清朝在康熙帝即位時，漠南蒙古已歸屬清朝，漠北蒙古表示恭順，唯有西北地區準噶爾還未對清朝表示順從。康熙帝親政後，忙於整頓朝政，康熙八年擒權臣鰲拜，隨後又發生了“三藩之亂”，接著吳三桂舊部陝西提督王輔臣又叛，西北局勢動盪不安，於是對遙遠的準噶爾無暇顧及。
但準噶爾自噶爾丹稱汗以來，勢力不斷擴大起來並不斷東進擴張，於是康熙被迫三次御駕親征噶爾丹。而噶爾丹在烏蘭布通戰敗逃脫後，勢力就開始逆轉而下。到了康熙三十五年(1696年)五月的昭莫多之戰中，噶爾丹再次戰敗，最後只帶了幾十名騎兵脫逃。
噶爾丹逃離戰場後，失去了國土，就在噶爾丹侵入漠北喀爾喀之際，準噶爾的根據地被策妄阿喇布坦統治，康熙帝與策妄喇布坦聯絡，要求其協助抓捕噶爾丹，並率兵至阿爾泰把守。此外，康熙封鎖了噶爾丹往青海、西藏去的道路，還採取了強大的政治攻勢，招降噶爾丹部眾。到處宣傳，降者按人口賞給牛羊、米麵、茶葉、銀兩、衣服、鋪蓋、蒙古包等一切必須的生產、生活資料，安插在氣候溼潤、牧草繁茂的張家口外察哈爾牧地。對於被生擒的人，不令他們為奴，而是用銀贖出，開戶為民，使他們和家人儘可能團聚。對於歸順的貴族，分別授予二至七品官，一、二、三等侍衛。受傷後被俘的給予治療，其中父母妻子在噶爾丹處的，傷愈後賜給糧馬，准許返回敵營與骨肉團聚。康熙皇帝還諭令蒙古文書300道，廣泛散發，並不斷派出使節，以優厚條件招降噶爾丹，噶爾丹的殘餘部眾紛紛南下降附。
此時的噶爾丹因此被孤立，前後都有敵人，遂“居於孔圭濟達渾，耕於烏闌昆，稍有駝馬，絕無牛羊，掘土中所產物以食，下人散亡略盡，又極飢窘”，可謂是困敝已極。
噶爾丹目前的這境地按理說康熙應該鬆一口氣了，但是康熙三十六年(1697年)正月，康熙帝在擒獲噶爾丹之子後，居然宣佈要再次御駕親征剿滅噶爾丹。此時的噶爾丹已屬於“潦倒”之人，用得著康熙再次御駕親征嗎？這到底是為什麼呢？
噶爾丹，號博碩克圖汗，為巴圖爾琿臺吉第六子、僧格之胞弟。他的母親夢見一印度僧人入懷而有孕，出生時“金山時時有五彩雲氣。”“生而神異”，“稍長，喜奉釋氏。有大志，好立奇功，父母深愛之，欲立為黃太吉”，後“獨身往烏思藏”。
噶爾丹這一神奇出身皆是後人杜撰，不過來源卻是因其作為精神領袖，對宗教的影響力。因在《五世達賴喇嘛傳》中，噶爾丹是以“溫薩活佛”的名稱出現，並被列於汗、王、琿臺吉、臺吉之首。而且，噶爾丹在拉薩還有自己的“溫薩寺”，並通過佈施獲得可觀的財產。這一切都是得益於達賴喇嘛的庇護和培養。噶爾丹在西藏學經十年，一邊潛心學習佛學，一邊刻苦修煉佛教武功。由於他對達賴喇嘛的政教事業極為虔誠，學有所成，因而頗受五世達賴賞識。因此，噶爾丹在準噶爾人的心目中被尊有“神”的地位。
而噶爾丹也正是因為其具有的“神”位，並依靠自己超人的膽略、卓越的軍事才華，尤其是西藏僧俗勢力的支持，僅用數年時間便以武力吞併了各部蒙古的大片領地，使準噶爾汗國的勢力不斷擴張。
尤其是在與清朝幾次戰敗後，噶爾丹也因為西藏的宗教勢力支持，得以憑藉數十人迅速逃脫，並能迅速集結出數量之眾的武裝力量，使得康熙御駕親征數次不得擒之，成為康熙的心病。耶穌會傳教士張誠這樣評價噶爾丹：“他們一位名叫噶爾丹博碩克圖汗(caldan Pojoctouhan)的末代帝王在把這個偉大民族所有的餘部統一到他的權力之下後，便進而摧毀了甚至在我們的年代裡也是強大的喀爾喀帝國，他同樣也不怕親自對中國皇帝宣戰。他的目的無非要征服那個帝國，要不是他的侄兒率領他的絕大部分隊伍背叛了他，或者，他遇到的是一位不象康熙皇帝那麼智勇雙全的君王，說不定他的企圖就會得逞。”
因此，在蒙古、西藏那片對宗教信仰很痴迷的土地上，達賴喇嘛之徒遍西域，有噶爾丹這樣巨大宗教影響力的“神”的存在，那怕只剩下噶爾丹一人，對於清王朝來說，也具有千軍萬馬的威脅。噶爾丹一日不除，或者是不親眼見噶爾丹被剿滅，康熙都是寢食難安。
康熙三十六年二月，康熙帝不顧朝臣反對，堅持御駕親征，啟程通過大同，沿長城抵達寧夏，他說：“噶爾丹窮迫已極，宜乘此際速行剿滅，斷不可緩。朕今親臨寧夏，相度機宜。”“克成大事，正在此舉。”三月初，康熙帝抵寧夏，察知噶爾丹在薩克薩特呼裡克，遂遣使招降，並將大將軍費揚古奉詔發兵之事告諭策旺阿拉布坦。
但康熙御駕親征剿滅噶爾丹最終還是失敗了，因為正在此時，噶爾丹病死在阿察阿穆塔臺。乘興而來的康熙，還是未能實現親自剿滅噶爾丹的夙願，只得敗興班師回京，這對於康熙來說不能不說是一大憾事。
噶爾丹死後，丹濟拉帶著噶爾丹骨灰和噶爾丹的女兒鍾齊海前往西藏以交給達賴喇嘛，途中被策妄阿喇布坦的軍隊劫獲。為了彌補憾事，並防止噶爾丹的骨灰仍繼續作祟，康熙不惜“開罪”策妄阿喇布坦，多次要求其交出噶爾丹的骨灰，但策妄阿喇布坦卻拒不交出，康熙終是未能遂願。
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