鼠疫是人類歷史上最致命的疾病之一，僅次於天花。鼠疫是一種細菌感染，主要發生在齧齒類動物和相關跳蚤身上，並很容易傳染給密切接觸的人。瘟疫的爆發是歷史上最臭名昭著的流行病，激起了人們對瘟疫今天被用作生物武器的恐懼。
鼠疫的各個階段
數百年來，瘟疫爆發的原因依然神秘，籠罩在迷信之中。但是顯微鏡敏銳的觀察和進步最終幫助揭開了真正的罪魁禍首。1894年，Alexandre Yersin發現了導致瘟疫的細菌:鼠疫耶爾森菌。
鼠疫耶爾森菌是一種劇毒的桿狀細菌。鼠疫耶爾森菌會破壞免疫系統通過將毒素注射到負責檢測細菌感染的防禦細胞(如巨噬細胞)中。一旦這些細胞被消滅，細菌可以不受阻礙地繁殖。
許多小型哺乳動物是細菌的宿主，包括老鼠、花栗鼠、草原犬鼠(土撥鼠)、兔子和松鼠。地方性獸疫流行週期中,鼠疫耶爾森菌可以在齧齒動物群體中以較低的速度傳播，大多數情況下未被發現，因為它不會引起疫情。當細菌傳播到其他物種時，在流行週期中，人類面臨更大的感染鼠疫細菌的風險。
老鼠長期以來被認為是鼠疫爆發的主要媒介，因為它們與城市地區的人類有著密切的聯繫。科學家最近發現一種以老鼠為食的跳蚤，印鼠客蚤, 主要導致人類鼠疫病例。當齧齒動物死於鼠疫時，跳蚤會跳到新的宿主身上，咬它們散佈鼠疫耶爾森菌。傳播也是通過處理鼠疫感染動物的組織或血液，或吸入被感染的小滴而發生的。
腺鼠疫這種疾病最常見的形式是指腹股溝、腋窩或頸部周圍出現的洩露秘密的淋巴結——疼痛腫脹的淋巴結。皮膚潰瘍變成黑色，導致它在大流行期間被暱稱為“黑死病”這一早期階段的初始症狀包括嘔吐、噁心和發燒。
肺鼠疫最具傳染性的一種是進入肺部的晚期鼠疫。在這一階段，疾病通過從感染者肺部咳嗽出來的空氣傳播顆粒直接在人與人之間傳播。
如果不治療，淋巴腺鼠疫和肺鼠疫會發展成敗血症鼠疫感染血流。如果不治療，肺炎和敗血症鼠疫殺死幾乎100%的感染者。
臭名昭著的瘟疫
在鼠疫的起因被發現之前，發生了三次特別著名的流行病。根據古代歷史學家的說法，第一次記錄在案的危機是始於公元542年以拜占庭皇帝查士丁尼一世的名字命名的查士丁尼瘟疫，這種流行病在君士坦丁堡(今天的土耳其伊斯坦布爾)每天奪去多達10，000人的生命。現代估計表明，在700年代瘟疫消退之前，歐洲一半的人口——近1億人死亡——已經滅絕。
可以說最臭名昭著的瘟疫爆發是所謂的黑死病一場席捲亞洲和歐洲的多世紀流行病。它被認為始於1334年的中國，沿著貿易路線傳播並在19世紀40年代末經由西西里港口到達歐洲。這場瘟疫估計導致2500萬人死亡，幾乎佔非洲大陸人口的三分之一。黑死病持續了幾個世紀，尤其是在城市。疫情包括倫敦大瘟疫(1665-1666年)，70，000名居民死亡。
直到1860年在中國爆發的最近一次全球疫情才發現鼠疫的原因，直到1959年才正式結束。這場流行病大致造成了一千萬人死亡。20世紀初，瘟疫通過船隻傳到北美，隨後蔓延到美國各地的小型哺乳動物。
大流行期間的高死亡率意味著死者通常被埋在快速挖掘的群葬坑中。從這些瘟疫受害者的牙齒科學家們已經拼湊出了一個鼠疫耶爾森菌，發現查士丁尼鼠疫菌株與，鼠疫的其他菌株。（閱讀現代鼠疫菌株是如何從黑死病大流行期間出現的菌株進化而來的。)
現代社會的瘟疫
瘟疫仍然存在於世界各地，偶爾爆發，隨後是世界衛生組織和疾病控制和預防中心。自1990年代以來，大多數病例出現在非洲。
2004年至2014年期間，剛果民主共和國報告了世界上大多數鼠疫病例，有4 630例人類病例和349例死亡。科學家將剛果民主共和國鼠疫對生態系統的影響—主要是山地熱帶氣候。最近，2017年馬達加斯加爆發了瘟疫導致了2300多起病例。
美國、中國、印度、越南和蒙古是近年來確認人間鼠疫病例的其他國家之一。在美國，平均來說每年都會出現七起人間鼠疫病例主要出現在加利福尼亞和西南部。
今天，大多數人通過快速診斷和抗生素治療。良好的衛生習慣和害蟲控制可以最大限度地減少接觸受感染的跳蚤和齧齒動物預防瘟疫流行病。
鼠疫被歸類為甲類病原體，因為它很容易在人與人之間傳播，如果不治療可能導致高死亡率。這種分類助長了人們的恐懼鼠疫耶爾森菌可以用作生物武器如果以氣溶膠形式分佈。作為一種微小的空氣傳播粒子，它會導致肺鼠疫，這是最致命和最具傳染性的形式。
關於保護問題聯邦瀕臨滅絕黑腳雪貂從附近的草原犬鼠（土撥鼠）身上感染另一種形式的鼠疫，森林鼠疫。瘟疫會導致草原犬鼠數量銳減，而草原犬鼠是黑足雪貂的重要食物來源。科學家已經開始注射疫苗來防止草原犬鼠和黑足雪貂的鼠疫爆發。
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