什麼是功能醫學？按照美國功能醫學院的概念：功能醫學研究疾病怎樣發生、為何發生，並且通過解決每個人的病因來恢復健康 ，引用馬克·海曼的一句話“傳統西醫研究如何控制不正常病症，我們則是研究如何恢復正常機能”。功能醫學不治療疾病，只是幫助你恢復身體正常生理機能，提高自愈能力。
公元400年，古希臘醫聖希波克拉底說：“病人的本能就是病人的醫生（the instinct of patient is just his doctor）”，“病人最好的醫生是自己（the best doctor of patient is himself）”，他強調了人體自身的力量。現代醫學研究表明，人體具有免疫系統、神經系統和內分泌系統等自愈系統。人類生命就是靠這種自然自愈力，才得以在千變萬化的大自然中得以生存和繁衍。當人體的這種自然自愈力下降時，就出現了疾病和衰老，所以增加人體自然自愈力是修復疾病的關鍵。自愈力如同大樹的根，根壯葉就茂。只要樹根強壯了，全樹冠所有枯黃的葉子都會一齊變綠。自愈力增強了，全身所有的病都會一齊得到治療，而自愈力的修復是一個長期的過程，如這棵功能醫學之樹。
人的健康狀態是遺傳而來的適應能力（基因）和我們所處的生存環境之間相互作用的結果。改變基因的方式，是改變它生存的生物環境及基因的表達，或者通過增加和去甲基化改變基因的活動方式。錯誤的甲基化是由自由基造成損害過大而身體抗氧化系統不足，從而產生過大的氧化壓力造成的損害引起的。這些分子在身體裡不斷地產生，與此同時，在惡劣的環境下產生的分子也在增加，如陽光照射、汙染、重金屬、輻射、油炸食品、不合理飲食以及吸菸等。
加州大學伯克利分校的遺傳學者布魯斯·阿米斯說：“到我們老的時候，會發現每個細胞有上百萬個氧化病變，作為對抗手段，我們的身體會產生抗氧化物來對抗氧化引起的損害。當然，我們也可以從食物中獲得。”我們在臨床大量的氧化壓力檢測（圖3、圖4）和抗氧化維生素檢測評估中，絕大部分存在氧化壓力過大，抗氧化能力下降及抗氧化維生素的不足，從而導致各類症狀的產生、體檢指標的陽性比如鐵蛋白、尿酸高及氧化物和抗氧化物之間的不平衡，會擾亂甲基化反應的過程，而促發癌症。
功能醫學認為核心生理過程失衡是是致病的關鍵。功能醫學思維模式包括一箇中心、兩個核心、五個引起疾病的環境因素，七個生理失衡。一箇中心即功能醫學整體系統的思維以人為中心而不是以疾病為中心。我們經常強調的兩個核心是指身體裡該有的沒有——滿足身體生理平衡需要的營養的物質包括陽光、水分、充足的睡眠等都沒有；另一個核心是指不該有的太多，比如一些毒素，過敏的食物，微生物的感染，還有不健康的飲食，不該有的壓力等，這些每天在身體裡與機體相互作用，必將導致生理失衡。五個引起疾病的環境因素指毒素、過敏源、微生物、不健康的飲食包括生活方式、壓力等，作用在機體導致代謝失衡從而改變基因表達，最終導致疾病。七個生理失衡是指同化作用、防禦與修復、細胞能量代謝、肝臟生物轉化、神經遞質、激素進行行的信息的交換、溝通及運輸、結構完整性七大系統失衡。
失衡是如何發生的呢？眾所周知，環境和行為會以各種方式對人體送出訊息——透過飲食、周遭環境（空氣、住居、地貌）、運動或不運動、壓力或創傷——而訊息再經過個體特有的代謝及基因特質進一歩處理。這一連串互動中，可能有某一環節發生故障。由於你的身體代謝隨時都在針對互動產生的外來訊息做出反應，不斷把訊息轉譯成細胞指令，那麼某一特定訊息絕對可能產生某種特定反應，結果擾亂了某個核心生理過程的平衡。外部和內部之間，也就是體外的周遭世界和體內的基因特質之間，也不無可能出現矛盾。這樣的失衡會引發健康不佳的症狀或疾病。人體七種生理過程會影響所有的組織、器官系統，而失衡正是大部份慢性病的根本原因。它們是我們之所以生病的核心關鍵。
找出並改善失衡、查找不穩定因素是關鍵。把身體當成一個系統，我們可以很明顯地瞭解保持健康的方式，即集中精力改變導致疾病的環境，這就像開車後太猛而油不充足，如果你不加油也不小心駕駛，那麼一定要去醫院大修。因此，功能醫學的目的是找出不穩定因素到底在身體生態系統的哪個部位，甚至結合自己獨有的基因特性，指導你需要什麼飲食和生活方式上做什麼調整，以便很快恢復身體平衡並治癒疾病。
功學採用最新生物醫學發現，將這些科學新知與技術與現代最迫切的健康問題——慢性病——互相結合，在個體獨特基因結構與其生活方式、環境和飲食的互動關係之下，尋找慢性病的根本原因。觀察整個人的生理網絡，尋找任何基因表現被環境因子影響的地方。他們的目標是找到失衡狀態——可能存在單一系統的多個元素之間，或多個系統之間。
功能醫學使病患與醫療從業人員共同思考一套量身訂做的健康管理計劃，結合藥劑學（如有必要）與病患的環境、飲食與生活方式改變—— 不只為病患緩解症狀，而是實現個人基因完整的生命潛能。你得設計一套個人化療程，才能排除身體健康問題，功能醫學不只是改善飲食、多多運動、管理壓力，或減少接觸環境毒素等等有益健康的基礎工作。最重要的是，功能醫學就是有益健康的科學，實現個體獨有的基因潛力，疾病消失只不過是副作用而已。
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