2000年5月16日，著名足球教練徐根寶在崇明島創辦上海根寶足球基地，旨在為國家培養足球人才，並打造一支“中國的曼聯”征戰中國足球頂級聯賽。
2005年12月16日，上海東亞有限公司和上海根寶足球基地有限公司共同出資，在上海市工商局註冊成立了上海東亞足球俱樂部，徐根寶本人擁有俱樂部的絕對控股權。
2007年，徐根寶出任東亞隊總教練。該年上海東亞被分到中乙聯賽北區，以9勝3平2負的成績取得北區冠軍，並在決賽階段先後戰勝安徽九華山與四川隊，最終奪得中乙聯賽冠軍，成功升入中甲聯賽。
2011年12月31日，上海東亞以三年3000萬元的價格將冠名權出售給中邦集團，球隊以中邦集團旗下的特萊士紅酒命名，隊名更改為上海特萊士隊，而“上海東亞”作為俱樂部名稱仍然予以保留。2012年9月29日，上海東亞客場3-0戰勝哈爾濱毅騰，提前三輪衝超成功，這時距離球隊成立不到七年時間。
2012年12月27日，俱樂部收回上海全運隊，與此同時，中邦集團決定無條件終止和東亞的三年合作協議。12月28日，在相關政府部門的“協調”下，上海東亞足球俱樂部得到了上港集團的冠名贊助。
2014年10月，上港集團以近2億元全資收購上海東亞足球俱樂部，收購對象包括一線隊、預備隊和U17梯隊。2014年11月18日，上海上港集團足球俱樂部成立儀式暨新聞發佈會在上海港國際客運中心舉行，正式宣告上港集團完成了對東亞足球俱樂部的整體收購。
2015年10月31日，上海上港在主場2-1戰勝遼寧宏運，最終以30戰積65分奪得中超聯賽亞軍，首獲亞冠參賽資格，這是上港俱樂部建隊十年以來取得的職業聯賽最佳戰績。
2016年，上港俱樂部與上汽集團開展戰略合作，獲得贊助金額約1.5億元。8月6日，上港俱樂部與德甲漢堡俱樂部在德簽署合作協議，雙方互相成為所在國的獨家合作伙伴。賽季結束，上港預備隊首奪中超預備隊聯賽冠軍；上港一隊以積52分獲得中超季軍，並獲亞冠資格。
2018年11月7日，在中超聯賽第29輪，上海上港隊主場2-1戰勝北京人和隊，提前一輪奪得隊史上和上海足球歷史上第一個中超聯賽冠軍。
球隊主場：上海八萬人體育場
球隊吉祥物：海鷹
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