很多南京城后方的将领没有接到撤退命令，全力阻拦接到命令撤下来的部队，双方还爆发了激烈枪战。此后南京陷入极度混 乱的局面，军民争相夺路，自相践踏。在这次大撤退中，中国军 队损失惨重，场面惨不忍睹，甚至刚从激战中退下来的谢承瑞少 将没有死在日本人的枪下，却被自己人踩踏身亡。
中日军队激战正酣，而作为南京卫戍司令长官的唐生智却无心死守南京， 日夜苦盼援军到来。12 月 11 日晚，蒋介石突然致电唐生智：“如情势不能久 持时，可相机撤退，以图整理而期反攻。”接到蒋的指示，唐生智连夜与罗卓 英、刘兴两位副司令长官及参谋长周斓研究，决定准备撤退，并于 12 日晨召 集参谋人员仓促制订撤退计划。
侵入南京郊区的日军坦克部队
此时，日军已从城墙缺口处潮水般涌入城内，成百上千的中国士兵在无人指挥的情况下从容抵抗，直至战死。至 12 日 16 时，中华门、光华门、中 山门皆被日军攻破，激烈的枪炮声在各街巷此起彼伏。南京城已无法固守，唐生智开始实施仓促制订的撤退计划。在下达撤退命令后，他将撤退重任委托给助手，自己率先撤出战场。
12 月 12 日，在南京中华门外准备发起总攻的日军先头部队
由于撤退计划部署不周全，撤退行动出现大面积混乱现象。唐生智撤走后，南京军民陷入空前的无组织状态。抗战史上最耻辱的一幕开始了。 通往下关码头的道路挤满了争相逃命的军民。人们相互推挤、践踏，如同热锅上的蚂蚁般到处乱窜，而江边却看不到一只船。 原来战前唐生智为了表示破釜沉舟、背水一战的决心，自断退路，让交通部长俞鹏飞将下关原有的两艘大型渡轮撤走，并严令守卫浦口的第 1 军和 守卫挹江门的第 36 师，制止从南京向长江北岸或由城内经挹江门撤往城外的 部队和军人，如不听从可开枪射击。
撤退命令下达后，挹江门守军未能及时接到命令，仍在全力阻止前线部 队的撤退，造成挹江门堵塞。从激战中撤退下来的部队混乱不堪，各自争先 抢渡，就连谢承瑞少将也被自己人挤倒被踩身亡。据参加过南京保卫战的国 民党将领宋希濂后来回忆：“下关浦口间原有两艘渡轮，每次可载七八百人， 往返一次约需时 45 分钟。那时下午 5 时就天黑了，早晨要到 7 时才天亮，即 夜间有整整 14 个小时可以航行。如果卫戍司令长官部的运输机关能确实掌握 这两艘渡轮，则至少可以运送 3 万人过江，然而，他们却让这两艘渡轮开往 汉口去了。留存在下关江边的，只是几艘小火轮和两三百只民船，要过江的 人太多，船只却太少，各部队为抢船甚至发生枪战。”
大部分官兵无船可乘，只好拆取门板制造木筏渡江，光附近大庙就拆了7 座。还有不少人抓着杉排、木板或树枝，试图游过近 2 公里宽的长江。由 于正值寒冬，江水冰冷刺骨，许多士兵就这样冻死在了江中。
南京市长兼警备司令萧山令率宪兵部队到达江边，发现已经没有可以渡 江的船只，于是令所部自扎木筏渡江。至 13 日清晨，宪兵部队因人多舟少， 大部分官兵仍未渡江。这时日军第 6 师团尾追而来，向撤退的中国军民开火。
萧山令下令宪兵部队就地阻击日军，以掩护其他军民渡江。日军没有料到撤退的国军会突然发起反击，猝不及防，慌忙中只能后退。但没过多久，在机枪 掩护下，日军卷土重来，冲锋猛烈。江边空阔无所遮挡，宪兵部队背水作战， 艰苦异常，在激战 5 个小时后，伤亡殆尽。面对蜂拥而来的大批日军，萧山令 振臂高呼：“杀身成仁，今日是也!”说完，便率领剩余官兵挺着刺刀与日军展 开肉搏，直至全部壮烈牺牲。萧山令将军宁死不屈，举枪自尽，以身殉国。
萧山令
萧山令（1892–1937），字铁侬，湖南省益阳县人。 保 定 军 校 第 六 期。1936 年 任 宪 兵 副 司 令， 南 京保卫战时，任南京市市长兼南京警备司令。面对 日寇他大义凛然，举枪自尽，以自己的义举，实现 了“誓与南京共存亡”的诺言。他是国军在南京保 卫战中牺牲的最高级别将领，时年仅 45 岁。事后， 国 民 政 府 追 授 他 为 陆 军 中 将。1984 年 和 1985 年， 国家民政部和省人民政府分别追认其为革命烈士。
滚滚长江，竟成了无数南京军民的葬身之地。成千上万的逃难者蜂拥到下关码头，发现到处都是一片混乱，只要有渡船一靠岸，立刻就有无数人争先恐后 夺命而上，毫不理会撤退士兵的鸣枪示警。一时间，喊声、哭声、叫骂声和落水 者的呼救声响成一片。正在渡江的国军官兵被尾追而至的日军火力杀伤，还有不 少人死在自己人的枪下。滔滔长江上漂满了士兵的尸体，鲜血染红了江水。据 知情者后来说，下关一战，中国军民被日军打死 3 万多人，淹死 2.8 万多人。
南京保卫战历时 8 天，以南京失陷而告终，中国军队伤亡 5 万余人，毙 伤日军 1.2 万余人。据统计，此次战役有十多名国军将领阵亡，他们是萧山 令、朱赤、高致嵩、易安华、罗策群、姚中英、司徒非、李兰池、谢承瑞。
占领南京后举行入城仪式的侵华日军
这些将军的尸骸最终没有一个能从南京城中运出，就此长眠于用生命捍卫过的土地上！ 国民政府在南京保卫战的组织指挥上出现了重大错误，战前未作周密部署，开始决心与南京城共存亡，后来又突然决定撤退。决定突围时，又未拟 定周密的撤退计划，获知撤退信息的大批高级将领纷纷提前逃跑。不能不说， 守军最高指挥者唐生智在安排撤退方面是怀有私心的，他安排一些部队提前 撤退，直接导致守军在撤退中不听从指挥，陷入极度混乱的局面。从前线撤 下来的官兵们自相践踏，损失惨重， 10 万守军大部分都未成功突围，成为 5 万日军的俘虏。
12 月 13 日，日军占领南京，由此开始了连续六个星期惨绝人寰的南京 大屠杀，遇害的被解除武装的战俘以及平民达 30 多万人。昔日繁华的六朝古 都，满目疮痍，尸横遍野，成了一座人间活地狱。
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