什么是功能医学？按照美国功能医学院的概念：功能医学研究疾病怎样发生、为何发生，并且通过解决每个人的病因来恢复健康 ，引用马克·海曼的一句话“传统西医研究如何控制不正常病症，我们则是研究如何恢复正常机能”。功能医学不治疗疾病，只是帮助你恢复身体正常生理机能，提高自愈能力。
公元400年，古希腊医圣希波克拉底说：“病人的本能就是病人的医生（the instinct of patient is just his doctor）”，“病人最好的医生是自己（the best doctor of patient is himself）”，他强调了人体自身的力量。现代医学研究表明，人体具有免疫系统、神经系统和内分泌系统等自愈系统。人类生命就是靠这种自然自愈力，才得以在千变万化的大自然中得以生存和繁衍。当人体的这种自然自愈力下降时，就出现了疾病和衰老，所以增加人体自然自愈力是修复疾病的关键。自愈力如同大树的根，根壮叶就茂。只要树根强壮了，全树冠所有枯黄的叶子都会一齐变绿。自愈力增强了，全身所有的病都会一齐得到治疗，而自愈力的修复是一个长期的过程，如这棵功能医学之树。
人的健康状态是遗传而来的适应能力（基因）和我们所处的生存环境之间相互作用的结果。改变基因的方式，是改变它生存的生物环境及基因的表达，或者通过增加和去甲基化改变基因的活动方式。错误的甲基化是由自由基造成损害过大而身体抗氧化系统不足，从而产生过大的氧化压力造成的损害引起的。这些分子在身体里不断地产生，与此同时，在恶劣的环境下产生的分子也在增加，如阳光照射、污染、重金属、辐射、油炸食品、不合理饮食以及吸烟等。
加州大学伯克利分校的遗传学者布鲁斯·阿米斯说：“到我们老的时候，会发现每个细胞有上百万个氧化病变，作为对抗手段，我们的身体会产生抗氧化物来对抗氧化引起的损害。当然，我们也可以从食物中获得。”我们在临床大量的氧化压力检测（图3、图4）和抗氧化维生素检测评估中，绝大部分存在氧化压力过大，抗氧化能力下降及抗氧化维生素的不足，从而导致各类症状的产生、体检指标的阳性比如铁蛋白、尿酸高及氧化物和抗氧化物之间的不平衡，会扰乱甲基化反应的过程，而促发癌症。
功能医学认为核心生理过程失衡是是致病的关键。功能医学思维模式包括一个中心、两个核心、五个引起疾病的环境因素，七个生理失衡。一个中心即功能医学整体系统的思维以人为中心而不是以疾病为中心。我们经常强调的两个核心是指身体里该有的没有——满足身体生理平衡需要的营养的物质包括阳光、水分、充足的睡眠等都没有；另一个核心是指不该有的太多，比如一些毒素，过敏的食物，微生物的感染，还有不健康的饮食，不该有的压力等，这些每天在身体里与机体相互作用，必将导致生理失衡。五个引起疾病的环境因素指毒素、过敏源、微生物、不健康的饮食包括生活方式、压力等，作用在机体导致代谢失衡从而改变基因表达，最终导致疾病。七个生理失衡是指同化作用、防御与修复、细胞能量代谢、肝脏生物转化、神经递质、激素进行行的信息的交换、沟通及运输、结构完整性七大系统失衡。
失衡是如何发生的呢？众所周知，环境和行为会以各种方式对人体送出讯息——透过饮食、周遭环境（空气、住居、地貌）、运动或不运动、压力或创伤——而讯息再经过个体特有的代谢及基因特质进一歩处理。这一连串互动中，可能有某一环节发生故障。由于你的身体代谢随时都在针对互动产生的外来讯息做出反应，不断把讯息转译成细胞指令，那么某一特定讯息绝对可能产生某种特定反应，结果扰乱了某个核心生理过程的平衡。外部和内部之间，也就是体外的周遭世界和体内的基因特质之间，也不无可能出现矛盾。这样的失衡会引发健康不佳的症状或疾病。人体七种生理过程会影响所有的组织、器官系统，而失衡正是大部份慢性病的根本原因。它们是我们之所以生病的核心关键。
找出并改善失衡、查找不稳定因素是关键。把身体当成一个系统，我们可以很明显地了解保持健康的方式，即集中精力改变导致疾病的环境，这就像开车后太猛而油不充足，如果你不加油也不小心驾驶，那么一定要去医院大修。因此，功能医学的目的是找出不稳定因素到底在身体生态系统的哪个部位，甚至结合自己独有的基因特性，指导你需要什么饮食和生活方式上做什么调整，以便很快恢复身体平衡并治愈疾病。
功学采用最新生物医学发现，将这些科学新知与技术与现代最迫切的健康问题——慢性病——互相结合，在个体独特基因结构与其生活方式、环境和饮食的互动关系之下，寻找慢性病的根本原因。观察整个人的生理网络，寻找任何基因表现被环境因子影响的地方。他们的目标是找到失衡状态——可能存在单一系统的多个元素之间，或多个系统之间。
功能医学使病患与医疗从业人员共同思考一套量身订做的健康管理计划，结合药剂学（如有必要）与病患的环境、饮食与生活方式改变—— 不只为病患缓解症状，而是实现个人基因完整的生命潜能。你得设计一套个人化疗程，才能排除身体健康问题，功能医学不只是改善饮食、多多运动、管理压力，或减少接触环境毒素等等有益健康的基础工作。最重要的是，功能医学就是有益健康的科学，实现个体独有的基因潜力，疾病消失只不过是副作用而已。
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