1932年3月，國民黨內部模仿法西斯理論，以蔣介石為首成立了一個核心組織，即復興社（俗稱藍衣社，對內稱力行社）。在這個組織裡面，以原國民黨軍事委員密查組的基礎上，成立復興社特務處。
復興社時期
1932年4月，復興社特務處設上海區，首任區長翁光輝。
1937年，上海特區區長周偉龍，下轄南市、法租界、公共租界、閘北4個情報組和1個行動組，發展一批有公開職業的人充當直屬通訊員（情報及行動人員），進行暗殺、綁架等恐怖活動。上海特區還控制淞滬警備司令部偵察大隊。京滬杭鐵路警察署、上海市公安局警士教練所、招商局警衛稽查室，並打入公共租界和法租界警務處。
軍統元老周偉龍
抗戰期間軍統局時期（其中，復興社特務處經過了1937年編入大軍統二處，1938年單獨成立軍統局）
1937年11月，上海滄陷後，周偉龍充當青浦組訓別動部隊總指揮，由朱嘯谷代理上海特區區長。不久，王天木為區長。
王天木
1939年秋，王天木投靠日偽特務機關，軍統局又派陳恭澍接任滬一區區長，書記王一心，重建地下特工組織，並設滬二區，區長趙理君。
1940年，趙理君暴露返回重慶，戴笠重新任命二區區長姜紹謨，書記陳祖康。
1941年冬，陳恭澍澍投靠汪偽特工總部後，軍統局又成立上海實驗區，王一心為區長。
陳恭澍所著回憶錄，材料真實性需要提煉和其他材料橫向對比
1942年春，姜紹謨因滬二區活動被‘76’號偵知，被迫返回重慶。陳祖康接任滬二區區長，並堅持到抗戰勝利。
原中共福建臨委書記，聲明脫黨後被開除。陳祖康
當時，軍統局在滬的潛伏組織和人員還有：
京滬區區長程克祥、副區長彭壽。
忠救軍指揮部調查室主任劉方雄。
上海工運直屬站站長季仲鵬、副站長陸京士。
上海著名青幫分子，軍統及青幫工運首腦，杜月笙學生陸京士
東南特區區長毛森（局本部直屬上海特別行動隊）等。
另還有在上海孤島時期，由軍統直接掌握指揮的上海敵後工作統一委員會，負責人吳開先。軍統策反委員會，負責人文強（兼忠義救國軍上海辦事處處長）。
原中共川東特委書記，開除出黨。文強
1945年5月，錢大鈞兼任軍統局局長，戴笠依舊為副局長（實際負責人）。軍統局指定陳一心負責整頓在上海的軍統組織，並建立新的上海特區。
在抗戰中，軍統在上海的行動人員中，有傑出貢獻的，陳默，劉戈青等人。
劉戈青
抗戰勝利，軍統局上海辦事處1945年9月8日，軍統局上海辦事處成立，地址在杜美路（今東湖路）70號。
原杜美路70號，今東湖賓館
1945年9月10日，戴笠在上海辦事處成立會上宣稱為“中美合作所上海辦事處”。主任戴笠，副主任梅樂斯（美軍），參謀長
李崇詩。1946年3月17日，戴笠死，梅樂斯離去，主任李崇詩，副主任龔仙舫、王新衡、毛森。
下設：秘書主任、人事組、會計組、總務組、電訊組、經濟組、行動組、軍事組、情報組、督察組、司法組，以及漢奸案件審查委員會、漢奸財產清理委員會。
莫斯科中山大學同學王新衡（左），蔣經國（右）
1945年9月10日，戴笠決定，將上海直屬站、滬郊指揮站、忠救軍指揮部調查室、東亞政治經濟研究所、汪偽中央稅警團政訓處，以及軍統在其他上海有關機關合併成立軍統局上海特區，區長王新衡，副區長劉方雄。
同時，根據‘公開掩護秘密，秘密運用公開’的軍統作業原則。在上海市政府內設立調查處，掩護上海特區活動，王新衡、劉方雄任正副處長。
下設：情報編審科、總務科，第一、第二、第三、第四站，京滬、滬杭兩路特別站，直屬第一、第二、第三、第四組、偵查組、學運組、工運組、國際組、浦東組、蘇州組、松江組。
保密局時期
1946年7月，軍統局改組為國防部保密局。
1946年10月，軍統局上海特區改組為保密局上海站，站長王新衡，副站長劉方雄、王方南。
1948年春，站長劉方雄。
1949年初，站長王方南，副站長王仲青。
下設3個科、11個直屬組。
原保密局上海辦事處，今上海南陽路145號
1949年3月初，保密局局長毛人風、行動處處長葉翔之在上海南陽路145號設立保密局上海辦事處，主任葉翔之，下設7個處，以及佈置組、督察室。
葉翔之
保密局上海站劃分為一、二兩站，第一站站長王方南，以市政府調查處為站部，由站內勤單位和三、四、六、工運、學運、偵防等6個外勤組組成。
1949年3月底，這些特工相繼潛逃，至5月中旬，機關上班人員所剩幾人而已。
第二站站長王仲青，由一、二、五外勤組組成秘密站，地址
長樂路南華新村21號。1949年年4月19日，兩站又合併，站長王方南，副站長王仲青。
今長樂路南華新村
另還有歸屬軍統系統的上海單位：
1.淞滬警備司令部稽查處
1945年9月1日成立，地址在東江灣路1號。淞滬警備司令部稽查處處長程一鳴，兼軍統局上海辦事處行動組長，下設秘書室、督察室、情報科、行動科、總務科、電訊監察科、外事組，以及滬東、滬南、滬西、滬北、江灣、浦東、水上7個稽查所和偵防大隊、巡查隊。
原日本佔領軍海軍陸戰隊司令部，東江灣路一號
1946年6月，陶一珊任稽查處處長，鄭重為任副處長。撤銷7個稽查所和偵防大隊、巡查隊，成立9個稽查大隊，另設社偵組、工運組、經濟組。後又成立公訓同學會、義務稽查大隊、機動車隊、保衛團幹訓班等外圍組織。
1948年2月，鄭重為任稽查處處長，張揚明任副處長。
撤銷督察室，內勤改為情報、經濟、行動3科和軍事、政治、社會3組。另有經濟組直屬經濟科指揮。
外勤撤銷稽查大隊，改設警備大隊，下轄3個警備部。增設甲室，直接對保密局行文。
原中美合作所第三組少將組長何慶龍
1948年7月，何龍慶任稽查處處長，向友楠任副處長。恢復督察室，撤銷甲室，另設特偵組，內勤3個科不變。後撤銷警備大隊，恢復稽查大隊，編為6個大隊；撤銷軍事、政治、經濟、社會組。另成立水上、車站、航空3個檢查所和郵電檢查組。
1949年4月，黃加持任稽查處處長，向友楠任副處長。5月中旬，該處人員潛逃。
2.淞滬警備司令部第二處
1946年7月1日，軍統縮編後，一批編余特務轉到淞滬警備司令部第二處，主管軍事諜報。處長魏毅生。
下設2個科，管轄松江、崇明、南匯、寶山4個諜報組，以及上海、蘇州、南翔、嘉定、南匯、松江、嘉興、青浦、周浦、海鹽、高橋、崑山、奉賢等13個組臺。
此外還設有國防部二廳直屬上海僑防組。
3.保密局上海國際情報站
1945年9月，毛森任湯恩伯第三方面軍第二處處長兼軍統局東南特區區長，建立上海國際情報站，站長鄭庭顯；蘇南站站長朱崇文。1947年1月，軍統局東南特區撤銷，改組為保密局江蘇站，設於上海梵皇渡路（今萬航渡路）76號。上海國際情報站隸屬江蘇站。
1948年2月，毛森任總統府軍務局專員兼第五科科長，保密局將上海國際情報站改編為保密局直屬甲級站，歸毛森管轄，下設3個情報組。
1949年3月，毛森任上海市警察局局長，將上海國際情報站骨幹大部轉入警察局活動。同年5月中旬該組織瓦解。
毛森
4.憲兵司令部警務處特高第六組
1945年9月，上海駐有一個憲兵團，設立上海憲兵司令部，其中特設特高第六組，組長曾建人。
下轄：內勤、外事、調查和浦東、虹口等5個組。先後發展一批通訊員，其中，有白俄和日本人。主要蒐集黨派、外僑、工廠、學校、社會情報。
綜上，便是軍統在上海的組織大概脈絡。。。
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