設施草莓大棚全生育期均可使用生物藥劑進行防治，選擇毒性低的微生物農藥和植物源農藥等，掌握生物藥劑的特性合理使用，微生物農藥在陰天或傍晚使用，合理組合與交替使用。
1、土傳病害。
如枯萎病、黃萎病、根腐病等。選用1,000億活芽孢/克枯草芽孢桿菌可溼性粉劑500～1,000倍液、100億活芽孢/克多粘芽孢桿菌可溼性粉劑500倍液，3億活孢子/克哈茨木黴菌可溼性粉劑500倍液、1×106個活孢子/克寡雄腐黴可溼性粉劑8,000倍液浸根5～10分鐘後再栽植，並在栽種後5～7天灌根1～3次，每株用藥水量200毫升。
2、炭疽病、灰黴病、白粉病等病害。
選用1,000億活孢子/克枯草芽孢桿菌可溼性粉劑500～1000倍液、3億活孢子/克哈茨木黴菌可溼性粉劑600倍液、3%多抗黴素水劑800倍液、1.5%苦參·蛇床素水劑1,500倍（白粉病等）、2%武夷菌素水劑200倍液（灰黴病、白粉病等）、3%中生菌素可溼性粉劑500倍液（炭疽病、白粉病等）、0.4%低聚糖素水劑250～400倍液（炭疽病、白粉病等）、竹醋液200～400倍液等進行均勻周到噴霧，重點對發病中心在及時摘除病葉、病花、病果後，間隔5～7天連續防治2～3次。
3、蚜蟲、薊馬。
選用60克/升乙基多殺菌素懸浮劑1,500～2,000倍液、1%印楝素水劑800倍液、0.3%苦參鹼水劑800～1,000倍液等防治。
4、紅蜘蛛。
選用0.5%藜蘆鹼水劑500倍液、0.3%苦參鹼200倍液、1%苦參鹼·印楝素懸浮劑1,000倍液等，可結合99%礦物油150～200倍液等防治。
5、斜紋夜蛾。
選用100億芽孢/克短穩桿菌可溼性粉劑1,000倍液、2.5%多殺黴素懸浮劑1,000倍液、16,000IU/克蘇雲金桿菌可溼性粉劑1,000～1,500倍液、300億/克斜紋夜蛾核型多角體病毒5,000倍液等防治。
6、地下害蟲（蠐螬、地老虎等）。
在草莓移栽前每畝溝施20億個活孢子/克白僵菌粉劑1,500克拌細土15～20公斤、1%苦參鹼拌細土5～10公斤；生長期發生危害，可用50億個活孢子/克白僵菌粉劑800～1,000倍液等進行灌壟、灌根。對於上述推薦農藥品種及用量用法，必須經過本地試驗示範後方可使用。
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