昌都市古称“康”或“客木”。唐代，昌都地区为吐蕃王国的一部分，明清以后统称此地为康藏地区，原西藏政府称它为“朵康木”地区，现为西藏自治区所属一个地级市。
昌都从来都是康区的中心，现今的昌都地区也是康巴人的主要分布区。昌都在藏语中有两河交汇之意，古称“康”或“察木多”，唐代为吐蕃王朝的一部分。元、明时期，西藏昌都和四川甘孜一带叫“朵甘思”地区，由中央王朝委任的大小部族头人与寺庙的大喇嘛进行管理。这种格局一直持续到清朝，期间，蒙古王固始汗于明末灭白利土司后统治过昌都。清末，四川总督赵尔丰在昌都地区的一些地方实行改土归流，一度将昌都划归川边。民国时，昌都地区是西康省的一部分。简概而言，昌都的大半部历史其实就是土司与大呼图克图(大活佛)相交织而成的历史。
昌都市坐落在群山怀中，它被称作从四川和云南入藏的门户。昌都是藏语，其意为“水汇合处”。扎曲和昂曲在昌都相汇为澜沧江。这也是昌都这一名称的由来。
昌都古称“康”或“客木”，以区别于卫、藏、阿里等地区。昌都具有悠久的历史，1977年和1980年相继发现的新石器时代遗址——昌都卡若遗址和昌都小恩达遗址表明，早在五千年以前，昌都就已有人类繁衍生息，并已形成了初级村落。当地的居民已开始种植易于生长的谷子，饲养适应性广泛的家畜猪，同时也以狩猎狐、青羊、马鹿等作为补充。昌都的察雅一带是藏族史诗《格萨尔王》中《桨巴》所记述的格萨尔与“炯巴”人为争夺食盐而发生交战的地区。按照藏族传统的地理概念，这里同时是“朵康六岗”中的察瓦岗，系有名的产盐之地。考古发现与实地调查，也可以发现不少当地居民传说是“炯巴”人留下来的石墙、石阶等建筑遗址。
吐蕃时期（公元7－9世纪），昌都是著名的“东女国”和苏毗王国的所在地。据《旧唐书》第一百九十七卷《南蛮西南蛮传》 记载：“东女国，西羌之别称，以西海中复有女国，故称东女焉。俗以女为王。东与茂州、党项接，东南与雅州接，界隔罗女蛮及百狼夷。其境东西九日行，南北二十二行。有大小八十余城，其王所居名康延川，中有弱水南流，用牛皮为船以渡。”我国著名藏学家任乃强先生考证也称，今昌都一带为东女国的政治、经济、文化中心。今日在昌都还可以看到吐蕃东女国和苏毗王国文化的痕迹。
公元13世纪，元朝将西藏归于中国版图后，在昌都和四川甘孜设置了朵甘思宣慰司都元帅府。
明朝时西藏佛教格鲁派兴起，其影响逐渐深入康区，在昌都形成若干呼图克图－－大活佛转世系统。明朝政府在此设置了朵甘都指挥使司，委任各地的部落酋长和各大头人与寺庙的大喇嘛管理。明（1368－1644年）末蒙古和硕特部固始汗白利土司后，昌都也受固始汗的统治。
昌都
清朝（1616－1911年）在这个地区封委了一些大活佛和土司各辖其地，受驻藏大臣和达赖喇嘛的管理。清朝还在昌都设立了粮站，委派粮台、游击等文武官员驻守昌都，并从四川、云南派有制兵130名驻扎昌都，传递谕旨奏折，保护昌都寺大活佛和粮台。清末赵尔丰在昌都地区的一些地方实行改土归流，昌都地区改称川边。
民国（1912年）以后，是西康省的一部分。
1918年西藏地方政府将其改称为朵麦地区，设立了“朵麦基巧”，划昌都为25个宗。
1950年10月19日，成立了昌都地区人民解放委员会，并下设3个管辖区，即昌都解放委员会直辖13个宗、三十九族地区第一办事处所辖10个宗和波密地区第二办事处所辖3个宗及盐井、察隅共28个宗，直属中央人民政府政务院管辖。
1955年西藏藏族自治区筹备委员会成立后，昌都地区则划规其管辖，1960年初设昌都地区行署。地区行署驻昌都镇。
2014年10月，国务院批复撤销昌都地区和昌都县，设立地级昌都市和卡若区，以原昌都地区的行政区域为昌都市的行政区域。
昌都地区在历史上曾被称作三十九族之地，格萨尔时期也频繁地提及当时有18个大宗(相当于县一级的行政划分)，由此可见康区历史上大小土司之多。这其中影响最大的是德格和林葱土司。
德格土司是吐蕃名臣噶尔·禄东赞之后，据说至今(1950年)已传至第53代。第30代时，受元朝帝师八思巴封赐为“四德十格之大夫”，“德格”即由此得名，并演化为其统领地之地名。德格土司势力最盛时曾先后统领今四川之德格、石渠、白玉以及西藏江达、邓柯(已撤)、青海玉树等地，并自封为国，称德格王。十七世纪初，德格土司被蒙古王固始汗封赐为“德格僧王”，正式成为政教首领。
林葱土司历史悠久，相传早在公元六世纪时便已产生，至民主改革时已传至第89代。传说中的藏族英雄人物格萨尔据说是林葱家族第45或第46代祖先，他建立了强大的岭国，开创了林葱土司最辉煌的时期，一度成为多康地区政治、军事力量最强大的土王。林葱土司属地主要在德格、石渠、白玉等地，控制着昌都地区和青海省玉树、黄河源一带。当时的德格土司曾长期附属于他。林葱家族是在元代正式受诏朝廷成为土司的。明末清初，随着德格土司势力的增强，林葱土司逐渐消弱。
德格、林葱土司均大力扶持宗教，并且不分教派，所辖区域内宁玛、萨迦、噶举、格鲁及苯波五教并存，大小寺院200余座，僧尼三万有余。康区名寺更庆寺、八蚌寺、白玉寺、竹庆寺、协庆寺等均是在土司的大力扶持下建立的，萨钦哲仁波切、蒋贡康楚仁波切、秋吉林巴仁波切等名僧也活跃此间。除宗教外，土司还十分重视文化的扶持与传播，著名的德格印经院便是在第12代德格土司时修建的。昌都地区的印经、医学、历算、手工艺及民间歌舞艺术等，在当时的藏区非常发达，影响范围极广。
呼图克图是一种尊号，即被中央王朝政权承认并注册的大活佛。
帕巴拉呼图克图 帕巴拉是昌都地区最具权势和名望的大活佛，他的主寺强巴林寺是1437年(明正统二年)由黄教僧人喜绕桑布建立的。帕巴拉活佛在清顺治帝时曾受封博善禅师、诺门汗等名号，1719年(清康熙五十八年)又正式受封呼图克图尊号，受驻藏大臣和达赖喇嘛领导，直接管辖察木多(即昌都县一带)地方。帕巴拉制下的强巴林寺有属寺50多座，遍及昌都、波密及边坝等地，极盛时有喇嘛4500余名。强巴林寺还有所谓二活佛、三活佛、四活佛等，领有世袭土地，实际都是帕巴拉的陪臣。
功德林呼图克图 功德林济咙呼图克图是清朝皇帝册封的，八世达赖喇嘛时期由清朝委任为西藏噶厦政府摄政。1798年(清嘉庆三年)，八世达赖亲政后，将八宿宗赠封功德林济咙呼图克图，实行自治管理。
罗登协绕呼图克图 民主改革前，察雅地方活佛世系已转到第九世，名罗登协饶。这一活佛世系起于明朝，由噶举派僧人扎巴江措开始，建有香堆寺等。1719年(清康熙五十八年)，其第四世罗桑朗杰被清朝封为呼图克图，统领察雅，有属寺32座，均分布于察雅，僧众多时有3400余名。
庞球呼图克图 白教著名圣者米拉日巴的徒弟桑吉温于1277年建类乌齐寺，世袭寺主13代后改为转世活佛，于第三世时受明朝嘉靖皇帝呼图克图封号，统领类乌齐。
以上寺庙都设有专门的行政管理机构，称“拉让”，官员有总管、大管家、宗本(相当于县长)、甲本(相当于乡长)等。土司和宗教势力互为唇齿，如德格土司家族就有惯例，长子为僧，次子为俗，独子则兼之。他们和各呼图克图之间有着千丝万缕的联系。
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