與以往不同的是，意大利隊在1998年世界盃開賽時表現不俗。在與智利的第一場比賽中，巴喬在最後時刻攻入一粒頗具爭議的進球，他在第84分鐘非常狡猾的將皮球踢到智利後衛埃斯普諾的手上，製造了點球並親自操刀主罰命中將比分扳成2-2平，開局的一絲波折並沒有影響意大利的人前進，在接下來的兩場比賽中以兩勝的成績成為小組第一。巴喬在最後一場比賽中再次出擊，並且打進一粒奠定勝利的進球，最終意大利以2-1戰勝了奧地利挺進16強。
但是在接下來的兩場淘汰賽中，巴喬都被放在了替補席上，尤文圖斯的新星皮耶羅取而代之。主教練馬爾蒂尼已經決定這兩名球員不能同時上場，必須輪換。德爾·皮耶羅在他第一次委以重任的國家隊大賽中表現糟糕，尤其是在四分之一決賽對陣法國隊的比賽中，這讓老馬爾蒂尼的決定受到了外界各種嚴厲的批評，尤其是大家考慮到那個賽季巴喬的狀態。上帝這次依然沒有站在意大利人這一邊，羅比做到了他能做的一切，並且在點球大戰中進球，但阿爾貝蒂尼和迪比亞吉奧的失誤讓最終的冠軍法國隊晉級。這也是巴喬最後一次參加世界盃比賽，他的世界盃之旅宣告結束。
不幸的是，1998年法國世界盃後等待他的情況並沒有好轉。在博洛尼亞給人留下深刻印象後，巴喬決定為一支偉大的球隊做最後的嘗試:國際米蘭。第一個賽季絕對不是一場災難，巴喬貢獻了10次助攻和5個進球，儘管他的上場時間再次受到傷病的限制。但國米的管理層在哪個賽季頻繁更換主教練對大家來說都是噩夢。接下來的賽季更加糟糕，莫拉蒂聘請了裡皮。當裡皮希望巴喬幫他在更衣室監視隊友時，任何奢望兩個人可以和平共處的希望都很快破滅了。當巴喬拒絕後，裡皮毫不客氣地將他踢出了自己的球隊，這位神秘的意大利人也很少再為國際米蘭效力。
巴喬對裡皮執教國米的批評也從未停止過。一名記者認為巴喬曾說過"我在國際米蘭時裡皮向我宣戰"，並強調了一場比賽中的一個事件，在那場比賽中，巴喬40碼外的助攻得到了隊友克里斯蒂安·維埃裡(Christian Vieri)的稱讚，卻遭到了裡皮的嘲笑。一個如此有天賦的球員不僅浪費在國米的板凳上，而且浪費在尤文圖斯、AC米蘭和國家隊的板凳上，這似乎很瘋狂。回顧巴喬的職業生涯他與教練之間的衝突是他職業生涯的非常顯著的特徵之一。在他結束職業生涯後，巴喬說:
我常常想，為什麼他們真的不考慮我，但我從未找到真正的答案。也許他們有點嫉妒，因為每個人都愛我，即使是反對我的球迷。我是不是在搶風頭，搶了他們拼命為自己爭取的主角?現代足球越來越被教練控制，他們非常自戀地把自己凌駕於球隊和球員之上。"
記者埃米特•蓋茨(Emmet Gates)覺得，"神聖的馬尾辮"(Divine Ponytail)是否出生在錯誤的年代，因為如果他10年後再開始職業生涯，或許會獲得更多的戰術自由。蓋茨說,想象一下如果巴喬能在一個崇尚進攻，並且允許球員個人表現和即興發揮的主教練麾下踢球，比如"瘋狂的"澤曼，他會取得怎樣的成就？的確，由於某種原因，巴喬被一些教練甚至管理層視為一種負擔;他們沒有足夠的勇氣和戰術智慧來讓巴喬適應他們嚴格的制度，因此只能邊緣巴喬讓其成為一個小角色。當然這種想法在我們這些旁觀者看來似乎很可笑，齊達內曾經說:"讓巴喬坐在替補席上?這是我這輩子都無法理解的事情。"
值得稱讚的是，巴喬從未在逆境中拒絕上場，並在很大程度上回擊了外界對他的批評。一個著名的例子是他在國際米蘭對陣帕爾馬的最後一場比賽。這場比賽是歐冠資格賽的決賽，巴喬在最後時刻的兩粒進球為球隊贏得了勝利，而他對第二粒進球的慶祝，無論是喜悅、憤怒還是兩者兼而有之，都是他發自內心的宣洩。當然另外一個因素是裡皮，這個曾經多次和他不和的男人，在國際米蘭未能進入歐冠聯賽之前就被解僱了。這一次，命運似乎站在了巴喬的一邊，裡皮被無情地踢了出去。
當巴喬宣佈他將在33歲時自由轉會到升班馬的佈雷西亞時，許多人都認為這將是巴喬最後的歸宿。但儘管有兩場嚴重的傷病，其中一場讓他在第二個賽季缺席了四個月，但這位10號還是為藍衣軍團效力了四個賽季。他也不只是為了填補數字，儘管他受傷了，他的前兩個賽季是如此的令人印象深刻，他一直是意甲最好的進攻球員之一，並且希望在2002年世界盃上有一個真正的位置。但特拉帕託尼相信皮耶羅和托蒂足以帶領意大利國家隊，但最後的結果是意大利被韓國隊擊敗了。
最後，在2004年5月16日，羅伯特·巴喬參加了他的最後一場比賽。少年時代的重傷曾經就被告知永遠不能再踢足球，一直到37歲退役，他被認為是世界上最優秀的球員，這憑一點就值得稱讚。同樣值得注意的是，佈雷西亞在2003-04賽季以第11名的成績結束後，第二年就降級了，那是沒有了巴喬的賽季，這就是巴喬在37歲時仍然具有的影響力。
退役後的巴喬在聯合國糧農組織駐海地和緬甸的慈善工作繼續為他贏得了全世界的讚譽和欽佩。神奇的馬尾辮不光是一個偉大球員的暱稱，他也是一個偉大的人。他在球場上竭盡所能，這是不容置疑的。在他的職業生涯中，他確實與一些人發生過沖突，但不知何故，他總是能保持自己的聲譽。他有反對者，但幾乎每個球迷都喜歡他。羅伯特·巴喬是他們的英雄，不管他們想或不想。
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