在南京民間，連小孩子都知道這樣的傳說，朱元璋下葬那天出現了“迷魂陣”，就是南京的十三個城門同時出殯。此說法史書有記載，朱國楨的《皇明大政記》稱，朱元璋下葬那天“而發引，各門下葬”。為什麼要這樣？在民間，有錢的大戶人家，為了干擾視聽，防止有人盜墓，有意隱藏先人埋葬地點，而一個皇帝如此這般，實在令人不解。在元朝，帝王無陵寢，搞搞迷魂陣倒是很合乎情理，既然朱元璋生前都為自己的歸宿找好了地方，選擇紫金山陽的地塊築陵，誰不知道他葬在那裡？有必要擺迷魂陣，大造假象嗎？
民間還有一個說法，來驗明這個觀點。據說當年孝陵內每到夜裡就傳出一個婦人的哭聲，原來這是馬皇后的哭聲，後來大搞法事才沒有了哭聲。馬皇后為什麼要哭?說是一人空守一座孤墳，悲傷所致啊，“後來孝陵傳夜哭，應緣馬後悲孤獨”，即是這個說法。
朝天宮，宋代時為天慶觀，元代叫元妙觀、永壽宮，朱元璋定都南京後，改為朝天宮，那時“百僚朝賀習儀於此”。葬在朝天宮這種說法，倒是給朱允炆“速葬”朱元璋、大擺迷魂陣、十三城門出殯找到了合理的解釋和可能性，朝天宮在城裡，速葬起來很方便的；如果葬在孝陵內，就沒有必要搞假象。但後世好多學者都不信。
清代文人甘熙就不認可，其所著的《白下瑣言》稱，朱元璋花了幾百萬的銀子，造了十幾年(洪武九年即1376年，朱元璋決定在此建造自己的陵寢)，總不應該為馬皇后一個人造的吧。而且，朱允炆是很講孝道的一個仁義皇帝，也不忍心把朱元璋葬在陵外的地方啊。
後來又傳出，朱元璋不是葬在孝陵、也非朝天宮，離開了南京城，選葬在北京的萬歲山。清人趙執信《萬歲殿》稱，“明祖手持一杯酒，布衣劉季真吾友(太祖祭歷代帝王廟，惟漢高祖前加酒一杯，理由是隻有劉邦和他一樣，是從個平民老百姓當上皇帝的，即‘惟公與我起布衣而有天下’一說)煤山萬壽聳崢嶸，猶是因依萬歲名。”
後經考證，這是以訛傳訛，不可信。甘熙即說，“萬歲山在燕京，其時方以會葬不從，興師靖難，焉有奉移梓宮不遠數千裡而往之事?”我也這樣認為，如果真是這樣，朱棣造反第一理由又從哪來?
但這並不能證明朱元璋的屍骨就在地宮中，真相恐怕只有等到開挖明孝陵的哪一天才能最終揭開!但這個日子恐怕如開挖始皇陵一樣，目前還不可能，很遙遠，這也是說，朱元璋到底葬在哪，在相當長的時間內，仍將是一個謎!
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