新竹清華大學1956年於新竹成立，與北京清華大學，同根同源，一脈相承。
一，籌備
梁誠：曾任駐美公使，爭取庚款退回，被譽為清華大學之父
1904年美國國務卿約翰·米爾頓·海伊認為清朝賠給美國的庚子賠款過多，應予以退還。清朝駐美公使梁誠得知此事，立即與美國政府斡旋，要求退回多餘賠款。1905年美國總統西奧多·羅斯福同意退回1000多萬美元的賠款並逐年返還，賠款用於人才培養和赴美留學。
1909年美國開始返還庚款，清朝設立遊美學務處，並附設肄業館，任命外務部署左丞、左參議兼學部丞參上行走周自齊擔任總辦，學部員外郎範源濂和外務部候補主事唐國安，駐美公使館參贊容揆任駐美學生監督，組織赴美留學。
二，成立
1911年2月，肄業館改稱“清華學堂”，總辦周自齊兼任監督，會辦範源濂、唐國安兼任副監督。3月30日舉行開學儀式，標誌著清華大學正式成立。
三，民國時期
梅貽琦：兩所清華大學公認的永遠校長
1912年中華民國成立，北洋政府裁撤遊美學務處，清華學堂改名為清華學校，任命唐國安為第一任校長，周詒春為教務長。
1914年11月5日，梁啟超發表“君子”演講，以“天行健，君子以自強不息”及“地勢坤，君子以厚德載物”，激勵清華學子。後“自強不息、厚德載物”被定為校訓。
1919年五四運動爆發，清華學子積極參與愛國運動，捍衛青島主權。
1925年清華成立國學研究院，聘請梁啟超、王國維、陳寅恪、趙元任等導師。清華學術在此前後得到空前發展，人才濟濟。
1928年國民政府任命羅家倫為校長，將學校易名為“國立清華大學”。羅家倫對清華大學進行大力整改。次年羅家倫查出清華基金賬目虧空，使得清華大學董事會解散，清華大學由教育部管轄。
1931年10月14日，梅貽琦被任命為校長，在校長就職典禮上提出“所謂大學者，非謂有大樓之謂也，有大師之謂也”的理念，此理念對清華有著深遠的影響。梅校長大力延聘名師，讓此時的清華園名師雲集，如馮友蘭、朱自清、聞一多、陳寅恪、金嶽霖等。梅貽琦對學校建設貢獻巨大，確定了清華著名學府地位，被稱為清華永遠的校長。
1937年七七事變爆發，清華大學遷往長沙，次年遷往昆明。1946年清華大學在北平復校。
四，新竹清華
新竹清華大學校徽
1956年，在梅貽琦主持下，於新竹復辦清華大學。
1969年，清華大學與交通大學（新竹）聯合舉辦“梅竹錦標對抗賽”。
1980年代以來，兩岸清華交流日漸頻繁；1995年沈君山校長率團訪問北京清華，簽定“海峽兩岸清華大學交流合作備忘錄”，交往日益熱絡。
2009年陳文村校長率團訪問北京清華，簽定“兩岸清華大學學術交流與合作備忘錄”暨“兩岸清華大學教師與學生交流協議”，除加強兩校之師生、學術交流外，並各自提撥基金，支持兩岸清華共同研究計劃之進行；次年北京清華顧秉林校長率團回訪新竹清華，兩岸清華交流與合作更加密切。
五，支持統一
北京清華大學與新竹清華大學同根同源，有“一筆寫不出兩個清華”的說法。2001年是清華大學90週年校慶，兩校合辦校慶。4月22日北京清華校長王大中率團訪問臺灣。26日新竹清華校長劉炯朗率團訪問北京。清華大學美國校友會亦同時為兩校校友服務，新竹清華大學多為統派，支持統一。
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