昌都市古稱“康”或“客木”。唐代，昌都地區為吐蕃王國的一部分，明清以後統稱此地為康藏地區，原西藏政府稱它為“朵康木”地區，現為西藏自治區所屬一個地級市。
昌都從來都是康區的中心，現今的昌都地區也是康巴人的主要分佈區。昌都在藏語中有兩河交匯之意，古稱“康”或“察木多”，唐代為吐蕃王朝的一部分。元、明時期，西藏昌都和四川甘孜一帶叫“朵甘思”地區，由中央王朝委任的大小部族頭人與寺廟的大喇嘛進行管理。這種格局一直持續到清朝，期間，蒙古王固始汗於明末滅白利土司後統治過昌都。清末，四川總督趙爾豐在昌都地區的一些地方實行改土歸流，一度將昌都劃歸川邊。民國時，昌都地區是西康省的一部分。簡概而言，昌都的大半部歷史其實就是土司與大呼圖克圖(大活佛)相交織而成的歷史。
昌都市坐落在群山懷中，它被稱作從四川和雲南入藏的門戶。昌都是藏語，其意為“水匯合處”。扎曲和昂曲在昌都相匯為瀾滄江。這也是昌都這一名稱的由來。
昌都古稱“康”或“客木”，以區別於衛、藏、阿里等地區。昌都具有悠久的歷史，1977年和1980年相繼發現的新石器時代遺址——昌都卡若遺址和昌都小恩達遺址表明，早在五千年以前，昌都就已有人類繁衍生息，並已形成了初級村落。當地的居民已開始種植易於生長的穀子，飼養適應性廣泛的家畜豬，同時也以狩獵狐、青羊、馬鹿等作為補充。昌都的察雅一帶是藏族史詩《格薩爾王》中《槳巴》所記述的格薩爾與“炯巴”人為爭奪食鹽而發生交戰的地區。按照藏族傳統的地理概念，這裡同時是“朵康六崗”中的察瓦崗，繫有名的產鹽之地。考古發現與實地調查，也可以發現不少當地居民傳說是“炯巴”人留下來的石牆、石階等建築遺址。
吐蕃時期（公元7－9世紀），昌都是著名的“東女國”和蘇毗王國的所在地。據《舊唐書》第一百九十七卷《南蠻西南蠻傳》 記載：“東女國，西羌之別稱，以西海中復有女國，故稱東女焉。俗以女為王。東與茂州、党項接，東南與雅州接，界隔羅女蠻及百狼夷。其境東西九日行，南北二十二行。有大小八十餘城，其王所居名康延川，中有弱水南流，用牛皮為船以渡。”我國著名藏學家任乃強先生考證也稱，今昌都一帶為東女國的政治、經濟、文化中心。今日在昌都還可以看到吐蕃東女國和蘇毗王國文化的痕跡。
公元13世紀，元朝將西藏歸於中國版圖後，在昌都和四川甘孜設置了朵甘思宣慰司都元帥府。
明朝時西藏佛教格魯派興起，其影響逐漸深入康區，在昌都形成若干呼圖克圖－－大活佛轉世系統。明朝政府在此設置了朵甘都指揮使司，委任各地的部落酋長和各大頭人與寺廟的大喇嘛管理。明（1368－1644年）末蒙古和碩特部固始汗白利土司後，昌都也受固始汗的統治。
昌都
清朝（1616－1911年）在這個地區封委了一些大活佛和土司各轄其地，受駐藏大臣和達賴喇嘛的管理。清朝還在昌都設立了糧站，委派糧臺、遊擊等文武官員駐守昌都，並從四川、雲南派有制兵130名駐紮昌都，傳遞諭旨奏摺，保護昌都寺大活佛和糧臺。清末趙爾豐在昌都地區的一些地方實行改土歸流，昌都地區改稱川邊。
民國（1912年）以後，是西康省的一部分。
1918年西藏地方政府將其改稱為朵麥地區，設立了“朵麥基巧”，劃昌都為25個宗。
1950年10月19日，成立了昌都地區人民解放委員會，並下設3個管轄區，即昌都解放委員會直轄13個宗、三十九族地區第一辦事處所轄10個宗和波密地區第二辦事處所轄3個宗及鹽井、察隅共28個宗，直屬中央人民政府政務院管轄。
1955年西藏藏族自治區籌備委員會成立後，昌都地區則劃規其管轄，1960年初設昌都地區行署。地區行署駐昌都鎮。
2014年10月，國務院批覆撤銷昌都地區和昌都縣，設立地級昌都市和卡若區，以原昌都地區的行政區域為昌都市的行政區域。
昌都地區在歷史上曾被稱作三十九族之地，格薩爾時期也頻繁地提及當時有18個大宗(相當於縣一級的行政劃分)，由此可見康區歷史上大小土司之多。這其中影響最大的是德格和林蔥土司。
德格土司是吐蕃名臣噶爾·祿東贊之後，據說至今(1950年)已傳至第53代。第30代時，受元朝帝師八思巴封賜為“四德十格之大夫”，“德格”即由此得名，並演化為其統領地之地名。德格土司勢力最盛時曾先後統領今四川之德格、石渠、白玉以及西藏江達、鄧柯(已撤)、青海玉樹等地，並自封為國，稱德格王。十七世紀初，德格土司被蒙古王固始汗封賜為“德格僧王”，正式成為政教首領。
林蔥土司歷史悠久，相傳早在公元六世紀時便已產生，至民主改革時已傳至第89代。傳說中的藏族英雄人物格薩爾據說是林蔥家族第45或第46代祖先，他建立了強大的嶺國，開創了林蔥土司最輝煌的時期，一度成為多康地區政治、軍事力量最強大的土王。林蔥土司屬地主要在德格、石渠、白玉等地，控制著昌都地區和青海省玉樹、黃河源一帶。當時的德格土司曾長期附屬於他。林蔥家族是在元代正式受詔朝廷成為土司的。明末清初，隨著德格土司勢力的增強，林蔥土司逐漸消弱。
德格、林蔥土司均大力扶持宗教，並且不分教派，所轄區域內寧瑪、薩迦、噶舉、格魯及苯波五教並存，大小寺院200餘座，僧尼三萬有餘。康區名寺更慶寺、八蚌寺、白玉寺、竹慶寺、協慶寺等均是在土司的大力扶持下建立的，薩欽哲仁波切、蔣貢康楚仁波切、秋吉林巴仁波切等名僧也活躍此間。除宗教外，土司還十分重視文化的扶持與傳播，著名的德格印經院便是在第12代德格土司時修建的。昌都地區的印經、醫學、歷算、手工藝及民間歌舞藝術等，在當時的藏區非常發達，影響範圍極廣。
呼圖克圖是一種尊號，即被中央王朝政權承認並註冊的大活佛。
帕巴拉呼圖克圖 帕巴拉是昌都地區最具權勢和名望的大活佛，他的主寺強巴林寺是1437年(明正統二年)由黃教僧人喜繞桑布建立的。帕巴拉活佛在清順治帝時曾受封博善禪師、諾門汗等名號，1719年(清康熙五十八年)又正式受封呼圖克圖尊號，受駐藏大臣和達賴喇嘛領導，直接管轄察木多(即昌都縣一帶)地方。帕巴拉制下的強巴林寺有屬寺50多座，遍及昌都、波密及邊壩等地，極盛時有喇嘛4500餘名。強巴林寺還有所謂二活佛、三活佛、四活佛等，領有世襲土地，實際都是帕巴拉的陪臣。
功德林呼圖克圖 功德林濟嚨呼圖克圖是清朝皇帝冊封的，八世達賴喇嘛時期由清朝委任為西藏噶廈政府攝政。1798年(清嘉慶三年)，八世達賴親政後，將八宿宗贈封功德林濟嚨呼圖克圖，實行自治管理。
羅登協繞呼圖克圖 民主改革前，察雅地方活佛世系已轉到第九世，名羅登協饒。這一活佛世系起於明朝，由噶舉派僧人扎巴江措開始，建有香堆寺等。1719年(清康熙五十八年)，其第四世羅桑朗傑被清朝封為呼圖克圖，統領察雅，有屬寺32座，均分佈於察雅，僧眾多時有3400餘名。
龐球呼圖克圖 白教著名聖者米拉日巴的徒弟桑吉溫於1277年建類烏齊寺，世襲寺主13代後改為轉世活佛，於第三世時受明朝嘉靖皇帝呼圖克圖封號，統領類烏齊。
以上寺廟都設有專門的行政管理機構，稱“拉讓”，官員有總管、大管家、宗本(相當於縣長)、甲本(相當於鄉長)等。土司和宗教勢力互為唇齒，如德格土司家族就有慣例，長子為僧，次子為俗，獨子則兼之。他們和各呼圖克圖之間有著千絲萬縷的聯繫。
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