奥俄联军在奥斯特里茨战败之后，欧洲大陆暂时沉寂下来，但是在水下仍然是暗流涌动。在上次的战役中，拿破仑之所以急于使普鲁士保持中立，是因为十五万普鲁士大军一旦加入奥俄联军的行列，势必使他面临一种十分严峻的局面。而且法军贝尔纳多特元帅在进军多瑙河期间，未经允许即穿越了普鲁士的安斯巴赫公国，曾使普鲁士当局甚为愤慨，几乎导致普鲁士参战，最终由于拿破仑贿以汉诺威才勉强无事。但是在战争之后拿破仑要求把安斯巴赫交给巴伐利亚作为割让汉诺威的补偿，这就加剧了柏林的反法情绪。
而英法的关系因英国辉格党政府上台，紧张的关系略有缓和，但和平谈判仍因荷兰和西西里等殖民地问题而毫无结果。
而在法国对俄奥和平条约签订之后，法国在南德意志制造了一连串的法国卫星国，同时未与普鲁士商议，还组成了一个依附于拿破仑的莱茵邦联，同时法国军队也未退出德意志，军事供养由德意志西南部供养，因此普鲁士的主战派占了上风，力主对法作战，以捍卫普鲁士的利益。
而拿破仑手下人的小细节则直接激怒了普鲁士人。1806年的7月，缪拉亲王毫无策略头脑地把韦尔顿的普鲁士驻军赶出了他新近获得的大公国。另外在与伦敦的辉格党政府和平谈判时，拿破仑又空前狡诈地提出将汉诺威归还给英国，尽管在此以前，他已将该地割让给了普鲁士。这种口是心非，两面三刀的做法在7月底传到普鲁士政府的耳朵里，于是双方就势在必战了。
1806年9月，普军及其盟友萨克森集结了三个集团军，吕歇尔军(三个师)，二万五千人，在艾森纳赫；不伦瑞克军团(六个师)，五万八千人，在哥达-埃尔富尔；霍恩洛厄军团(五个师)，四万七千人，耶拿-萨尔费尔德；共十三万人。
9月5日，破仑收到了普军正向其南部边界移动的情报，于是立即征召1806年度的五万新兵和三万后备军。同时在9月19日，下达了在10月之前完成集结十个军近二十万人的命令。10月3日，法军完成部署，苏尔特的第四军，内伊的第六军和巴伐利亚军在拜罗伊特-慕赫贝格-霍夫一线；贝尔纳多特的第一军，达武的第三军，近卫军在班贝格-克罗纳赫-洛本施泰因一线。拉纳的第五军，奥热罗的第七军在施魏因富特-柯堡-诺伊施塔特一线。
法军集结后向柏林方向进军，而普军则南南德意志地区进军，法军的目标是普军的左翼。
10月10日，普军的左路与以拉纳为前卫的法军左路纵队遭遇，结果这支由普军和萨军参半的十个步兵营和十个骑兵中队组成的部队被彻底击败，年轻的路易亲王阵亡。初战败北的消息在不伦瑞克的司令部里引起极大的惊慌。他意识到自己犯了错误，因而向维尔茨堡推进，正好把自己的左翼和后部暴露在拿破仑的优势兵力之下，于是他决定立即退至马格德堡和易北河谷以掩护其与柏林的交通线。在右翼的吕歇尔军奉命退至魏玛，军团的大部分兵力定于11日在此集中，同时霍恩洛厄奉命将其兵力集结于耶拿以西的高原上以保护其左翼。但这又是一个大错误，因为理应命令霍恩洛厄不惜一切代价守住萨勒河上的渡口。
10月11日，以苏尔特的第四军为先导的法军右路纵队到达普劳恩；以贝尔纳多特的第一军为前锋的中路纵队进抵奥马以北；而左路纵队的拉纳第五军也进入萨尔费尔德。9日晚，苏尔特送回的情报称敌军正从普劳恩向格拉撤退，这一报告使拿破仑误以为普军主力正在该地集中，并准备会战。但此后不久，缪拉报告说，他的骑兵已通过格拉，发现该地未被占领，萨克森军似乎已向西经由罗达撤往耶拿。此时，贝尔纳多特的第一军也到达格拉，而拉纳的第五军则从萨尔费尔德进至诺伊斯塔特，随后而至的还有奥热罗的第七军。拿破仑此时已将各军成功地集中起来了，但对于敌之部署却仍一无所知。
此后，拿破仑接到了达武在头一天晚上发出的一份重要的情况汇报，说他已占领了瑙姆堡，从战俘和逃兵的供词中确知普鲁士国王已于11日到达魏玛，其兵力集中在爱尔福特和魏玛之间，瑙姆堡和莱比锡之间没有敌军。这个报告使拿破仑进一步确信普军已全部就范，他决定立即实施包围行动，以其右翼切断敌军通往易北河的退路。
10月13日夜间至14日凌晨，大雾笼罩着萨勒河谷及其以西的高原。对于法军而言，这真是幸运之至。因为内伊、苏尔特和奥热罗通宵都在沿狭窄、蜿蜒的小道从耶拿奋力往高原上调动兵力。在把大炮拉上山顶的过程中，他们历尽艰险，拿破仑本人午夜时亲临现场进行监督。
拂晓时，拉纳的第五军和跟在他后面的近卫军向前推进，清除了克罗维茨和鲁茨罗达两村中的萨克森部队。霍恩洛厄于是将其余部和吕歇尔军从卡皮仑多夫调了上来，在高原上集结了约四万七千人。他依靠这些兵力攻占了依塞尔斯塔特和维尔柴恩-海里根之间的另一道山脊，激战随即爆发。苏尔特(第四军)在右翼展开，奥热罗(第七军)在左翼展开，法军从普军战线的两端同时进行包抄。拿破仑现已集中了七万五千人对付霍恩洛厄的四万七千人，并亲自指挥作战。普军作战虽然顽强，但动作迟缓僵硬，法军步兵在机动性和主动性方面都远胜普军一筹。法军炮兵的运用也较普军有效，与步兵的协同也较普军密切。到下午时间过去一半时，普军已溃不成军，缪拉的骑兵于是跟踪追击，直扑魏玛和爱尔福特。拿破仑以为他已击败了整个普军，但他错了，他只不过粉碎了担任不伦瑞克军团侧卫的霍恩洛厄部而已。
由于普军在萨尔费尔德和施莱茨受挫，现在又受到法军右翼向格拉和瑙姆堡迂回前进的威胁，普鲁士国王和不伦瑞克公爵决定经梅泽堡和哈雷退回交通线。10月14日清晨，普军继续通过埃卡茨贝加和奥尔施泰特向瑙姆堡撤退。其前卫由施米图师和布吕歇尔的骑兵师组成。当晓雾升起时，普军前卫在奥尔施泰特东北四英里的哈森豪森村附近撞上了一支法军纵队的先头部队，随即爆发一场激战。原来，他们碰上了达武(第三军)的前卫。普军随之发动冲锋，而法军纵队则组成方阵自卫，达武赶紧将后面的两个师调了上来，部署在哈森豪森和奥尔施泰特之间，战斗遂全面展开。在这关键时刻，不伦瑞克公爵赶到了。他立即派沃腾斯勒本和奥林奇亲王两个师增援施米图和布吕歇尔，这样普军便以其主力与达武一个军会战。然而，这位公爵却头部中弹倒下，施米图也同时阵亡。普王到达后指挥冲锋，但普军阵脚已乱。达武把火炮架在松纳贝格山山脊上对着奥尔施泰特谷地纵射，普军增援纵队像刈草一样纷纷倒下。于是，普王下令退往魏玛，但这样做反而增加了混乱，因为其撤退的队伍碰上了从耶拿战场败下阵来的几千名逃兵，他们正遭到缪拉骑兵的追杀。法军一直追击到很晚才收兵。
耶拿和奥尔施泰特的两次大捷使普鲁士陆军作为一个战斗实体受到了致命的打击。这两次大捷的战利品是非常可观的，法军俘获普军二万五千人，野炮二百门，军旗六十面。
分析普军失败的原因，最重要的是普军指挥官的无能。首先在战略上，普军将左翼和后方交通线都暴露在萨勒河谷和萨克森边境之间拿破仑所实施的迂回行动之下；其次在战术上，他们忽略了扼守萨勒河在耶拿和瑙姆堡之间的各个渡口。
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