建文四年六月十七日，燕王朱棣在南京奉天殿称帝登基，大明王朝一个新的时代就此拉开帷幕。朱棣是因为侄子建文帝朱允炆执意削藩，被迫起兵靖难的。现在造反成功，为了和朱允炆划清界限，朱棣宣布
"一应建文中所改易洪武政令、格条，悉复旧制。"对于在建文朝遭受噩运的弟弟们—周王朱橚、齐王朱榑、代王朱桂、岷王朱楩悉数予以平反复爵。惨死的弟弟湘王朱柏改谥湘献王，并派工部员外郎唐鉴致祭。
明成祖朱棣
藩王们势力过大，依然是朱棣一块心病。但有自己被逼造反教训在前，朱棣在削藩的时机把握上一直在隐忍等待时机。
此时已就藩各亲藩明细如下：
秦王朱尚炳，太祖朱元璋第二子秦愍王朱樉嫡长子，封国西安，辖西安三护卫。
晋王朱济熺，太祖朱元璋第三子晋恭王朱棡嫡长子，封国太原，辖太原三护卫。
周王朱橚，太祖朱元璋第五子，封国开封，辖河南三护卫。
楚王朱桢，太祖朱元璋第六子，封国武昌，辖武昌三护卫。
齐王朱榑，太祖朱元璋第七子，封国青州，辖青州二护卫。
蜀王朱椿，太祖朱元璋第十一子，封国成都，辖成都三护卫。
代王朱桂，太祖朱元璋第十三子，封国大同，辖大同三护卫。
肃王朱楧，太祖朱元璋第十四子，封国兰州，辖甘州二护卫。
辽王朱植，太祖朱元璋第十五子，封国广宁，辖广宁三护卫。
庆王朱栴，太祖朱元璋第十六子，封国宁夏，辖宁夏中护卫。
宁王朱权，太祖朱元璋第十七子，封国大宁，辖营州三护卫。
岷王朱楩，太祖朱元璋第十八子，封国云南，辖云南三护卫。
谷王朱橞，太祖朱元璋第十九子，封国宣府，辖宣府三护卫。
未就藩各亲藩明细如下：
韩王朱松，太祖朱元璋第二十子。
沈王朱模，太祖朱元璋第二十一子封国潞州。
安王朱楹，太祖朱元璋第二十二子封国平凉。
唐王朱桱，太祖朱元璋第二十三子封国南阳。
郢王朱栋，太祖朱元璋第二十四子封国安陆。
伊王朱㰘，太祖朱元璋第二十五子封国洛阳。
鲁王朱肇煇，太祖朱元璋第十子鲁荒王朱檀长子，封国兖州。
靖江王朱赞仪，太祖朱元璋长兄追封南昌王朱重四曾孙，封国桂林。
由于亲藩数量众多，朱棣只能稳扎稳打，逐步削除。在吸取朱允炆的教训以后，朱棣削藩的同时一般都会留给活路。
改变封国，趁机削减
· 建文四年九月，改封辽王朱植于荆州，原广宁三护卫仍留广宁。建文年间，封国荆州的湘王被废，荆州三护卫一同被废。现在朱棣复建荆州中护卫，隶辽王府。这样，辽王护卫就从三护卫减为一护卫。而在永乐十年二月，又以辽王朱植有罪，削其护卫及仪卫司，止给军校尉三百人备使令。至此，当年在辽东战场上叱咤风云的辽王朱植彻底成了没牙的老虎。
· 建文四年十月，改封谷王朱橞于长沙，宣府护卫为长沙护卫，仍隶谷王府。原宣府三护卫所余官军设宣府左、右二卫，左卫于保定屯守，右卫于定州屯守。后永乐十五年二月，朱橞以谋逆削爵为庶人，革其护卫及长史司等衙门。谷王府一脉至此废除。
· 永乐二年二月，改封宁王朱权南于昌，改南昌左卫为南昌护卫，隶宁王府。原宁府护卫营州左护卫改为隆庆左卫，营州右护卫改为隆庆右卫，营州中护卫改为宽河卫。和辽王、谷王一样，改了封国之后的宁王也只剩下一护卫官军。
亲王犯法，削除护卫
对于没有封国变化的亲藩，朱棣也只能静静地等待机会。好在这些亲王们平时目无法纪，要抓小辫子总还是容易的。
· 永乐元年六月，以代王朱桂有罪，削其三护卫。止给校尉三十人随从。永乐十六年四月，以王能悔过，复代府护卫及仪卫司官，不过也仅复一护卫。
· 永乐元年九月，以岷王朱楩有罪，改云南左、中、前三护卫为云南中、前、后三卫。
· 永乐四年五月，以齐王朱榑以谋逆削爵为庶人。革青州中、左二护卫及齐府长史司、仪卫司。
· 永乐十二年十一月，以晋王朱济熺有不轨事，降为庶人，俾与长子朱美圭同守晋恭王坟园。改封晋恭王第三子平阳王济熿为晋王。由于晋王家族势力太大，朱棣虽然废除晋王朱济熺，但没有废除晋王封号及三护卫官军。
· 永乐十九年五月，周王朱橚以有罪，奏纳三护卫官军。命驸马都尉、广平侯袁容往河南量留随侍外，余调赴北京。
新王之国，仅留一卫
对于自己登基时候还没有册封和之国的亲王，等到正式之国的时候都只留一护卫官军。
永乐六年七月，鲁王肇辉之国兖州。八月，唐王朱桱之国南阳，郢王朱栋之国安陆，伊王朱㰘之国洛阳。十月，安王朱楹之国平凉。十一月，沈王朱模之国潞州。闰十一月靖江王朱赞仪之国桂林。这些新之国的亲藩，没有再配备三护卫。
无子国除，护卫废除
· 永乐十二年十一月，郢王朱栋薨。朱栋虽无子，但有三女，因此郢王护卫暂时保留。
· 永乐十五年八月，安王朱楹薨。永乐十八年二月，以安王薨无嗣，革其长史司衙门。
明仁宗朱高炽
永乐二十二年七月，朱棣驾崩，被追尊为体天弘通高明广运圣武神功纯仁至孝文皇帝，庙号太宗。皇太子朱高炽继位，改明年为洪熙元年。在永乐二十二年十二月，命韩王冲（火+或）之国平凉。前任韩王朱松永乐五年十月薨于南京，未之国。此时诸子年长，方才之国。
洪熙元年五月，朱高炽在位仅一年去世。追尊敬天体道纯成至德弘文钦武章圣达孝昭皇帝，庙号仁宗。皇太子朱瞻基继位。
虽然经过他爷爷朱棣不懈的努力，藩王的势力已经得到了极大的削弱。但现在摆在朱瞻基面前有实力的藩王还有：汉王朱高煦（朱棣第二子）、赵王朱高燧（朱棣第三子），秦王朱志均（秦隐王朱尚炳庶长子）、晋王朱济熿（晋恭王朱棡第三子）、楚王朱孟烷（楚昭王朱桢嫡长子）、蜀王朱友堉（蜀献王朱椿嫡长孙）、肃王朱赡焰（肃庄王朱楧庶长子）。相对来说，朱瞻基的手腕比他祖父更狠辣，对于藩王的态度是有理由要削，没理由找理由也要削。因此他的削藩之路可以分为两类：
明宣宗朱瞻基
谋逆作乱，削卫除藩
· 宣德元年八月，汉王朱高煦反。朱瞻基御驾亲征，擒高煦父子皆至京师。于西安门内新作馆室处高煦夫妇男女。汉王爵位废除，护卫削夺。
· 宣德二年二月，赵王朱高燧在朝臣连番炮轰他是朱高煦同党的压力之下，上奏请以常山中护卫及群牧千户所官军，并仪卫司官校归之朝廷。朱瞻基欣然接受，只存仪卫司官校以给使令。
· 宣德二年四月，晋王朱济熿以谋逆大罪，免为庶人。太原三护卫官军中，原在大同守备官军四千人，令总兵官武安侯郑亨就彼分拨卫所，家属随住。见在太原护卫官军内调三千人，连家属住宣府听总兵官、都督谭广分拨卫所。其余官军、校尉取勘明白，就彼分调太原缘边各卫，家属随行。
政治高压，逼王自除
对于没有明显错误的亲藩，则利用各种手段施加政治压力，逼迫各亲藩自己接触武装。
· 宣德四年十月，行在兵部尚书张本称"安定王谋逆之时，西安三护卫从逆正犯以伏诛。而同籍为官者尚仍旧任，为军者仍原伍，亦有遗下人丁皆在秦府。"安定王朱尚炌是现任秦王叔父，永乐十七年正月以谋逆被废为庶人。张本上奏的时候，离安定王之乱已经过去了十年。对于现任兵部尚书的指控，刚目睹汉王、赵王、晋王下场的秦王如惊弓之鸟，立刻在十二月上奏请辞三护卫。朱瞻基口中表示不要，身体却很诚实：
"今姑强从，然王不可无侍卫之人，听留一卫以备使令。其二护卫，令兵部调来北京。"· 宣德五年三月，平江伯陈瑄密奏："楚府自洪武初立国，有三护卫。…四五十年之间，生齿繁育，粮饷充积。造船以千计，买马以万数。兵强国富，他藩莫及。…小人乘时或有异图，实难制驭。伏乞皇上勿为疑虑，断自圣衷。…选其护卫精锐官军给粮与船，令运至北京。…则剪其羽翼，绝其邪谋…"听到传闻的楚王朱孟烷大惊失色，立刻派仪宾魏宁，长史杨振上奏朝廷："府中三护卫愿留一卫，请以二卫归朝廷。"于是改武昌中护卫为武昌护卫，调左护卫于东昌，改为东昌卫。右护卫于徐州，改为徐州左卫。之前晋王三护卫都还是就近调拨，而楚府武昌左护卫调拨山东，右护卫调拨徐州，和原封地武昌路途遥远，绝无可能再重新勾结。由此可见朱瞻基对楚王府的猜忌之心有多重。
· 宣德五年，四川总兵官、左都督陈怀奏"蜀王府中忽举炮铳，不知何为。"于是在宣德六年，蜀王朱友堉奏请成都三护卫中以中、右二护卫归朝廷，留左护卫官军供役。朱瞻基再次欣然接受，并且命令成都中护卫和左护卫官军全数调拨南京。
· 宣德七年七月，肃王朱瞻焰奏称："甘州中、右二护卫官军皆闻逸无差遣。欲止留一卫，请以一卫归朝廷助备边。"虽然肃王是最后一个上缴护卫的亲王，但是战略目的已经达成的朱瞻基并未追究，只是表示"今叔以国中无事，而为朝廷虑边，足见至亲体国之笃。" 遣都督佥事王彧，副都御史贾谅赴宁夏将一卫官军挈家属赴甘州，补前、后二卫守备之数。
至此，困扰明王朝三代帝王的藩王势力被彻底剪除。而太祖朱元璋原来所希望的亲王守边战略也彻底泡汤。
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