過他真正登上舞臺還是來自於一次意外。馮雲山的意外被捕讓教眾人心惶惶，洪秀全主張前往廣東向巡撫、總督請願，幻想著以信仰自由為名目解救馮雲山。而楊秀清則圓滑了很多，一方面他主張從燒炭工的燒炭收入中抽取一部分金額，用來行賄當地的官員，一方面他利用當地人迷信的特點，採用了古老的“降童術”方法，以“天父下凡”的名義，穩定了即將潰散的教眾。在營救馮雲山的過程中，楊秀清的精彩表演展現出他個人的智慧、圓滑以及野心，一舉奠定了他在拜上帝教內部的領導地位。
與迂腐的洪秀全相比，楊秀清穩定教眾的方法更為機智和聰明，他巧妙的利用了教眾迷信的特點，把本土的“降童術”和拜上帝教的宗旨結合在一起。與此同時，楊秀清的野心也是非常大的，洪秀全尚且自稱上帝之子，楊秀清索性代替上帝傳言。一朝是天父，終身都是天父，洪秀全從廣州返回紫荊山地區時，也是啞口無言。如果揭穿楊秀清的老底，等於揭穿了自己的老底，如果承認了楊秀清代天父傳言的事實，也就承認了楊秀清隨時都可以用天父的名義發號命令的地位。除非洪秀全放棄已經打好的基礎，離開紫荊山去其他地方重新開始。顯然，洪秀全是不可能選擇後者的，只能硬著頭皮接受了楊秀清的“天父下凡”的事實。
除了楊秀清的“天父下凡”之外，另外一名燒炭工頭領蕭朝貴也一度“天兄下凡”，同樣也為自己奠定了教內的領導地位。洪秀全接受楊秀清的“天父下凡”，一定程度上也和蕭朝貴的“天兄下凡”有關。在最早的封王過程中，楊秀清和蕭朝貴成為排行最靠前的王，很大程度上能夠相互制約，相互掣肘，短時間內還不至於威脅到洪秀全的地位。
不過在太平軍北上南京的歲月裡，馮雲山和蕭朝貴先後戰死，打破了早期諸王的權利制衡。楊秀清在軍事指揮上的才華是有目共睹的，太平軍在他的指揮下，雖然談不上戰無不勝，但是畢竟在短短的兩年裡就拿下了南京，控制了經濟最為富庶的長江中下游地區。同時也因為軍事指揮上的才華，楊秀清在軍中的威望越來越高，對權利的慾望也越來越強，專橫與跋扈也越來越厲害。上至諸王，下到普通的士卒，楊秀清想怎麼責罰就怎麼責罰，甚至於洪秀全在天王府處罰宮女過分了，楊秀清都利用天父下凡來過問，甚至要公開責罰洪秀全。
洪秀全對楊秀清的跋扈也是很清楚的，但是他深知自己在軍事和政治上的能力確實有限，東王雖然跋扈，但也確實有才華，有楊秀清在，洪秀全就可以安心的在天王府裡享受榮華富貴，唯一費神之事就是研究基督教義和儒家經典，想想應該怎麼刪減和修改。只要東王不從根本上威脅自己的地位，洪秀全也並沒有除掉楊秀清的意思。不過楊秀清並沒有滿足洪秀全的這個願望，定都天京三年後，九千歲的東王選擇了逼封萬歲，邁上了最後的作死之旅。
天京事變中，洪秀全先是借韋昌輝之手除掉了楊秀清，然後又以韋昌輝誅楊殺人過多為由，除掉了韋昌輝，在石達開返回天京之後，洪秀全又通過幾個昏招逼走了石達開。洪秀全最終把所有的權利集中到自己的手中，也成為了孤家寡人，太平天國經過這一系列的打擊之後，迅速走向了下坡路。
由此可見，拜上帝教在興起之初，領導層的各種複雜的關係就已經為日後的蕭牆之亂埋下了伏筆。洪秀全接受楊秀清的“天父下凡”是為了利用他的才華，同時又有蕭朝貴的“天兄下凡”稍微制衡一下，不至於讓楊秀清獨攬大權。而在定都天京之後，日益膨脹的楊秀清對權利的慾望已經不可阻止。楊秀清覬覦洪秀全的位置，卻又沒有動手除掉洪秀全，和諸王的關係也沒有處理好，最終在內訌中被除掉。而隨著楊秀清的離世，無論是早期封王的石達開，還是後起之秀陳玉成、李秀成等人都沒有能力再次振興太平天國，洪秀全千辛萬苦的把所有的權利集中在了自己的手裡，最終還是眼睜睜的看著它一步步走向了滅亡。
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