公历1861年，咸丰皇帝去世。随后不久，“辛酉政变”爆发，慈禧太后诛杀了咸丰帝留下来的辅政大臣，掌握了大清朝最高权力。不过，此时慈禧太后是没有心情享受夺权后的喜悦的。因为咸丰帝虽然死了，但是“道咸衰世”留下来的烂摊子，还客观摆在慈禧太后面前。此时的大清早已陷入内忧外患的局面：在内地，北方捻军和南方的太平天国让清军焦头烂额。外面，自从1840年鸦片战争爆发以来，各路列强一直对我中国垂涎三尺。
祸不单行，慈禧掌权不久，新疆地区又出现了变数。中亚浩罕国利用大清西部防务空虚的机会，入侵新疆。浩罕国将领阿古柏趁机在新疆建立哲德沙尔国，准备将新疆撕裂出去。而与此同时，英国在吞并全印度以后，也想染指新疆，北方的沙俄在这个节骨眼上，和英国有了一样的想法——哲德沙尔国也好，浩罕国也罢，都不足畏惧，倒是英俄，让清廷感到压力。起初清廷没有闲暇处理新疆的战乱，直到内地局势稳定后，清廷才派遣左宗棠平定西北的战乱。
但是就在这时候，大清的东南海疆又遭到列强的侵扰，而清朝在战乱后，出现财政吃紧的局面，没有足够的财力同时支持两线开战。一时间，清廷就防务问题分成了两派：一派是海防派，理由是道光朝以来，真正让大清无力抵御的祸患来自海上，因此大清要优先发展海防；另一派则是塞防派。
塞防派认为：新疆固然看起来属于偏远之地，但是，在被列强环伺的大清，需要新疆来拱卫。因为如果新疆丢失，那么英俄的势力必然深入甘肃和青海以及蒙古各部。而后英俄会如果瓜分新疆一样，继续瓜分蒙古各部和青海、甘肃。最终，京师乃至整个中原都会陷入无险可守的状态，到时候大清朝将永无宁日。
对于慈禧太后来说，海防不足带来的危害她亲身经历过：因为当年咸丰帝带着自己出逃热河，就是因为英法联军的海军强大，清军只能被动挨打，最终才导致京城丢失。但是，慈禧太后更知道，海防不足，自己还可以逃亡热河躲一阵子，倘若塞防不足，大清屏障丢失，大片国土沦丧，自己即便是想出逃，只怕也无路可走了。
想到这，慈禧太后以同治皇帝的名义颁布诏书，支持左宗棠收复新疆，并且表示，大清朝哪怕是砸锅卖铁，也必须收复新疆。在左宗棠的攻势下，哲德沙尔国土崩瓦解，阿古柏也在战乱中身亡，但是，沙皇俄国却陷入犹豫状态：一方面沙俄不愿意和大清爆发大规模战争，另一方面，沙俄又不愿意放弃已得利益。最终，大清方面做出让步：向沙俄赔偿五百万两白银，沙俄需要撤出新疆。就这样，虽然过程有些屈辱，但新疆，还是收回了。
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