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1.建築企業取得有效的可抵扣的增值稅專用發票有困難；工期較長、流動性大、施工區域廣泛、建築用材料品種豐富等持點。
2.進項抵扣不足，如商品混凝土可按簡易辦法納稅且適用3%的徵收率抵扣不足且進銷稅率相差大。
3.專用發票抵扣不及時，建設單位施工單位以及材料供應商之間互相拖欠貨款的問題，導致貨款的結算期難以把握，無法及時取得可抵扣增值稅專用發票，360天抵扣時限問題。
4.跨地區經營是建築業的特點，四流不一致能否抵扣存議。
5.人工成本，保證金、押金等帶資墊資融資產生的利息，融資顧問費，手續費，諮詢費等費用不能抵扣。
6.甲供無法抵扣、甲控材料建企進項不可控。
7.物資、設備機械大多采用集團集中採購模式，以降低工程成本。由於合同簽訂方與實際適用方名稱不一致，無法實現進項稅額抵扣。需要調整原有的經營模式，統談、分籤、分付，才能抵扣。
8.勞務分包企業可抵扣進項稅額少，勞務派遣方式進項更少。
9.大宗材料如果一般納稅人增值稅率13%，可抵扣；如果小規模納稅人，適用簡易計稅方法，徵收率3%，抵扣少。
10.分包商如果一般納稅人增值稅率9%，可抵扣；如果小規模納稅人，適用簡易計稅方法，徵收率3%，抵扣少。
1.工程量較小的建築企業，建議選擇企業所得稅核定徵收的方式
根據《企業所得稅核定徵收辦法》（國稅發〔2008〕30號）規定：雖設置賬簿，但賬目混亂或者成本資料、收入憑證、費用憑證殘缺不全、難以查賬的，可以核定徵收企業所得稅。
由於工程機械設備一般都在私人手裡，從事此類工程的建築企業很難取得工程機械施工發票。如採取企業所得稅核定徵收的方式，建築企業不必為取得發票絞盡腦汁，可以按照機械臺班數直接支付臺班費，且不需憑票扣除，直接降低了業務成本。
2.採用簡易計稅3%的查賬徵收建築企業，需要合理的配置成本
採取查賬徵收方式是建築企業稅收徵管的主流，建築企業從事“甲供材”或“清包工”工程，可採取簡易計稅辦法開具3%的增值稅發票。
那麼其合理的成本配比結構應該是怎樣的呢？經過分析，成本結構可視工程項目的性質分類大致配比如下：
（1）機場、碼頭、廣場道路和園林綠化等市政工程類：材料50%、人工20%、機械30%；
（2）房地產等基建工程類：材料60%、人工30%、機械10%；
（3）土石方平衡、清表等工程類：人工20%、機械80%（含燃料費）。
對工程機械施工業務來說，傳統的發票獲取方式是由分包方（機械持有人）提供工程分包發票，該方式的優點是可以本地獲取發票，差額扣除，缺點是受分包級別（不得轉包、不得三級分包）、預繳稅款（本地繳納3%）的限制。
此外，各地稅務局對門前代開發票的控制尺度鬆緊不一，分包方（機械持有人）大規模地開具工程抵扣發票很困難。
由於材料和人工獲取發票成本相對較低，目前很多建築企業採用加大材料或人工成本的方式（包括在外購買虛開發票）抵扣企業所得稅，導致成本配比不合理，積累了大量的稅收風險，在“金稅三期”系統監控日益嚴密的背景下，隨時會面臨稅務稽查和查補稅款的稅收風險。
3.採用一般計稅9%的查賬徵收建築企業，需要足額獲得進項抵扣發票
採用一般計稅辦法9%的查賬徵收建築企業，其機械施工業務發票的取得有兩種方式：
一種是“溼租”，即由機械持有人提供工程機械、機械操作、動力供應等，分包方開具的是9%建築服務發票，建築企業可抵扣9%的進項稅額；
另一種是“幹租”，即機械持有人僅提供工程機械租賃，機械動力燃料由建築企業自身採購供應，機械操作也由其他勞務公司承包，則建築企業可分別獲得機械租賃（稅率13%）、燃料（稅率13%）、勞務外包（稅率3%）的增值稅進項發票進行抵扣。
相比較而言，第二種“幹租”方式獲得的進項抵扣更加充分有效，且不受工程施工地預繳及分包規定的影響，是採用一般計稅辦法的查賬徵收建築企業的優先選擇。
1.分包工程支出
分包工程支出，應按照分包商的納稅人資格和計稅方法的選擇來區分。
1.1 分包商為小規模納稅人，進項稅抵扣稅率為3%。
1.2 分包商為一般納稅人
1.2.1 專業分包，進項抵扣稅率為9%。
1.2.2 勞務分包（清包工除外），進項抵扣稅率為9%。
1.2.3 清包工
（1）清包工（分包方採取簡易計稅），進項抵扣稅率為3%。
（2）清包工（分包方採取一般計稅），進項抵扣稅率為9%。
2.工程物資
工程物資，由於工程材料物資種類繁多，所以分供商提供的增值稅專用發票的適用稅率也不盡相同。一般的材料物資適用稅率是13%，但也有一些特殊情況：
2.1 木材及竹木製品，進項抵扣稅率為9%、13%。
屬於初次生產農產品的原木和原竹，取得的發票可能會是農產品收購發票或銷售發票，而非增值稅專用發票，但同樣可以抵扣進項稅，適用稅率為9%；而經過加工的屬於半成品或成品的木材及竹木製品，取得的發票是增值稅專用發票，適用稅率一般是13%。
2.2 水泥及商品混凝土，進項抵扣稅率為13%、3%。
購買水泥和一般商品混凝土的稅率通常為13%；但以水泥為原料生產水泥混凝土，就可以選擇簡易徵收，徵收率為3%。
2.3 砂土石料等地材，進項抵扣稅率為13%、3% 。
在商貿企業購買的適用稅率是13%；但從生產企業購買，生產企業自產的建築用砂、土、石料以及自產砂、土、石料連續生產磚、瓦、石灰可以選擇簡易徵收，適用稅率為3%。
3.機械使用費
3.1 外購機械設備進項抵扣稅率為13%。
購買機械設備取得的增值稅專用發票，可以一次性抵扣，但購買時要注意控制綜合成本，選擇綜合成本較低的供應商。
3.2 租賃機械
3.2.1 租賃機械（只租賃設備），進項抵扣稅率為13%，3%。
租賃設備，一般情況下適用稅率為13%；但是若出租方以試點實施之前購進或者自制的有形動產為標的物提供的經營租賃服務，試點期間可以選擇簡易計稅方法計算繳納增值稅，使用徵收率為3%。
3.2.2 租賃機械（租賃設備+操作人員），進項抵扣稅率為9%。
4.臨時設施費
臨時設施費，進項抵扣稅率為13%。
工程項目發生的臨時設施費用，例如購買的腳手架、活動板房、圍牆等，這些費用的支出都是可以一次性抵扣的。
5.水費
水費，進項抵扣稅率為9%、3%。
從自來水公司可以取得增值稅專用發票，只能抵扣3%的進項稅，從其他水廠購買的水，取得增值稅專用發票，可抵扣9%的進項稅。
6.電費
電費，進項抵扣稅率為13%。
電網公司直接開具的電費增值稅專用發票可以抵扣；租賃房屋和施工現場業主的電錶，應從出租方或業主方取得增值稅專用發票，抵扣進項稅。
7.勘察勘探費用
勘察勘探費用，進項抵扣稅率為6%。
勘察勘探服務支出可以抵扣進項稅。
8.工程設計費
工程設計費用，進項抵扣稅率為6%。
設計費支出可以抵扣進項稅。
9.檢驗試驗費
檢驗試驗費，進項抵扣稅率為6%。
專業檢測機構對樣本進行檢驗和試驗。
10.電話費
電話費，進項抵扣稅率為9%、6%。
電信業適用兩檔稅率，基礎電信服務適用稅率為9%，增值電信服務適用稅率為6%。
員工個人抬頭髮票無法取得增值稅專用發票，無法抵扣進項稅，帶有福利性質的通信費補貼不允許抵扣進項稅。企業的名義的電話費，取得專用發票可以抵扣。
11.郵遞費
郵遞費，進項抵扣稅率為6%。
快遞費可以抵扣進項稅，建議採用月結方式結算，較易取得增值稅專用發票。
12.報刊雜誌
報刊雜誌，進項抵扣稅率為9%。
圖書、報刊、雜誌的適用稅率可以抵扣，但是注意索要增值稅專用發票。
13.汽油費、柴油費
汽油費、柴油費，進項抵扣稅率為13%。
汽車、機械使用的燃料費用，是施工過程中不可缺少的成本支出，這些支出的進項稅是可以抵扣的。但司機師傅自己單獨分次加油，可能無法取得增值稅專用發票，需要統一辦理加油卡，在加油後憑卡或者加油憑證，再開具增值稅專用發票。
14.供氣供熱費用
供氣供熱費用，進項抵扣稅率為9%。
一般情況下，可以從供熱企業拿到稅率為9%的增值稅專用發票；供熱企業向居民免徵增值稅，不能抵扣。
15.廣告宣傳費用
廣告宣傳費用，進項抵扣稅率為6%。
公司支付的廣告費、宣傳費等可以抵扣進項稅。
16.中介機構服務費
中介機構服務費，進項抵扣稅率為6%。
聘請專業的諮詢、審計等中介機構的諮詢費用都可以抵扣進項，注意要選擇一般納稅人。
17.會議費
會議費，進項抵扣稅率為6%。
公司召開大型會議，應索取會議費增值稅專用發票，如果分項列示服務，單獨開具餐費的發票，餐費的進項稅不能抵扣。
18.培訓費
培訓費，進項抵扣稅率為6%。
公司的培訓支出，要向培訓單位索要增值稅專用發票。
19.辦公用品
辦公用品，進項抵扣稅率為13%。
企業的辦公用品支出，也是成本費用中比較經常發生的，如果是從其他個人處購買，無法取得增值稅專用發票，從商場、超市或電商平臺購買，能取得增值稅專用發票。
20.勞動保護費用
勞動保護費，進項抵扣稅率為13%。
公司根據勞動法和國家有關勞動安全規程，用於改善公司生產人員勞動條件、防止傷亡事故、預防和消滅職業病等各種技術、保健措施方面開支的費用，例如給員工購買個人防護用具，安全用品等用品，進項稅可以抵扣。但要與福利費進行區別，如果是福利費就不得抵扣。
21.物業費
物業費，進項抵扣稅率為6%。
物業費可以索要增值稅專用發票抵扣，但必須是公司實際發生的。
22.綠化費
綠化費，進項抵扣稅率為13%、9%。
為了美化辦公環境，自行購買綠色植物，適用稅率9%；如果是租用綠植的，適用稅率為13%。
23.房屋建築費
取得不動產，要區分對方不動產取得時間。
在2018年5月1日到2019年3月31日取得的，適用稅率為10%（2016年5月1日-2018年4月30日稅率為11%），公司可分兩年抵扣，第一年抵扣60%，第二年抵扣40%；
在2019年4月1日之後取得的，適用稅率為9%，不再分2年抵扣（此前尚未抵扣完畢的待抵扣進項稅額，可自2019年4月稅款所屬期起從銷項稅額中抵扣）；
在2016年5月1日之前取得的，可以選擇簡易計稅方法，適用5%的徵收率。
租賃不動產，要區分對方不動產取得的時間，具體適用稅率方法同上。
24.利息支出及貸款費用
利息支出及貸款費用，進項抵扣稅率為6%。
貸款的利息支出，不能抵扣，與之相關的手續費、諮詢費和顧問費都不允許抵扣。
25.銀行手續費
銀行手續費，進項抵扣稅率為6%。
辦理轉賬，匯款時發生的手續費都可以抵扣，要向銀行索取增值稅專用發票。
26.保險費
1、勞動保險費進項抵扣稅率為6%、3%。
應取得稅率6%（一般納稅人處取得）的增值稅專用發票，進行進項稅額抵扣。備註：人身保險除特殊工種職工支付的人身保險費外，暫不可抵扣。
2、車輛保險和不動產保險進項抵扣稅率為6%、3%。
應取得稅率6%（一般納稅人處取得）或3%（小規模納稅人處取得）的增值稅專用發票，進行進項稅額抵扣。
27.維修費
維修費，進項抵扣稅率為13%、9%。
修理費用於有形動產的修理費用，如汽車修理費、機械設備的修理費為13%；而對於不動產的修理費稅率是9%
信用卡專業管家
1.工程量較小的建築企業，建議選擇企業所得稅核定徵收的方式
根據《企業所得稅核定徵收辦法》（國稅發〔2008〕30號）規定：雖設置賬簿，但賬目混亂或者成本資料、收入憑證、費用憑證殘缺不全、難以查賬的，可以核定徵收企業所得稅。
由於工程機械設備一般都在私人手裡，從事此類工程的建築企業很難取得工程機械施工發票。如採取企業所得稅核定徵收的方式，建築企業不必為取得發票絞盡腦汁，可以按照機械臺班數直接支付臺班費，且不需憑票扣除，直接降低了業務成本。
2.採用簡易計稅3%的查賬徵收建築企業，需要合理的配置成本
採取查賬徵收方式是建築企業稅收徵管的主流，建築企業從事“甲供材”或“清包工”工程，可採取簡易計稅辦法開具3%的增值稅發票。
那麼其合理的成本配比結構應該是怎樣的呢？經過分析，成本結構可視工程項目的性質分類大致配比如下：
（1）機場、碼頭、廣場道路和園林綠化等市政工程類：材料50%、人工20%、機械30%；
（2）房地產等基建工程類：材料60%、人工30%、機械10%；
（3）土石方平衡、清表等工程類：人工20%、機械80%（含燃料費）。
對工程機械施工業務來說，傳統的發票獲取方式是由分包方（機械持有人）提供工程分包發票，該方式的優點是可以本地獲取發票，差額扣除，缺點是受分包級別（不得轉包、不得三級分包）、預繳稅款（本地繳納3%）的限制。
此外，各地稅務局對門前代開發票的控制尺度鬆緊不一，分包方（機械持有人）大規模地開具工程抵扣發票很困難。
由於材料和人工獲取發票成本相對較低，目前很多建築企業採用加大材料或人工成本的方式（包括在外購買虛開發票）抵扣企業所得稅，導致成本配比不合理，積累了大量的稅收風險，在“金稅三期”系統監控日益嚴密的背景下，隨時會面臨稅務稽查和查補稅款的稅收風險。
3.採用一般計稅9%的查賬徵收建築企業，需要足額獲得進項抵扣發票
採用一般計稅辦法9%的查賬徵收建築企業，其機械施工業務發票的取得有兩種方式：
一種是“溼租”，即由機械持有人提供工程機械、機械操作、動力供應等，分包方開具的是9%建築服務發票，建築企業可抵扣9%的進項稅額；
另一種是“幹租”，即機械持有人僅提供工程機械租賃，機械動力燃料由建築企業自身採購供應，機械操作也由其他勞務公司承包，則建築企業可分別獲得機械租賃（稅率13%）、燃料（稅率13%）、勞務外包（稅率3%）的增值稅進項發票進行抵扣。
相比較而言，第二種“幹租”方式獲得的進項抵扣更加充分有效，且不受工程施工地預繳及分包規定的影響，是採用一般計稅辦法的查賬徵收建築企業的優先選擇。
