燕王已經營北平多年，手下燕軍已經是帝國戰鬥力最強的軍隊。在燕王的攻擊下，北平周圍中央軍的迅速潰敗也就不難理解。而且，因為燕王的人脈熟絡，還有不少中央軍投降燕軍，進一步增大了燕軍的實力。
燕王既然要謀反了，總要找一個謀反的理由吧。其實理由很好找，翻翻史書就知道了。對於燕王其實不需要翻史書，翻翻《明皇祖訓》就知道了。朱元璋為了防止後世子孫變質，專門刊印了《明皇祖訓》。世人都喜歡搞些表面文章，朱元璋也不例外。在《明皇祖訓》中記載了這樣一條，如果朝中出現奸佞，各地藩王有權力帶兵進京勤王。朱元璋封王除了戍邊外，也是為了防止江山變色。可這條記錄卻給朱棣的謀反提供了藉口，而且還是合法的藉口。的確，朱元璋在世的話也會支持朱棣這樣做。黃子澄、齊泰的做法已經超出了一個人臣的本分。建文剛即位，大明皇族便已是刀光劍影。這雖然出自建文帝的聖裁，但齊泰、黃子澄的推波助瀾也不無作用。
建文元年七月，朱棣打起了“靖難”的大旗，併發布對建文本人和黃子澄、齊泰一系列的指責。這些指責在當時看起來似乎比黃齊的削藩和方孝孺的周禮更能爭取人心。的確，從那個時期起，人心便已開始微妙的向燕王轉移。
為了平叛，建文啟用了老將耿炳文。建文為什麼要用耿炳文？因為建文的姐姐嫁給了耿炳文的兒子。建文帝將平叛權交給耿炳文後便接著跟方孝孺鼓搗復古改制了。對於建文來說，燕王造反也許是好事，因為他也可以名正言順地處理燕王了。
耿炳文的失敗是必然的。雙方在北平附近進行了一場主力會戰。耿炳文失敗後，在黃子澄的推薦下，建文啟用了李景隆接替耿炳文指揮。李景隆從山東德州揮師進攻北平。而此時大明遼東軍開始破關南下，攻打永平府。永平是個非常重要的地方，是北平的東門戶。一旦永平被攻下，遼東兵就可以隨時攻打北平。此時的形勢對於朱棣來說已是危如累卵，南邊有李景隆的幾十萬大軍，東邊有已經破關的遼東軍，朱棣陷入夾擊之中。此刻正是朱棣一生中最黑暗的時候。朱棣很快冷靜了下來。他知道對付李景隆的大軍最好的辦法是拖，而已經入關的遼東兵才是最大的威脅。朱棣將一部分軍隊留下守城，自己帶著精銳去驅趕遼東軍。為了提高防守的效率，朱棣撤除了北平城外一切守軍，集中力量防守北平，並把守城的任務交給了長子朱高熾，自己帶著次子出發。朱棣的這一防守策略十分正確。可惜200多年後的人們不明白這個道理。
朱棣的心裡也沒有底，但他只能這麼辦。他寄希望於兒子朱高熾能夠守住北平。歷史總是驚人的相似，朱高熾守北平的局勢跟當年的朱文正守洪都的局勢如出一轍。無論朱棣如何的心亂如麻，此刻的他只有冷靜下來穩紮穩打。朱棣迅速擊退了南下的遼東兵。這時候北平的攻防戰打得正激烈。當朱棣得知他的兒子對北平嚴防死守，朱棣又做出一個大膽的決定。他帶著軍隊往北奔襲至關外的大寧，收繳寧王朱權的軍隊。那裡有精銳的朵顏部蒙古騎兵。
朱棣帶著寧王的軍隊輕而易舉地擊潰了已經攻城三個星期的李景隆大軍。此時的朱棣已經有了完全可以對抗朝廷的本錢。
李景隆兵敗後退回了德州。雙方歇息了近半年。建文二年四月，李景隆率30萬軍隊再次北上。護國軍和朱棣的10萬叛軍在白溝河展開了最大規模的一場主力會戰。李景隆再次敗北，退到德州。這次朱棣開始了窮追不捨。李景隆退到濟南，朱棣又追到濟南。在濟南朱棣遇到了真正的對手—都指揮使盛庸和布政使鐵鉉。朱棣圍城三月而不破。這是一種奇怪的現象。為什麼奇怪？因為對於朱棣這樣一個反叛者，明帝國竟然沒有增派軍隊來圍剿。這也就說明朱允炆能控制的資源其實就是濟南城的守軍。朱棣越打越膽寒。這時候他做出了一個愚蠢的舉動，退回了北平。
朱允炆立即任命盛庸為平燕將軍，總督平叛兵馬。盛庸隨即跟朱棣大戰於東昌，朱棣再次戰敗。從建文元年七月朱棣起兵以來，一直到建文三年底，朱棣一直在北平附近晃悠，打不開局面。朱棣本來的策略是穩紮穩打，拿下山東後，再南下安徽攻取南京。可幾年下來，朱棣明白如果繼續這樣搞下去，不僅濟南打不下來，就是德州也拿不下來。而一旦建文醒悟過來，徵調各地人馬圍剿，自己將死無葬身之地。如今只有一個辦法，那就是越過山東，直取南京。
朱棣在賭，他賭的就是帝國的軍隊不插手這件事。朱棣在三年的戰爭中已經捕捉到了這一點，所以他才敢這樣做。
從建文四年（1402年）正月起，朱棣率領不足10萬的人馬開始從北平出發，繞過德州渡過黃河進入徐州。駐紮在山東境內的中央軍得知消息後，開始在後追趕。雙方在安徽境內大戰一場，中央軍失利。接著，燕軍攻破淮河上的盛庸防線，強渡淮河，進入南方，接著攻下揚州，抵達浦口。此時盛庸的水軍正在長江上佈置防線跟燕軍對峙。
很不妙的是盛庸手下的都督僉事陳瑄叛投燕王，保衛南京的最後一條防線不攻而破。此時南京城內有兩種不同的聲音，黃子澄和齊泰力主守城，李景隆和兵部尚書茹瑺力主談判。已經到了這個時候還怎麼可能談判呢？
最終李景隆打開了城門，迎接燕王入城。李景隆為什麼要打開城門？因為沒有辦法，此時各地的兵馬已經不願意拱衛南京，建文只好在南京附近招募義兵守衛南京。這些毫無作戰經驗的新兵如何能夠守衛南京？
就這樣，朱棣進入南京承繼大統。
當朱棣進入南京城後看見的是熊熊大火。建文皇帝的結局究竟如何已經不再重要。明朝的文官們試圖改造中樞的努力只能是以失敗而告終。明王朝的政治特點在一定程度上重回洪武之治的軌道。
建文帝失敗的原因不是由於朱棣多麼睿智，也不是由於燕軍戰鬥力多麼強，而是由於建文帝手中掌握的資源太少，無人願意幫助平叛。雖然李景隆、盛庸帶兵平叛，但他們更多的是出於道義上的幫助，真正對建文忠心耿耿的大約便是那幫文臣。
從持續四年的內戰可以看出，建文能夠調動的也就是李景隆和後來盛庸率領的那支軍隊。當朱棣的一支孤軍從北平南下的時候，竟然沒有一支勤王之師前來攔截。這就說明這些將領都在隔岸觀火。
所以削藩先削誰，後削誰已經不重要了，復古不復古已經不重要了，井田制究竟要不要恢復也不重要了，重要的是對於一個繼任者來說如何快速地掌握兵權，讓各地的駐軍統帥忠於自己。而建文一系列的政策失誤最終葬送了自己。
建文的削藩跟景帝的削藩有異曲同工之處，都是在形勢還不成熟的情況下受到文臣的蠱惑。但景帝手中掌握的資源要比建文多得多。景帝有梁王做屏藩，有周亞夫、李廣等平叛大將。而且建文跟景帝在削藩前後的態度也驚人的相似，先是銳意削之，待天下突變又優柔寡斷。可以說這兩位皇帝時而積極、時而消極。
封藩跟儒家的禮治是相牴觸的。儒家奉行干涉主義，主張通過維護君主的權威來實現干涉主義。而藩王制度恰恰影響到了儒家的干涉主義。這也是漢明兩代儒臣皆力主削藩的原因。
“夫抱火厝之積薪之下而寢其上，火未及燃，因謂之安，方今之勢，何以異此。” 賈誼的《治安策》深刻論述了這種盛世下由於藩王制度而潛伏的末日危機。
不光如此，蘇軾也針對削藩問題發表了一番議論。蘇軾在《晁錯論》的開篇提到世上最難辦的事情是表面上一片太平，暗地裡卻埋藏著隱患，實際上就是指封藩。接下來蘇軾指出，要想成功的削藩必須具備三個前提條件：第一，要把削藩這件事情搞清楚，也就是要對敵我雙方的力量進行科學評價，要清楚削藩的後果；第二，一旦由於削藩而帶來了後果，就不要害怕；第三，削藩要講究循序漸進。蘇軾在提出這三個條件的基礎上也點明漢代的晁錯是不適合做這件事情的人。
建文皇帝在沒有掌握軍權的情況下過急過快的削藩，是建文皇帝失敗的根本原因。無論你承認不承認，朱棣的造反是被建文皇帝所逼迫。造成此種局面的責任在建文而不在朱棣。雖然建文皇帝失敗了，但建文皇帝的仁政、禮治在明初的政壇上留下一抹餘暉。這對朱棣日後的施政也產生了深遠的影響。
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